binaries/src/ViennaRNA/RNAforester/src/ppforestsz.t.cpp

   1 /*
   2   Copyright by Matthias Hoechsmann (C) 2002
   3   =====================================
   4   You may use, copy and distribute this file freely as long as you
   5   - do not change the file,
   6   - leave this copyright notice in the file,
   7   - do not make any profit with the distribution of this file
   8   - give credit where credit is due
   9   You are not allowed to copy or distribute this file otherwise
  10   The commercial usage and distribution of this file is prohibited
  11   Please report bugs and suggestions to <mhoechsm@TechFak.Uni-Bielefeld.DE>
  12 */
  13
  14 #ifndef _PPFORESTSZ_T_CPP_
  15 #define _PPFORESTSZ_T_CPP_
  16
  17 #include <map>
  18
  19 #include "misc.h"
  20 #include "ppforestsz.h"
  21
  22
  23 // PPForest<T>
  24
  25 template <class L>
  26 PPForestSZ<L>::PPForestSZ(Uint nrOfNodes)
  27 : m_size(nrOfNodes)
  28 {
  29   m_lml=new Uint[nrOfNodes];
  30   m_lb=new L[nrOfNodes];
  31   m_keyroot=new bool[nrOfNodes];
  32 }
  33
  34 template <class L>
  35 PPForestSZ<L>::PPForestSZ(const PPForestSZ<L> &ppf)
  36 {
  37   m_size=ppf.size();
  38
  39   m_lml=new Uint[ppf.size()];
  40   m_lb=new L[ppf.size()];
  41   m_keyroot=new bool[ppf.size()];
  42
  43   memcpy(m_lml,ppf.m_lml,sizeof(Uint)*m_size);
  44   memcpy(m_keyroot,ppf.m_keyroot,sizeof(bool)*m_size);
  45
  46   for(Uint i=0;i<m_size;i++)
  47         m_lb[i]=ppf.m_lb[i];
  48 }
  49
  50 template <class L>
  51 PPForestSZ<L>::~PPForestSZ()
  52 {
  53   DELETE_ARRAY(m_lml);
  54   DELETE_ARRAY(m_lb);
  55   DELETE_ARRAY(m_keyroot);
  56 }
  57
  58 template <class L>
  59 void PPForestSZ<L>::calcKeyroots()
  60 {
  61   std::map<Uint,Uint> keyrootMap;
  62
  63   for(Uint i=0;i<m_size;i++)
  64   {
  65     m_keyroot[i]=false;
  66     keyrootMap[lml(i)]=i;
  67   }
  68
  69   std::map<Uint,Uint>::const_iterator it;
  70   for(it=keyrootMap.begin();it!=keyrootMap.end();it++)
  71   {
  72         m_keyroot[it->second]=true;
  73   }
  74
  75 }
  76
  77 #endif