binaries/src/ViennaRNA/doc/html/formula.repository

   1 \form#0:$q1k(k) = Q(1, k)$
   2 \form#1:$qln(l) = Q(l, n)$
   3 \form#2:$ e^{-E/(\alpha \cdot K \cdot T)} $
   4 \form#3:$ p(i,j) = S_i + S_j - p_ij*ln(p_ij) $
   5 \form#4:$\Sigma$
   6 \form#5:$ \Sigma = \{A,U,C,G\} $
   7 \form#6:$\mathrm{strlen}(\mathrm{sequence})+1$
   8 \form#7:$exp{((-F/kT)/length)}$
   9 \form#8:$F$
  10 \form#9:$-kT \cdot \log(p)$
  11 \form#10:$p$
  12 \form#11:$\Delta G$
  13 \form#12:$10^{-2} * \mathrm{kcal}/\mathrm{mol}$
  14 \form#13:$e^{-\Delta G/kT} $
  15 \form#14:$(n+m)$
  16 \form#15:\[ A(S) = \sum_{(i,j) \in S} 2 \gamma p_{ij} + \sum_{i \notin S} p^u_i \]
  17 \form#16:$\gamma$
  18 \form#17:$ exp(-\Delta G / kT) $
  19 \form#18:$Q$
  20 \form#19:$G = -RT \cdot \log(Q) $
  21 \form#20:$ <d(S)> = \sum_{(i,j) \in S} (1-p_{ij}) + \sum_{(i,j) \notin S} p_{ij} $
  22 \form#21:$p_ij>0.5$
  23 \form#22:$<d> = \sum_{a,b} p_a p_b d(S_a,S_b)$
  24 \form#23:$p_ij$
  25 \form#24:$<d> = \sum_{ij} p_{ij}(1-p_{ij})$
  26 \form#25:$P^t$
  27 \form#26:$rs$
  28 \form#27:$[0,1]$
  29 \form#28:$ P^{t}_x[i] = X[i] * rs$
  30 \form#29:$P^{t}_y[i] = Y[i] * rs$