site/j2s/jalview/appletgui/OverviewPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.MouseListener", "$.MouseMotionListener"], "jalview.appletgui.OverviewPanel", ["awt2swing.Frame", "jalview.appletgui.FeatureRenderer", "$.SequenceRenderer", "java.awt.Color", "$.Dimension", "java.awt.event.ComponentAdapter", "java.lang.Thread"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.miniMe = null;\r
   5 this.offscreen = null;\r
   6 this.av = null;\r
   7 this.ap = null;\r
   8 this.scalew = 1;\r
   9 this.scaleh = 1;\r
  10 this.$width = 0;\r
  11 this.sequencesHeight = 0;\r
  12 this.graphHeight = 20;\r
  13 this.boxX = -1;\r
  14 this.boxY = -1;\r
  15 this.boxWidth = -1;\r
  16 this.boxHeight = -1;\r
  17 this.resizing = false;\r
  18 this.sr = null;\r
  19 this.fr = null;\r
  20 this.nullFrame = null;\r
  21 this.resizeAgain = false;\r
  22 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  23 }, jalview.appletgui, "OverviewPanel", awt2swing.Panel, [Runnable, java.awt.event.MouseMotionListener, java.awt.event.MouseListener]);\r
  24 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  25 function (ap) {\r
  26 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.OverviewPanel, []);\r
  27 this.av = ap.av;\r
  28 this.ap = ap;\r
  29 this.setLayout (null);\r
  30 this.nullFrame =  new awt2swing.Frame ();\r
  31 this.nullFrame.addNotify ();\r
  32 this.sr =  new jalview.appletgui.SequenceRenderer (this.av);\r
  33 this.sr.graphics = this.nullFrame.getGraphics ();\r
  34 this.sr.renderGaps = false;\r
  35 this.sr.forOverview = true;\r
  36 this.fr =  new jalview.appletgui.FeatureRenderer (this.av);\r
  37 var initialScale = this.av.getAlignment ().getWidth () / this.av.getAlignment ().getHeight ();\r
  38 if (this.av.getSequenceConsensusHash () == null) {\r
  39 this.graphHeight = 0;\r
  40 }if (this.av.getAlignment ().getWidth () > this.av.getAlignment ().getHeight ()) {\r
  41 this.$width = 400;\r
  42 this.sequencesHeight = Clazz.floatToInt (400 / initialScale);\r
  43 if (this.sequencesHeight < 40) {\r
  44 this.sequencesHeight = 40;\r
  45 }} else {\r
  46 this.$width = Clazz.floatToInt (400 * initialScale);\r
  47 this.sequencesHeight = 300;\r
  48 if (this.$width < 120) {\r
  49 this.$width = 120;\r
  50 }}this.setSize ( new java.awt.Dimension (this.$width, this.sequencesHeight + this.graphHeight));\r
  51 this.addComponentListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.OverviewPanel$1") ? 0 : jalview.appletgui.OverviewPanel.$OverviewPanel$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.OverviewPanel$1, this, null)));\r
  52 this.addMouseMotionListener (this);\r
  53 this.addMouseListener (this);\r
  54 this.updateOverviewImage ();\r
  55 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
  56 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
  57 function (evt) {\r
  58 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
  59 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
  60 function (evt) {\r
  61 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
  62 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
  63 function (evt) {\r
  64 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
  65 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved", \r
  66 function (evt) {\r
  67 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
  68 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
  69 function (evt) {\r
  70 this.boxX = evt.getX ();\r
  71 this.boxY = evt.getY ();\r
  72 this.checkValid ();\r
  73 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
  74 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
  75 function (evt) {\r
  76 this.boxX = evt.getX ();\r
  77 this.boxY = evt.getY ();\r
  78 this.checkValid ();\r
  79 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
  80 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged", \r
  81 function (evt) {\r
  82 this.boxX = evt.getX ();\r
  83 this.boxY = evt.getY ();\r
  84 this.checkValid ();\r
  85 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
  86 Clazz.defineMethod (c$, "checkValid", \r
  87 function () {\r
  88 if (this.boxY < 0) {\r
  89 this.boxY = 0;\r
  90 }if (this.boxY > (this.sequencesHeight - this.boxHeight)) {\r
  91 this.boxY = this.sequencesHeight - this.boxHeight + 1;\r
  92 }if (this.boxX < 0) {\r
  93 this.boxX = 0;\r
  94 }if (this.boxX > (this.$width - this.boxWidth)) {\r
  95 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
  96 this.boxWidth = Clazz.floatToInt ((this.av.endRes - this.av.startRes + 1) * this.av.getCharWidth () * this.scalew);\r
  97 }this.boxX = this.$width - this.boxWidth;\r
  98 }var col = Clazz.floatToInt (this.boxX / this.scalew / this.av.getCharWidth ());\r
  99 var row = Clazz.floatToInt (this.boxY / this.scaleh / this.av.getCharHeight ());\r
 100 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 101 if (!this.av.getColumnSelection ().isVisible (col)) {\r
 102 return;\r
 103 }col = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (col);\r
 104 }if (this.av.hasHiddenRows ()) {\r
 105 row = this.av.getAlignment ().getHiddenSequences ().findIndexWithoutHiddenSeqs (row);\r
 106 }this.ap.setScrollValues (col, row);\r
 107 this.ap.paintAlignment (false);\r
 108 });\r
 109 Clazz.defineMethod (c$, "updateOverviewImage", \r
 110 function () {\r
 111 if (this.resizing) {\r
 112 this.resizeAgain = true;\r
 113 return;\r
 114 }if (this.av.isShowSequenceFeatures ()) {\r
 115 this.fr.transferSettings (this.ap.seqPanel.seqCanvas.fr);\r
 116 }this.resizing = true;\r
 117 if ((this.getSize ().width > 0) && (this.getSize ().height > 0)) {\r
 118 this.$width = this.getSize ().width;\r
 119 this.sequencesHeight = this.getSize ().height - this.graphHeight;\r
 120 }this.setSize ( new java.awt.Dimension (this.$width, this.sequencesHeight + this.graphHeight));\r
 121 var thread =  new Thread (this);\r
 122 thread.start ();\r
 123 this.repaint ();\r
 124 });\r
 125 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
 126 function () {\r
 127 this.miniMe = null;\r
 128 var alwidth = this.av.getAlignment ().getWidth ();\r
 129 var alheight = this.av.getAlignment ().getHeight ();\r
 130 if (this.av.isShowSequenceFeatures ()) {\r
 131 this.fr.transferSettings (this.ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer ());\r
 132 }if (this.getSize ().width > 0 && this.getSize ().height > 0) {\r
 133 this.$width = this.getSize ().width;\r
 134 this.sequencesHeight = this.getSize ().height - this.graphHeight;\r
 135 }this.setSize ( new java.awt.Dimension (this.$width, this.sequencesHeight + this.graphHeight));\r
 136 var fullsizeWidth = alwidth * this.av.getCharWidth ();\r
 137 var fullsizeHeight = alheight * this.av.getCharHeight ();\r
 138 this.scalew = this.$width / fullsizeWidth;\r
 139 this.scaleh = this.sequencesHeight / fullsizeHeight;\r
 140 this.miniMe = this.nullFrame.createImage (this.$width, this.sequencesHeight + this.graphHeight);\r
 141 this.offscreen = this.nullFrame.createImage (this.$width, this.sequencesHeight + this.graphHeight);\r
 142 var mg = this.miniMe.getGraphics ();\r
 143 var sampleCol = alwidth / this.$width;\r
 144 var sampleRow = alheight / this.sequencesHeight;\r
 145 var lastcol = 0;\r
 146 var lastrow = 0;\r
 147 var xstart = 0;\r
 148 var ystart = 0;\r
 149 var color = java.awt.Color.yellow;\r
 150 var row;\r
 151 var col;\r
 152 var sameRow = 0;\r
 153 var sameCol = 0;\r
 154 var seq;\r
 155 var hasHiddenRows = this.av.hasHiddenRows ();\r
 156 var hasHiddenCols = this.av.hasHiddenColumns ();\r
 157 var hiddenRow = false;\r
 158 var alignment = this.av.getAlignment ();\r
 159 for (row = 0; row <= this.sequencesHeight; row++) {\r
 160 if (Clazz.floatToInt (row * sampleRow) == lastrow) {\r
 161 sameRow++;\r
 162 continue;\r
 163 }hiddenRow = false;\r
 164 if (hasHiddenRows) {\r
 165 seq = alignment.getHiddenSequences ().getHiddenSequence (lastrow);\r
 166 if (seq == null) {\r
 167 var index = alignment.getHiddenSequences ().findIndexWithoutHiddenSeqs (lastrow);\r
 168 seq = alignment.getSequenceAt (index);\r
 169 } else {\r
 170 hiddenRow = true;\r
 171 }} else {\r
 172 seq = alignment.getSequenceAt (lastrow);\r
 173 }for (col = 0; col < this.$width; col++) {\r
 174 if (Clazz.floatToInt (col * sampleCol) == lastcol && Clazz.floatToInt (row * sampleRow) == lastrow) {\r
 175 sameCol++;\r
 176 continue;\r
 177 }lastcol = Clazz.floatToInt (col * sampleCol);\r
 178 if (seq.getLength () > lastcol) {\r
 179 color = this.sr.getResidueBoxColour (seq, lastcol);\r
 180 if (this.av.isShowSequenceFeatures ()) {\r
 181 color = this.fr.findFeatureColour (color, seq, lastcol);\r
 182 }} else {\r
 183 color = java.awt.Color.white;\r
 184 }if (hiddenRow || (hasHiddenCols && !this.av.getColumnSelection ().isVisible (lastcol))) {\r
 185 color = color.darker ().darker ();\r
 186 }mg.setColor (color);\r
 187 if (sameCol == 1 && sameRow == 1) {\r
 188 mg.drawLine (xstart, ystart, xstart, ystart);\r
 189 } else {\r
 190 mg.fillRect (xstart, ystart, sameCol, sameRow);\r
 191 }xstart = col;\r
 192 sameCol = 1;\r
 193 }\r
 194 lastrow = Clazz.floatToInt (row * sampleRow);\r
 195 ystart = row;\r
 196 sameRow = 1;\r
 197 }\r
 198 if (this.av.getAlignmentConservationAnnotation () != null) {\r
 199 for (col = 0; col < this.$width; col++) {\r
 200 lastcol = Clazz.floatToInt (col * sampleCol);\r
 201 {\r
 202 mg.translate (col, this.sequencesHeight);\r
 203 this.ap.annotationPanel.renderer.drawGraph (mg, this.av.getAlignmentConservationAnnotation (), this.av.getAlignmentConservationAnnotation ().annotations, Clazz.floatToInt (sampleCol) + 1, this.graphHeight, Clazz.floatToInt (col * sampleCol), Clazz.floatToInt (col * sampleCol) + 1);\r
 204 mg.translate (-col, -this.sequencesHeight);\r
 205 }}\r
 206 }System.gc ();\r
 207 this.resizing = false;\r
 208 this.setBoxPosition ();\r
 209 if (this.resizeAgain) {\r
 210 this.resizeAgain = false;\r
 211 this.updateOverviewImage ();\r
 212 }});\r
 213 Clazz.defineMethod (c$, "setBoxPosition", \r
 214 function () {\r
 215 var fullsizeWidth = this.av.getAlignment ().getWidth () * this.av.getCharWidth ();\r
 216 var fullsizeHeight = (this.av.getAlignment ().getHeight () + this.av.getAlignment ().getHiddenSequences ().getSize ()) * this.av.getCharHeight ();\r
 217 var startRes = this.av.getStartRes ();\r
 218 var endRes = this.av.getEndRes ();\r
 219 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 220 startRes = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (startRes);\r
 221 endRes = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (endRes);\r
 222 }var startSeq = this.av.startSeq;\r
 223 var endSeq = this.av.endSeq;\r
 224 if (this.av.hasHiddenRows ()) {\r
 225 startSeq = this.av.getAlignment ().getHiddenSequences ().adjustForHiddenSeqs (startSeq);\r
 226 endSeq = this.av.getAlignment ().getHiddenSequences ().adjustForHiddenSeqs (endSeq);\r
 227 }this.scalew = this.$width / fullsizeWidth;\r
 228 this.scaleh = this.sequencesHeight / fullsizeHeight;\r
 229 this.boxX = Clazz.floatToInt (startRes * this.av.getCharWidth () * this.scalew);\r
 230 this.boxY = Clazz.floatToInt (startSeq * this.av.getCharHeight () * this.scaleh);\r
 231 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 232 this.boxWidth = Clazz.floatToInt ((endRes - startRes + 1) * this.av.getCharWidth () * this.scalew);\r
 233 } else {\r
 234 this.boxWidth = Clazz.floatToInt ((endRes - startRes + 1) * this.av.getCharWidth () * this.scalew);\r
 235 }this.boxHeight = Clazz.floatToInt ((endSeq - startSeq) * this.av.getCharHeight () * this.scaleh);\r
 236 this.repaint ();\r
 237 });\r
 238 Clazz.overrideMethod (c$, "update", \r
 239 function (g) {\r
 240 this.paint (g);\r
 241 }, "java.awt.Graphics");\r
 242 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent", \r
 243 function (g) {\r
 244 var og = this.offscreen.getGraphics ();\r
 245 if (this.miniMe != null) {\r
 246 og.drawImage (this.miniMe, 0, 0, this);\r
 247 og.setColor (java.awt.Color.red);\r
 248 og.drawRect (this.boxX, this.boxY, this.boxWidth, this.boxHeight);\r
 249 og.drawRect (this.boxX + 1, this.boxY + 1, this.boxWidth - 2, this.boxHeight - 2);\r
 250 g.drawImage (this.offscreen, 0, 0, this);\r
 251 }}, "java.awt.Graphics");\r
 252 c$.$OverviewPanel$1$ = function () {\r
 253 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 254 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "OverviewPanel$1", java.awt.event.ComponentAdapter);\r
 255 Clazz.overrideMethod (c$, "componentResized", \r
 256 function (evt) {\r
 257 if (this.b$["jalview.appletgui.OverviewPanel"].getSize ().width != this.b$["jalview.appletgui.OverviewPanel"].$width || this.b$["jalview.appletgui.OverviewPanel"].getSize ().height != this.b$["jalview.appletgui.OverviewPanel"].sequencesHeight + this.b$["jalview.appletgui.OverviewPanel"].graphHeight) {\r
 258 this.b$["jalview.appletgui.OverviewPanel"].updateOverviewImage ();\r
 259 }}, "java.awt.event.ComponentEvent");\r
 260 c$ = Clazz.p0p ();\r
 261 };\r
 262 });\r