website/dm_javadoc/index-files/index-6.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_14) on Wed Feb 17 16:46:28 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 G-Index\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="G-Index";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Index</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="index-5.html"><B>PREV LETTER</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="index-7.html"><B>NEXT LETTER</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../index.html?index-filesindex-6.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="index-6.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 </TABLE>\r
  78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  80 \r
  81 <A HREF="index-1.html">A</A> <A HREF="index-2.html">C</A> <A HREF="index-3.html">D</A> <A HREF="index-4.html">E</A> <A HREF="index-5.html">F</A> <A HREF="index-6.html">G</A> <A HREF="index-7.html">H</A> <A HREF="index-8.html">I</A> <A HREF="index-9.html">J</A> <A HREF="index-10.html">L</A> <A HREF="index-11.html">M</A> <A HREF="index-12.html">N</A> <A HREF="index-13.html">O</A> <A HREF="index-14.html">P</A> <A HREF="index-15.html">R</A> <A HREF="index-16.html">S</A> <A HREF="index-17.html">T</A> <A HREF="index-18.html">U</A> <A HREF="index-19.html">V</A> <A HREF="index-20.html">W</A> <HR>\r
  82 <A NAME="_G_"><!-- --></A><H2>\r
  83 <B>G</B></H2>\r
  84 <DL>\r
  85 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/ClustalAlignmentUtil.html#gapchar"><B>gapchar</B></A> - \r
  86 Static variable in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/ClustalAlignmentUtil.html" title="class in compbio.data.sequence">ClustalAlignmentUtil</A>\r
  87 <DD>Dash char to be used as gap char in the alignments\r
  88 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html#getActualNumberofSequences()"><B>getActualNumberofSequences()</B></A> - \r
  89 Method in exception compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>\r
  90 <DD>&nbsp;\r
  91 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArgument(java.lang.String)"><B>getArgument(String)</B></A> - \r
  92 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
  93 <DD>Returns the argument by its name if found, NULL otherwise\r
  94 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArgumentByOptionName(java.lang.String)"><B>getArgumentByOptionName(String)</B></A> - \r
  95 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
  96 <DD>Returns the argument by option name, NULL if the argument is not found\r
  97 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#getArguments(compbio.metadata.RunnerConfig)"><B>getArguments(RunnerConfig&lt;T&gt;)</B></A> - \r
  98 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
  99 <DD>Converts list of options as String to type Option\r
 100 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArguments()"><B>getArguments()</B></A> - \r
 101 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 102 <DD>&nbsp;\r
 103 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Limit.html#getAvgSeqLength()"><B>getAvgSeqLength()</B></A> - \r
 104 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>\r
 105 <DD>&nbsp;\r
 106 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Limit.html#getAvgSequenceLength(java.util.List)"><B>getAvgSequenceLength(List&lt;FastaSequence&gt;)</B></A> - \r
 107 Static method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>\r
 108 <DD>Calculates an average sequence length of the dataset\r
 109 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ChunkHolder.html#getChunk()"><B>getChunk()</B></A> - \r
 110 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A>\r
 111 <DD>&nbsp;\r
 112 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitsManager.html#getDefaultLimit()"><B>getDefaultLimit()</B></A> - \r
 113 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>\r
 114 <DD>&nbsp;\r
 115 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Argument.html#getDefaultValue()"><B>getDefaultValue()</B></A> - \r
 116 Method in interface compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>\r
 117 <DD>&nbsp;\r
 118 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#getDefaultValue()"><B>getDefaultValue()</B></A> - \r
 119 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 120 <DD>A default value of the option.\r
 121 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Argument.html#getDescription()"><B>getDescription()</B></A> - \r
 122 Method in interface compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>\r
 123 <DD>&nbsp;\r
 124 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#getDescription()"><B>getDescription()</B></A> - \r
 125 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 126 <DD>A long description of the Option\r
 127 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#getDescription()"><B>getDescription()</B></A> - \r
 128 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
 129 <DD>&nbsp;\r
 130 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getFormatedSequence(int)"><B>getFormatedSequence(int)</B></A> - \r
 131 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>\r
 132 <DD>Format sequence per width letter in one string.\r
 133 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getFormattedFasta()"><B>getFormattedFasta()</B></A> - \r
 134 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>\r
 135 <DD>&nbsp;\r
 136 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Argument.html#getFurtherDetails()"><B>getFurtherDetails()</B></A> - \r
 137 Method in interface compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>\r
 138 <DD>&nbsp;\r
 139 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#getFurtherDetails()"><B>getFurtherDetails()</B></A> - \r
 140 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 141 <DD>The URL where further details about the option can be found\r
 142 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/AlignmentMetadata.html#getGapchar()"><B>getGapchar()</B></A> - \r
 143 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/AlignmentMetadata.html" title="class in compbio.data.sequence">AlignmentMetadata</A>\r
 144 <DD>&nbsp;\r
 145 <DT><A HREF="../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getHost(java.lang.String[])"><B>getHost(String[])</B></A> - \r
 146 Static method in class compbio.ws.client.<A HREF="../compbio/ws/client/Jws2Client.html" title="class in compbio.ws.client">Jws2Client</A>\r
 147 <DD>Extracts host name from the command line\r
 148 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getId()"><B>getId()</B></A> - \r
 149 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>\r
 150 <DD>Gets the value of id\r
 151 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getLength()"><B>getLength()</B></A> - \r
 152 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>\r
 153 <DD>&nbsp;\r
 154 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitsManager.html#getLimitByName(java.lang.String)"><B>getLimitByName(String)</B></A> - \r
 155 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>\r
 156 <DD>&nbsp;\r
 157 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitsManager.html#getLimits()"><B>getLimits()</B></A> - \r
 158 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>\r
 159 <DD>&nbsp;\r
 160 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html#getMax()"><B>getMax()</B></A> - \r
 161 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>\r
 162 <DD>&nbsp;\r
 163 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/Alignment.html#getMetadata()"><B>getMetadata()</B></A> - \r
 164 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A>\r
 165 <DD>&nbsp;\r
 166 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html#getMin()"><B>getMin()</B></A> - \r
 167 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>\r
 168 <DD>&nbsp;\r
 169 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Argument.html#getName()"><B>getName()</B></A> - \r
 170 Method in interface compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>\r
 171 <DD>&nbsp;\r
 172 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#getName()"><B>getName()</B></A> - \r
 173 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 174 <DD>Human readable name of the option\r
 175 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#getName()"><B>getName()</B></A> - \r
 176 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
 177 <DD>&nbsp;\r
 178 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ChunkHolder.html#getNextPosition()"><B>getNextPosition()</B></A> - \r
 179 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A>\r
 180 <DD>&nbsp;\r
 181 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html#getNumberOfSequencesAllowed()"><B>getNumberOfSequencesAllowed()</B></A> - \r
 182 Method in exception compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>\r
 183 <DD>&nbsp;\r
 184 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getOnelineFasta()"><B>getOnelineFasta()</B></A> - \r
 185 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>\r
 186 <DD>&nbsp;\r
 187 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#getOptionName()"><B>getOptionName()</B></A> - \r
 188 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
 189 <DD>&nbsp;\r
 190 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#getOptionNames()"><B>getOptionNames()</B></A> - \r
 191 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 192 <DD>&nbsp;\r
 193 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#getOptions()"><B>getOptions()</B></A> - \r
 194 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
 195 <DD>&nbsp;\r
 196 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getOptions()"><B>getOptions()</B></A> - \r
 197 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 198 <DD>&nbsp;\r
 199 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getParameters()"><B>getParameters()</B></A> - \r
 200 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 201 <DD>&nbsp;\r
 202 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Argument.html#getPossibleValues()"><B>getPossibleValues()</B></A> - \r
 203 Method in interface compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>\r
 204 <DD>&nbsp;\r
 205 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#getPossibleValues()"><B>getPossibleValues()</B></A> - \r
 206 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 207 <DD>List of possible optionNames\r
 208 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#getPossibleValues()"><B>getPossibleValues()</B></A> - \r
 209 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
 210 <DD>List is more convenient to work with\r
 211 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Limit.html#getPreset()"><B>getPreset()</B></A> - \r
 212 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>\r
 213 <DD>&nbsp;\r
 214 <DT><A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html#getPresetByName(java.lang.String)"><B>getPresetByName(String)</B></A> - \r
 215 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>\r
 216 <DD>&nbsp;\r
 217 <DT><A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html#getPresets()"><B>getPresets()</B></A> - \r
 218 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>\r
 219 <DD>&nbsp;\r
 220 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getPrmSeparator()"><B>getPrmSeparator()</B></A> - \r
 221 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 222 <DD>&nbsp;\r
 223 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/AlignmentMetadata.html#getProgram()"><B>getProgram()</B></A> - \r
 224 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/AlignmentMetadata.html" title="class in compbio.data.sequence">AlignmentMetadata</A>\r
 225 <DD>&nbsp;\r
 226 <DT><A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html#getRunnerClassName()"><B>getRunnerClassName()</B></A> - \r
 227 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>\r
 228 <DD>&nbsp;\r
 229 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getRunnerClassName()"><B>getRunnerClassName()</B></A> - \r
 230 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 231 <DD>&nbsp;\r
 232 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Limit.html#getSeqNumber()"><B>getSeqNumber()</B></A> - \r
 233 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>\r
 234 <DD>&nbsp;\r
 235 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getSequence()"><B>getSequence()</B></A> - \r
 236 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>\r
 237 <DD>Gets the value of sequence\r
 238 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html#getSequenceLenghtActual()"><B>getSequenceLenghtActual()</B></A> - \r
 239 Method in exception compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>\r
 240 <DD>&nbsp;\r
 241 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html#getSequenceLenghtAllowed()"><B>getSequenceLenghtAllowed()</B></A> - \r
 242 Method in exception compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>\r
 243 <DD>&nbsp;\r
 244 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/Alignment.html#getSequences()"><B>getSequences()</B></A> - \r
 245 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A>\r
 246 <DD>&nbsp;\r
 247 <DT><A HREF="../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getServiceName(java.lang.String[])"><B>getServiceName(String[])</B></A> - \r
 248 Static method in class compbio.ws.client.<A HREF="../compbio/ws/client/Jws2Client.html" title="class in compbio.ws.client">Jws2Client</A>\r
 249 <DD>Extracts service name from the command line\r
 250 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/Alignment.html#getSize()"><B>getSize()</B></A> - \r
 251 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A>\r
 252 <DD>&nbsp;\r
 253 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html#getType()"><B>getType()</B></A> - \r
 254 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>\r
 255 <DD>&nbsp;\r
 256 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#getValidValue()"><B>getValidValue()</B></A> - \r
 257 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
 258 <DD>&nbsp;\r
 259 </DL>\r
 260 <HR>\r
 261 \r
 262 \r
 263 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 264 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 265 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 266 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 267 <TR>\r
 268 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 269 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 270 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 271   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 272   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 273   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
 274   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
 275   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
 276   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 277   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 278   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Index</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 279   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 280   </TR>\r
 281 </TABLE>\r
 282 </TD>\r
 283 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 284 </EM>\r
 285 </TD>\r
 286 </TR>\r
 287 \r
 288 <TR>\r
 289 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 290 &nbsp;<A HREF="index-5.html"><B>PREV LETTER</B></A>&nbsp;\r
 291 &nbsp;<A HREF="index-7.html"><B>NEXT LETTER</B></A></FONT></TD>\r
 292 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 293   <A HREF="../index.html?index-filesindex-6.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 294 &nbsp;<A HREF="index-6.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 295 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 296   <!--\r
 297   if(window==top) {\r
 298     document.writeln('<A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 299   }\r
 300   //-->\r
 301 </SCRIPT>\r
 302 <NOSCRIPT>\r
 303   <A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 304 </NOSCRIPT>\r
 305 \r
 306 \r
 307 </FONT></TD>\r
 308 </TR>\r
 309 </TABLE>\r
 310 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 311 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 312 \r
 313 <A HREF="index-1.html">A</A> <A HREF="index-2.html">C</A> <A HREF="index-3.html">D</A> <A HREF="index-4.html">E</A> <A HREF="index-5.html">F</A> <A HREF="index-6.html">G</A> <A HREF="index-7.html">H</A> <A HREF="index-8.html">I</A> <A HREF="index-9.html">J</A> <A HREF="index-10.html">L</A> <A HREF="index-11.html">M</A> <A HREF="index-12.html">N</A> <A HREF="index-13.html">O</A> <A HREF="index-14.html">P</A> <A HREF="index-15.html">R</A> <A HREF="index-16.html">S</A> <A HREF="index-17.html">T</A> <A HREF="index-18.html">U</A> <A HREF="index-19.html">V</A> <A HREF="index-20.html">W</A> <HR>\r
 314 \r
 315 </BODY>\r
 316 </HTML>\r