binaries/src/ViennaRNA/RNAforester/src/progressive_align.h

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  12 */
  13
  14 #include "graphtypes.h"
  15 #include "matrix.h"
  16 #include "rnaforester_options.h"
  17 #include "rna_profile_alignment.h"
  18 #include "wmatch.h"
  19
  20 /* ****************************************** */
  21 /*          Definitions and typedefs          */
  22 /* ****************************************** */
  23
  24 typedef map<long,RNAProfileAlignment*> RNAProfileAliMapType;
  25 typedef pair<long,RNAProfileAlignment*> RNAProfileAliKeyPairType;
  26
  27 /* ****************************************** */
  28 /*            Function prototypes             */
  29 /* ****************************************** */
  30
  31 void progressiveAlign(deque<RNAProfileAlignment*> &inputList, deque<pair<double,RNAProfileAlignment*> > &resultList, const DoubleScoreProfileAlgebraType *alg,const RNAforesterOptions &options);
  32 Graph makePairsGraph(const RNAProfileAliMapType &inputListProfile, const DoubleScoreProfileAlgebraType *alg, const Matrix<double> *score_mtrx, double threshold);