binaries/src/ViennaRNA/RNAforester/src/fold_vars.h

   1 /* to use floats instead of doubles in pf_fold() comment next line */
   2 #define LARGE_PF
   3 #ifdef  LARGE_PF
   4 #define FLT_OR_DBL double
   5 #else
   6 #define FLT_OR_DBL float
   7 #endif
   8
   9 extern int  noGU;           /* GU not allowed at all */
  10 extern int  no_closingGU;   /* GU allowed only inside stacks */
  11 extern int  tetra_loop;     /* Fold with specially stable 4-loops */
  12 extern int  energy_set;     /* 0 = BP; 1=any mit GC; 2=any mit AU-parameter */
  13 extern int  dangles;        /* use dangling end energies (not in part_func!) */
  14 /*@null@*/
  15 extern char *nonstandards;  /* contains allowed non standard bases */
  16 extern double temperature;   /* rescale parameters to this temperature */
  17 extern int  james_rule;     /* interior loops of size 2 get energy 0.8Kcal and
  18                                no mismatches, default 1 */
  19 extern int  logML;          /* use logarithmic multiloop energy function */
  20 extern int  cut_point;      /* first position of 2nd strand for co-folding */
  21
  22 struct bond {               /* base pair */
  23    int i;
  24    int j;
  25 };
  26 typedef struct bond bondT;
  27 extern bondT  *base_pair; /* list of base pairs */
  28
  29 extern FLT_OR_DBL *pr;          /* base pairing prob. matrix */
  30 extern int   *iindx;            /* pr[i,j] -> pr[iindx[i]-j] */
  31 extern double pf_scale;         /* scaling factor to avoid float overflows*/
  32 extern int    fold_constrained; /* fold with constraints */
  33 extern int    do_backtrack;     /* calculate pair prob matrix in part_func() */
  34 extern int    noLonelyPairs;    /* avoid helices of length 1 */
  35 extern char backtrack_type;     /* usually 'F'; 'C' require (1,N) to be bonded;
  36                                    'M' seq is part of a multi loop */
  37 char * option_string(void);