binaries/src/ViennaRNA/Utils/dpzoom.pl

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2 # zoom into a PostScript dot plot produced by RNAfold, RNAalifold or alidot
   3 # Last changed Time-stamp: <2003-03-24 12:47:26 ivo>
   4 sub usage {
   5   die "Usage: $0 [-f first] [-l last] [dp_file]\n";
   6 }
   7
   8 $from=1;
   9 $to = -1;
  10 # parse command line
  11 while ($_ = shift) {
  12   /^-[\?h]/ && usage();
  13   /^-f$/ && ($from = shift, next );
  14   /^-l$/ && ($to   = shift, next );
  15   unshift (@ARGV, $_);
  16   last;
  17 }
  18
  19 usage() if eof();
  20
  21 while (<>) {
  22   if (/\/sequence \{ \((\S*)[\\\)]/) {
  23     $seq = $1;              # empty for new version
  24     while (!/\) \} def/) {  # read until end of definition
  25       $_ = <>;
  26       /(\S*)[\\\)]/;      # ends either with `)' or `\'
  27       $seq .= $1;
  28     }
  29     if ($to>$from) { $seq=substr($seq,$from-1,$to-$from+1) }
  30     else { $seq=substr($seq,$from-1) }
  31     print  "% Subsequence from $from to $to\n";
  32     print "/sequence { (\\\n";
  33     for ($p=0; $p<length($seq); $p+=250)  {
  34       print substr($seq,$p, 250), "\\\n";
  35     }
  36     print ") } def\n";
  37   }
  38   elsif (/(\d+) (\d+) (.*box$)/) {
  39     $i=$1; $j=$2;
  40     next if (($i<$from) || (($j>$to)&&($to>0)));
  41     $i -= ($from-1);
  42     $j -= ($from-1);
  43     printf "%d %d %s\n", $i, $j, $3;
  44   }
  45   else {print}
  46 }