binaries/src/clustalw/src/tree/AlignmentSteps.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 /**
   7  * The AlignmentSteps class is used to hold the progressive alignment steps that have
   8  * been calculated from the guide tree.
   9  *
  10  * Note: I have pushed an empty vector onto steps, so that the steps will match up
  11  * with the old sets array.
  12  *
  13  ***************************************************************************************/
  14
  15 #ifndef ALIGNMENTSTEPS_H
  16 #define ALIGNMENTSTEPS_H
  17
  18 #include <vector>
  19 #include <string>
  20 #include <iostream>
  21
  22 using namespace std;
  23
  24 namespace clustalw
  25 {
  26
  27 class AlignmentSteps
  28 {
  29     public:
  30         /* Functions */
  31         AlignmentSteps() : numSteps(0){steps.push_back(vector<int>());}; // Empty vector
  32         void saveSet(int n, int *groups);
  33         void saveSet(vector<int>* groups);
  34         int getNumSteps();
  35         string getNextStep();
  36         void printAlignSteps();
  37         const vector<vector<int> >* getSteps(){return &steps;};
  38         vector<int>* getStep(int i){return &steps[i];};
  39         void clear();
  40         /* Attributes */
  41
  42     private:
  43         /* Functions */
  44
  45         /* Attributes */
  46         vector<vector<int> > steps;
  47         int numSteps;
  48 };
  49
  50 }
  51 #endif