binaries/src/ViennaRNA/Utils/b2ct.c

   1 /* Last Changed Time-stamp: <2001-09-07 10:17:47 ivo> */
   2 /* This program converts the bracket notation for RNA secondary structures
   3    produced by RNAfold to .ct files used by Michael Zukers Program.
   4    To compile enter:
   5                     cc -o b2ct b2ct.c
   6    And use as
   7                     b2ct < structure_file > ct_file.ct
   8    or
   9                     RNAfold < sequence_file | b2ct > ct_file.ct
  10 */
  11
  12 #include <stdio.h>
  13 #include <stdlib.h>
  14 #include <string.h>
  15 #define MAXLENGTH 30000
  16
  17 void write_ct_file(char *fname, char *sequence, char *structure, char *name,
  18                    float energy);
  19 short *make_pair_table(const char *structure);
  20 void *space(unsigned size);
  21 void nrerror(char *message);
  22
  23 int main(void)
  24 {
  25    char line[MAXLENGTH+1];
  26    char *string=NULL, *structure=NULL, *name=NULL;
  27    float energy;
  28    int n=0;
  29
  30    while (fgets(line, MAXLENGTH, stdin)!=NULL) {
  31        if (strcmp(line,"@")==0) break;
  32
  33        switch (line[0]) {
  34        case '>': name = (char *) space(strlen(line));
  35          sscanf(line,"> %s", name);
  36          break;
  37        case '.':
  38        case '(':
  39        case ')': structure = (char *) space(strlen(line));
  40          if (sscanf(line,"%s (%f)", structure, &energy)!=2) {
  41            free(structure); structure=NULL; break;
  42          }
  43          n++;
  44          break;
  45        default: string = (char *) space(strlen(line)+1);
  46          sscanf(line, "%s", string);
  47        }
  48        if (structure!=NULL) {
  49          if (name==NULL) {
  50            name = (char *) space(10);
  51            sprintf(name,"%d",n);
  52          }
  53          write_ct_file("-", string, structure, name, energy);
  54          free(string);
  55          free(structure);
  56          free(name);
  57          string = structure = name = NULL;
  58        }
  59    }
  60    return 0;
  61 }
  62
  63 void write_ct_file(char *fname, char *sequence, char *structure, char *name,
  64                    float energy)
  65 {
  66    int i, length;
  67    short *table;
  68    FILE *ct;
  69
  70    length = strlen(structure);
  71    if ((table = make_pair_table(structure))==NULL) {
  72      return;
  73    }
  74    if (length!=strlen(sequence))
  75      nrerror("sequence and structure have unequal length");
  76
  77    if (strcmp(fname,"-")==0)
  78      ct = stdout;
  79    else {
  80      ct = fopen(fname, "a");
  81      if (ct==NULL) nrerror("can't open .ct file");
  82    }
  83
  84    fprintf(ct, "%5d ENERGY = %7.1f    %s\n", length, energy, name);
  85    for (i=1; i<=length; i++)
  86      fprintf(ct, "%5d %c   %5d %4d %4d %4d\n",
  87              i, sequence[i-1], i-1, (i+1)%(length+1), table[i], i);
  88    if (strcmp(fname,"-"))
  89      fclose(ct);
  90    else fflush(ct);
  91 }
  92
  93 short *make_pair_table(const char *structure)
  94 {
  95     /* returns array representation of structure.
  96        table[i] is 0 if unpaired or j if (i.j) pair.  */
  97    int i,j,hx;
  98    int length;
  99    short *stack;
 100    short *table;
 101
 102    length = strlen(structure);
 103    stack = (short *) space(sizeof(short)*(length+1));
 104    table = (short *) space(sizeof(short)*(length+2));
 105    table[0] = length;
 106
 107    for (hx=0, i=1; i<=length; i++) {
 108       switch (structure[i-1]) {
 109        case '(':
 110          stack[hx++]=i;
 111          break;
 112        case ')':
 113          j = stack[--hx];
 114          if (hx<0) {
 115             fprintf(stderr, "unbalanced brackets in %s\n", structure);
 116             free(stack); free(table); return NULL;
 117          }
 118          table[i]=j;
 119          table[j]=i;
 120          break;
 121        default:   /* unpaired base, usually '.' */
 122          table[i]= 0;
 123          break;
 124       }
 125    }
 126    free(stack);
 127    if (hx!=0) {
 128       fprintf(stderr, "unbalanced brackets %s\n", structure);
 129       free(table);
 130       return NULL;
 131    }
 132    return(table);
 133 }
 134
 135 void *space(unsigned size)
 136 {
 137     void *pointer;
 138
 139     if ( (pointer = (void *) calloc(1, size)) == NULL) {
 140        fprintf(stderr,"SPACE: requested size: %d\n", size);
 141        nrerror("SPACE allocation failure -> no memory");
 142     }
 143     return  pointer;
 144 }
 145
 146
 147 void nrerror(char *message)       /* output message upon error */
 148 {
 149     fprintf(stderr, "\n%s\n", message);
 150     exit(0);
 151 }
 152