runner/compbio/runner/_impl/BlastParameters.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
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  11  * \r
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  14  * \r
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  17  */\r
  18 package compbio.runner._impl;\r
  19 \r
  20 \r
  21 /**\r
  22  * Utility class for common Blast parameters \r
  23  * @author pvtroshin\r
  24  * TODO\r
  25  */\r
  26 public class BlastParameters {\r
  27 \r
  28         private BlastParameters() { } // prevent instantiation \r
  29         \r
  30         static final String parInput = "-i";\r
  31         static final String parDatabase = "-d ";\r
  32         static final String parOutput = "-o";\r
  33         static final String parEvalue= "-e";    \r
  34         final static String parDel = " ";\r
  35         static final String parAlView = "-m 9";\r
  36 \r
  37         \r
  38 \r
  39         \r
  40 }\r