conf/settings/ClustalParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3         <runnerClassName>compbio.runner.clustal.ClustalW</runnerClassName>\r
   4         <options>\r
   5                 <name>NOPGAP</name>\r
   6                 <description>Residue-specific gaps off</description>\r
   7                 <optionNames>-NOPGAP</optionNames>\r
   8                 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
   9         </options>\r
  10         <options>\r
  11                 <name>No transition weighting</name>\r
  12                 <description>Disable sequence weighting</description>\r
  13                 <optionNames>-NOWEIGHTS</optionNames>\r
  14                 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  15         </options>\r
  16         <options>\r
  17                 <name>NOHGAP</name>\r
  18                 <description>Hydrophilic gaps off</description>\r
  19                 <optionNames>-NOHGAP</optionNames>\r
  20                 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  21         </options>\r
  22         <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
  23         <parameters>\r
  24                 <name>Transition weighting</name>\r
  25                 <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>\r
  26                 <optionNames>-TRANSWEIGHT</optionNames>\r
  27                 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  28                 <defaultValue>0.5</defaultValue>\r
  29                 <validValue>\r
  30                         <type>Float</type>\r
  31                         <min>0</min>\r
  32                         <max>10</max>\r
  33                 </validValue>\r
  34         </parameters>\r
  35         <parameters>\r
  36                 <name>Type</name>\r
  37                 <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>\r
  38                 <optionNames>-TYPE</optionNames>\r
  39                 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  40                 <defaultValue>PROTEIN</defaultValue>\r
  41                 <possibleValues>PROTEIN</possibleValues>\r
  42                 <possibleValues>DNA</possibleValues>\r
  43         </parameters>\r
  44         <parameters>\r
  45                 <name>OUTORDER</name>\r
  46                 <description>As per INPUT or ALIGNED</description>\r
  47                 <optionNames>-OUTORDER</optionNames>\r
  48                 <defaultValue>INPUT</defaultValue>\r
  49                 <possibleValues>INPUT</possibleValues>\r
  50                 <possibleValues>ALIGNED</possibleValues>\r
  51         </parameters>\r
  52         <parameters>\r
  53                 <name>MATRIX</name>\r
  54                 <description>Protein weight matrix</description>\r
  55                 <optionNames>-MATRIX</optionNames>\r
  56                 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  57                 <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
  58                 <!-- Clustal build in matrices\r
  59                 <possibleValues>BLOSUM</possibleValues>\r
  60                 <possibleValues>PAM</possibleValues>\r
  61                 <possibleValues>ID</possibleValues>\r
  62                 <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
  63                  -->\r
  64                 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
  65                 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
  66                 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
  67                 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
  68                 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
  69                 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
  70                 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
  71                 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
  72                 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
  73                 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
  74                 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
  75                 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
  76                 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
  77                 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
  78                 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
  79                 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
  80                 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
  81                 <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
  82                 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
  83                 <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
  84                 <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
  85                 <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
  86                 <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
  87                 <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
  88                 <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
  89                 <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
  90                 <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
  91                 <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
  92                 <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
  93                 <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
  94                 <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
  95                 <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
  96                 <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
  97                 <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
  98                 <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
  99                 <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
 100                 <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
 101                 <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
 102                 <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
 103                 <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
 104                 <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
 105                 <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
 106                 <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
 107                 <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
 108                 <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
 109                 <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
 110                 <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
 111                 <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
 112                 <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
 113                 <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
 114                 <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
 115                 <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
 116                 <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
 117                 <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
 118                 <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
 119                 <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
 120                 <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
 121                 <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
 122                 <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
 123                 <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
 124                 <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
 125                 <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
 126                 <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
 127                 <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
 128                 <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
 129                 <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
 130                 <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
 131                 <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
 132                 <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
 133                 <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
 134                 <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
 135                 <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
 136         </parameters>\r
 137         <parameters>\r
 138                 <name>GAPOPEN</name>\r
 139                 <description>Gap opening penalty</description>\r
 140                 <optionNames>-GAPOPEN</optionNames>\r
 141                 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
 142                 <defaultValue>10</defaultValue>\r
 143                 <validValue>\r
 144                         <type>Float</type>\r
 145                         <min>0</min>\r
 146                         <max>1000</max>\r
 147                 </validValue>\r
 148         </parameters>\r
 149         <parameters>\r
 150                 <name>-GAPEXT</name>\r
 151                 <description>Gap extension penalty</description>\r
 152                 <optionNames>-GAPEXT</optionNames>\r
 153                 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
 154                 <defaultValue>0.1</defaultValue>\r
 155                 <validValue>\r
 156                         <type>Float</type>\r
 157                         <min>0</min>\r
 158                         <max>10</max>\r
 159                 </validValue>\r
 160         </parameters>\r
 161         <parameters>\r
 162                 <name>ENDGAPS</name>\r
 163                 <description>End gap separation pen</description>\r
 164                 <optionNames>-ENDGAPS</optionNames>\r
 165                 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
 166                 <defaultValue>0.5</defaultValue>\r
 167                 <validValue>\r
 168                         <type>Float</type>\r
 169                         <min>0</min>\r
 170                         <max>10</max>\r
 171                 </validValue>\r
 172         </parameters>\r
 173         <parameters>\r
 174                 <name>GAPDIST</name>\r
 175                 <description>Gap separation pen. range</description>\r
 176                 <optionNames>-GAPDIST</optionNames>\r
 177                 <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
 178                 <defaultValue>1</defaultValue>\r
 179                 <validValue>\r
 180                         <type>Integer</type>\r
 181                         <min>0</min>\r
 182                         <max>50</max>\r
 183                 </validValue>\r
 184         </parameters>\r
 185 </runnerConfig>\r