bin/jalview/appletgui/AlignViewport.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["jalview.structure.CommandListener", "$.SelectionSource", "$.VamsasSource", "jalview.viewmodel.AlignmentViewport", "java.awt.Font"], "jalview.appletgui.AlignViewport", ["awt2swing.Frame", "jalview.api.AlignViewportI", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.ColumnSelection", "$.SearchResults", "$.Sequence", "$.SequenceGroup", "jalview.schemes.ColourSchemeProperty", "jalview.structure.StructureSelectionManager", "jalview.util.Platform", "jalview.workers.AlignCalcManager", "java.lang.Float", "$.StringBuilder"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.cursorMode = false;\r
   5 this.font = null;\r
   6 this.validCharWidth = true;\r
   7 this.currentTree = null;\r
   8 this.applet = null;\r
   9 this.MAC = false;\r
  10 this.annotationColumnSelectionState = null;\r
  11 this.nullFrame = null;\r
  12 this.featureSettings = null;\r
  13 this.heightScale = 1;\r
  14 this.widthScale = 1;\r
  15 this.centreColumnLabels = false;\r
  16 this.followSelection = true;\r
  17 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  18 }, jalview.appletgui, "AlignViewport", jalview.viewmodel.AlignmentViewport, [jalview.structure.SelectionSource, jalview.structure.VamsasSource, jalview.structure.CommandListener]);\r
  19 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  20 this.font =  new java.awt.Font ("SansSerif", 0, 10);\r
  21 });\r
  22 Clazz.overrideMethod (c$, "finalize", \r
  23 function () {\r
  24 this.applet = null;\r
  25 this.quality = null;\r
  26 this.alignment = null;\r
  27 this.colSel = null;\r
  28 });\r
  29 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  30 function (al, applet) {\r
  31 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AlignViewport);\r
  32 this.calculator =  new jalview.workers.AlignCalcManager ();\r
  33 this.applet = applet;\r
  34 this.alignment = al;\r
  35 this.setPadGaps (true);\r
  36 this.startRes = 0;\r
  37 this.endRes = al.getWidth () - 1;\r
  38 this.startSeq = 0;\r
  39 this.endSeq = al.getHeight () - 1;\r
  40 if (applet != null) {\r
  41 var param = applet.widthScale;\r
  42 if (param != null) {\r
  43 try {\r
  44 this.widthScale =  new Float (param).floatValue ();\r
  45 } catch (e) {\r
  46 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  47 } else {\r
  48 throw e;\r
  49 }\r
  50 }\r
  51 if (this.widthScale <= 1.0) {\r
  52 System.err.println ("Invalid alignment character width scaling factor (" + this.widthScale + "). Ignoring.");\r
  53 this.widthScale = 1;\r
  54 }if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
  55 System.err.println ("Alignment character width scaling factor is now " + this.widthScale);\r
  56 }}param = applet.heightScale;\r
  57 if (param != null) {\r
  58 try {\r
  59 this.heightScale =  new Float (param).floatValue ();\r
  60 } catch (e) {\r
  61 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  62 } else {\r
  63 throw e;\r
  64 }\r
  65 }\r
  66 if (this.heightScale <= 1.0) {\r
  67 System.err.println ("Invalid alignment character height scaling factor (" + this.heightScale + "). Ignoring.");\r
  68 this.heightScale = 1;\r
  69 }if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
  70 System.err.println ("Alignment character height scaling factor is now " + this.heightScale);\r
  71 }}}this.setFont (this.font);\r
  72 this.MAC = jalview.util.Platform.isAMac ();\r
  73 if (applet != null) {\r
  74 this.setShowJVSuffix (applet.getDefaultParameter ("showFullId", this.getShowJVSuffix ()));\r
  75 this.setShowAnnotation (applet.getDefaultParameter ("showAnnotation", this.isShowAnnotation ()));\r
  76 this.showConservation = applet.getDefaultParameter ("showConservation", this.showConservation);\r
  77 this.showQuality = applet.getDefaultParameter ("showQuality", this.showQuality);\r
  78 this.showConsensus = applet.getDefaultParameter ("showConsensus", this.showConsensus);\r
  79 this.setShowUnconserved (applet.getDefaultParameter ("showUnconserved", this.getShowUnconserved ()));\r
  80 this.setScaleProteinAsCdna (applet.getDefaultParameter ("scaleProteinAsCdna", this.isScaleProteinAsCdna ()));\r
  81 var param = applet.upperCase;\r
  82 if (param != null) {\r
  83 if (param.equalsIgnoreCase ("bold")) {\r
  84 this.setUpperCasebold (true);\r
  85 }}this.sortByTree = applet.getDefaultParameter ("sortByTree", this.sortByTree);\r
  86 this.setFollowHighlight (applet.getDefaultParameter ("automaticScrolling", this.isFollowHighlight ()));\r
  87 this.followSelection = this.isFollowHighlight ();\r
  88 this.showSequenceLogo = applet.getDefaultParameter ("showSequenceLogo", this.showSequenceLogo);\r
  89 this.normaliseSequenceLogo = applet.getDefaultParameter ("normaliseSequenceLogo", applet.getDefaultParameter ("normaliseLogo", this.normaliseSequenceLogo));\r
  90 this.showGroupConsensus = applet.getDefaultParameter ("showGroupConsensus", this.showGroupConsensus);\r
  91 this.showGroupConservation = applet.getDefaultParameter ("showGroupConservation", this.showGroupConservation);\r
  92 this.showConsensusHistogram = applet.getDefaultParameter ("showConsensusHistogram", this.showConsensusHistogram);\r
  93 }if (applet != null) {\r
  94 var colour = applet.defaultColour;\r
  95 if (colour == null) {\r
  96 colour = applet.userDefinedColour;\r
  97 if (colour != null) {\r
  98 colour = "User Defined";\r
  99 }}if (colour != null) {\r
 100 this.globalColourScheme = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour (this.alignment, colour);\r
 101 if (this.globalColourScheme != null) {\r
 102 this.globalColourScheme.setConsensus (this.hconsensus);\r
 103 }}if (applet.userDefinedColour != null) {\r
 104 (this.globalColourScheme).parseAppletParameter (applet.userDefinedColour);\r
 105 }}this.initAutoAnnotation ();\r
 106 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.bin.JalviewLite");\r
 107 Clazz.defineMethod (c$, "getConsensusSeq", \r
 108 function () {\r
 109 if (this.consensus == null) {\r
 110 this.updateConsensus (null);\r
 111 }if (this.consensus == null) {\r
 112 return null;\r
 113 }var seqs =  new StringBuilder (this.consensus.annotations.length);\r
 114 for (var i = 0; i < this.consensus.annotations.length; i++) {\r
 115 if (this.consensus.annotations[i] != null) {\r
 116 if (this.consensus.annotations[i].description.charAt (0) == '[') {\r
 117 seqs.append (this.consensus.annotations[i].description.charAt (1));\r
 118 } else {\r
 119 seqs.append (this.consensus.annotations[i].displayCharacter);\r
 120 }}}\r
 121 var sq =  new jalview.datamodel.Sequence ("Consensus", seqs.toString ());\r
 122 sq.setDescription ("Percentage Identity Consensus " + ((this.ignoreGapsInConsensusCalculation) ? " without gaps" : ""));\r
 123 return sq;\r
 124 });\r
 125 Clazz.defineMethod (c$, "setFont", \r
 126 function (f) {\r
 127 this.font = f;\r
 128 if (this.nullFrame == null) {\r
 129 this.nullFrame =  new awt2swing.Frame ();\r
 130 this.nullFrame.addNotify ();\r
 131 this.nullFrame.setFont (this.font);\r
 132 }var fm = this.nullFrame.getGraphics ().getFontMetrics (this.font);\r
 133 this.setCharHeight (Clazz.floatToInt (this.heightScale * fm.getHeight ()));\r
 134 this.setCharWidth (Clazz.floatToInt (this.widthScale * fm.charWidth ('M')));\r
 135 if (this.isUpperCasebold ()) {\r
 136 var f2 =  new java.awt.Font (f.getName (), 1, f.getSize ());\r
 137 fm = this.nullFrame.getGraphics ().getFontMetrics (f2);\r
 138 this.setCharWidth (Clazz.floatToInt (this.widthScale * (Clazz.doubleToInt (fm.stringWidth ("MMMMMMMMMMM") / 10))));\r
 139 }}, "java.awt.Font");\r
 140 Clazz.defineMethod (c$, "getFont", \r
 141 function () {\r
 142 return this.font;\r
 143 });\r
 144 Clazz.defineMethod (c$, "resetSeqLimits", \r
 145 function (height) {\r
 146 this.setEndSeq (Clazz.doubleToInt (height / this.getCharHeight ()));\r
 147 }, "~N");\r
 148 Clazz.defineMethod (c$, "setCurrentTree", \r
 149 function (tree) {\r
 150 this.currentTree = tree;\r
 151 }, "jalview.analysis.NJTree");\r
 152 Clazz.defineMethod (c$, "getCurrentTree", \r
 153 function () {\r
 154 return this.currentTree;\r
 155 });\r
 156 Clazz.defineMethod (c$, "getCentreColumnLabels", \r
 157 function () {\r
 158 return this.centreColumnLabels;\r
 159 });\r
 160 Clazz.defineMethod (c$, "getFollowSelection", \r
 161 function () {\r
 162 return this.followSelection;\r
 163 });\r
 164 Clazz.overrideMethod (c$, "sendSelection", \r
 165 function () {\r
 166 this.getStructureSelectionManager ().sendSelection ( new jalview.datamodel.SequenceGroup (this.getSelectionGroup ()),  new jalview.datamodel.ColumnSelection (this.getColumnSelection ()), this);\r
 167 });\r
 168 Clazz.overrideMethod (c$, "getStructureSelectionManager", \r
 169 function () {\r
 170 return jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.applet);\r
 171 });\r
 172 Clazz.defineMethod (c$, "expandColSelection", \r
 173 function (sg, wholewidth) {\r
 174 var sgs;\r
 175 var sge;\r
 176 if (sg != null && (sgs = sg.getStartRes ()) >= 0 && sg.getStartRes () <= (sge = sg.getEndRes ()) && (this.colSel == null || this.colSel.getSelected () == null || this.colSel.getSelected ().size () == 0)) {\r
 177 if (!wholewidth && this.alignment.getWidth () == (1 + sge - sgs)) {\r
 178 return;\r
 179 }if (this.colSel == null) {\r
 180 this.colSel =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();\r
 181 }for (var cspos = sg.getStartRes (); cspos <= sg.getEndRes (); cspos++) {\r
 182 this.colSel.addElement (cspos);\r
 183 }\r
 184 }}, "jalview.datamodel.SequenceGroup,~B");\r
 185 Clazz.overrideMethod (c$, "isNormaliseSequenceLogo", \r
 186 function () {\r
 187 return this.normaliseSequenceLogo;\r
 188 });\r
 189 Clazz.defineMethod (c$, "setNormaliseSequenceLogo", \r
 190 function (state) {\r
 191 this.normaliseSequenceLogo = state;\r
 192 }, "~B");\r
 193 Clazz.overrideMethod (c$, "isValidCharWidth", \r
 194 function () {\r
 195 return this.validCharWidth;\r
 196 });\r
 197 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotationColumnSelectionState", \r
 198 function () {\r
 199 return this.annotationColumnSelectionState;\r
 200 });\r
 201 Clazz.defineMethod (c$, "setAnnotationColumnSelectionState", \r
 202 function (annotationColumnSelectionState) {\r
 203 this.annotationColumnSelectionState = annotationColumnSelectionState;\r
 204 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser");\r
 205 Clazz.overrideMethod (c$, "mirrorCommand", \r
 206 function (command, undo, ssm, source) {\r
 207 if (Clazz.instanceOf (source, jalview.api.AlignViewportI) && (source).getCodingComplement () === this) {\r
 208 } else {\r
 209 return;\r
 210 }var mappedCommand = ssm.mapCommand (command, undo, this.getAlignment (), this.getGapCharacter ());\r
 211 if (mappedCommand != null) {\r
 212 mappedCommand.doCommand (null);\r
 213 this.firePropertyChange ("alignment", null, this.getAlignment ().getSequences ());\r
 214 }}, "jalview.commands.CommandI,~B,jalview.structure.StructureSelectionManager,jalview.structure.VamsasSource");\r
 215 Clazz.overrideMethod (c$, "getVamsasSource", \r
 216 function () {\r
 217 return this;\r
 218 });\r
 219 Clazz.defineMethod (c$, "scrollComplementaryAlignment", \r
 220 function (complementPanel) {\r
 221 if (complementPanel == null) {\r
 222 return;\r
 223 }var sr =  new jalview.datamodel.SearchResults ();\r
 224 var seqOffset = this.findComplementScrollTarget (sr);\r
 225 if (!sr.isEmpty ()) {\r
 226 complementPanel.setFollowingComplementScroll (true);\r
 227 complementPanel.scrollToCentre (sr, seqOffset);\r
 228 }}, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
 229 });\r