binaries/src/ViennaRNA/man/RNAparconv.1

   1 2.1.2
   2
   3 .\" DO NOT MODIFY THIS FILE!  It was generated by help2man 1.38.2.
   4 .TH RNAPARCONV "1" "July 2013" "RNAparconv 2.1.2" "User Commands"
   5 .SH NAME
   6 RNAparconv \- manual page for RNAparconv 2.1.2
   7 .SH SYNOPSIS
   8 .B RNAparconv
   9 [\fIoptions\fR] [\fI<input file>\fR] [\fI<output file>\fR]
  10 .SH DESCRIPTION
  11 RNAparconv 2.1.2
  12 .PP
  13 Convert energy parameter files from ViennaRNA 1.8.4 to 2.0 format
  14 .PP
  15 Converts energy parameter files from "old" ViennaRNAPackage 1.8.4 format to
  16 the new format used since ViennaRNAPackage 2.0.
  17 The Program reads a valid energy parameter file or valid energy parameters from
  18 stdin and prints the converted energy parameters to stdout or a specified
  19 output file. Per default, the converted output file contains the whole set of
  20 energy parameters used throughout ViennaRNAPackage 1.8.4. The user can specify
  21 sets of energy parameters that should not be included in the output.
  22 .TP
  23 \fB\-h\fR, \fB\-\-help\fR
  24 Print help and exit
  25 .TP
  26 \fB\-\-full\-help\fR
  27 Print help, including hidden options, and exit
  28 .TP
  29 \fB\-V\fR, \fB\-\-version\fR
  30 Print version and exit
  31 .TP
  32 \fB\-o\fR, \fB\-\-output\fR=\fIfilename\fR
  33 Specify an output file name. If argument is missing
  34 the converted energy parameters are printed to
  35 \&'stdout'.
  36 .TP
  37 \fB\-i\fR, \fB\-\-input\fR=\fIfilename\fR
  38 Specify an input file name. If argument is missing
  39 the energy parameter input can be supplied via
  40 \&'stdin'.
  41 .TP
  42 \fB\-\-vanilla\fR
  43 Print just as much as needed to represent the given
  44 energy parameters data set.
  45 This option overrides all other output settings!
  46 .IP
  47 (default=off)
  48 .TP
  49 \fB\-\-dump\fR
  50 Just dump Vienna 1.8.4 energy parameters in format
  51 used since 2.0.
  52 This option skips any energy parameter input!
  53 .IP
  54 (default=off)
  55 .TP
  56 \fB\-\-silent\fR
  57 Print just energy parameters and appropriate comment
  58 lines but suppress all other output
  59 .IP
  60 (default=off)
  61 .TP
  62 \fB\-\-without\-HairpinE\fR
  63 Do not print converted hairpin energies and
  64 enthalpies
  65 .IP
  66 (default=off)
  67 .TP
  68 \fB\-\-without\-StackE\fR
  69 Do not print converted stacking energies and
  70 enthalpies
  71 .IP
  72 (default=off)
  73 .TP
  74 \fB\-\-without\-IntE\fR
  75 Do not print converted interior loop energies,
  76 enthalpies and asymetry factors
  77 .IP
  78 (default=off)
  79 .TP
  80 \fB\-\-without\-BulgeE\fR
  81 Do not print converted bulge loop energies and
  82 enthalpies
  83 .IP
  84 (default=off)
  85 .TP
  86 \fB\-\-without\-MultiE\fR
  87 Do not print converted multi loop energies and
  88 enthalpies
  89 .IP
  90 (default=off)
  91 .TP
  92 \fB\-\-without\-MismatchE\fR
  93 Do not print converted exterior loop mismatch
  94 energies and enthalpies
  95 .IP
  96 (default=off)
  97 .TP
  98 \fB\-\-without\-MismatchH\fR
  99 Do not print converted hairpin mismatch energies and
 100 enthalpies
 101 .IP
 102 (default=off)
 103 .TP
 104 \fB\-\-without\-MismatchI\fR
 105 Do not print converted interior loop mismatch
 106 energies and enthalpies
 107 .IP
 108 (default=off)
 109 .TP
 110 \fB\-\-without\-MismatchM\fR
 111 Do not print converted multi loop mismatch energies
 112 and enthalpies
 113 .IP
 114 (default=off)
 115 .TP
 116 \fB\-\-without\-Dangle5\fR
 117 Do not print converted 5' dangle energies and
 118 enthalpies
 119 .IP
 120 (default=off)
 121 .TP
 122 \fB\-\-without\-Dangle3\fR
 123 Do not print converted 3' dangle energies and
 124 enthalpies
 125 .IP
 126 (default=off)
 127 .TP
 128 \fB\-\-without\-Misc\fR
 129 Do not print converted Misc energies and enthalpies
 130 (TerminalAU, DuplexInit, lxc)
 131 .IP
 132 (default=off)
 133 .SH AUTHOR
 134
 135 Ronny Lorenz
 136 .SH REFERENCES
 137 .I If you use this program in your work you might want to cite:
 138
 139 R. Lorenz, S.H. Bernhart, C. Hoener zu Siederdissen, H. Tafer, C. Flamm, P.F. Stadler and I.L. Hofacker (2011),
 140 "ViennaRNA Package 2.0",
 141 Algorithms for Molecular Biology: 6:26
 142
 143 I.L. Hofacker, W. Fontana, P.F. Stadler, S. Bonhoeffer, M. Tacker, P. Schuster (1994),
 144 "Fast Folding and Comparison of RNA Secondary Structures",
 145 Monatshefte f. Chemie: 125, pp 167-188
 146
 147
 148 .I The energy parameters are taken from:
 149
 150 D.H. Mathews, M.D. Disney, D. Matthew, J.L. Childs, S.J. Schroeder, J. Susan, M. Zuker, D.H. Turner (2004),
 151 "Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure",
 152 Proc. Natl. Acad. Sci. USA: 101, pp 7287-7292
 153
 154 D.H Turner, D.H. Mathews (2009),
 155 "NNDB: The nearest neighbor parameter database for predicting stability of nucleic acid secondary structure",
 156 Nucleic Acids Research: 38, pp 280-282
 157 .SH "REPORTING BUGS"
 158 If in doubt our program is right, nature is at fault.
 159 .br
 160 Comments should be sent to rna@tbi.univie.ac.at.