site/j2s/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis.scoremodels");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.analysis.ScoreModelI", "$.ViewBasedAnalysisI"], "jalview.analysis.scoremodels.FeatureScoreModel", ["jalview.util.Comparison", "java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.Hashtable"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.fr = null;\r
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   6 }, jalview.analysis.scoremodels, "FeatureScoreModel", null, [jalview.api.analysis.ScoreModelI, jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI]);\r
   7 Clazz.overrideMethod (c$, "configureFromAlignmentView", \r
   8 function (view) {\r
   9 this.fr = view.cloneFeatureRenderer ();\r
  10 return true;\r
  11 }, "jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
  12 Clazz.overrideMethod (c$, "findDistances", \r
  13 function (seqData) {\r
  14 var nofeats = 0;\r
  15 var dft = java.util.Arrays.asList (this.fr.getDisplayedFeatureTypes ());\r
  16 if (dft != null) {\r
  17 nofeats = dft.size ();\r
  18 }var sequenceString = seqData.getVisibleAlignment (jalview.util.Comparison.GapChars.charAt (0)).getSequencesArray ();\r
  19 var noseqs = sequenceString.length;\r
  20 var cpwidth = seqData.getWidth ();\r
  21 var distance =  Clazz.newFloatArray (noseqs, noseqs, 0);\r
  22 if (nofeats == 0) {\r
  23 for (var d, $d = 0, $$d = distance; $d < $$d.length && ((d = $$d[$d]) || true); $d++) {\r
  24 for (var i = 0; i < d.length; d[i++] = 0) {\r
  25 ;}\r
  26 }\r
  27 return distance;\r
  28 }var max = 0;\r
  29 for (var cpos = 0; cpos < cpwidth; cpos++) {\r
  30 var sfap =  new java.util.ArrayList ();\r
  31 for (var i = 0; i < noseqs; i++) {\r
  32 var types =  new java.util.Hashtable ();\r
  33 var sfs = this.fr.findFeaturesAtRes (sequenceString[i], sequenceString[i].findPosition (cpos));\r
  34 for (var sf, $sf = sfs.iterator (); $sf.hasNext () && ((sf = $sf.next ()) || true);) {\r
  35 types.put (sf.getType (), sf);\r
  36 }\r
  37 sfap.add (types);\r
  38 }\r
  39 for (var i = 0; i < (noseqs - 1); i++) {\r
  40 if (cpos == 0) {\r
  41 distance[i][i] = 0;\r
  42 }for (var j = i + 1; j < noseqs; j++) {\r
  43 var sfcommon = 0;\r
  44 var fi = sfap.get (i);\r
  45 var fk;\r
  46 var fj = sfap.get (j);\r
  47 if (fi.size () > fj.size ()) {\r
  48 fk = fj;\r
  49 } else {\r
  50 fk = fi;\r
  51 fi = fj;\r
  52 }for (var k, $k = fi.keySet ().iterator (); $k.hasNext () && ((k = $k.next ()) || true);) {\r
  53 var sfj = fk.get (k);\r
  54 if (sfj != null) {\r
  55 sfcommon++;\r
  56 }}\r
  57 distance[i][j] += (fi.size () + fk.size () - 2 * sfcommon);\r
  58 distance[j][i] += distance[i][j];\r
  59 }\r
  60 }\r
  61 }\r
  62 for (var i = 0; i < noseqs; i++) {\r
  63 for (var j = i + 1; j < noseqs; j++) {\r
  64 distance[i][j] /= cpwidth;\r
  65 distance[j][i] = distance[i][j];\r
  66 }\r
  67 }\r
  68 return distance;\r
  69 }, "jalview.datamodel.AlignmentView");\r
  70 Clazz.overrideMethod (c$, "getName", \r
  71 function () {\r
  72 return "Sequence Feature Similarity";\r
  73 });\r
  74 Clazz.overrideMethod (c$, "isDNA", \r
  75 function () {\r
  76 return true;\r
  77 });\r
  78 Clazz.overrideMethod (c$, "isProtein", \r
  79 function () {\r
  80 return true;\r
  81 });\r
  82 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
  83 function () {\r
  84 return "Score between sequences based on hamming distance between binary vectors marking features displayed at each column";\r
  85 });\r
  86 });\r