site/j2s/jalview/io/PfamFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.io.PfamFile", ["jalview.util.Format", "$.MessageManager", "java.io.IOException", "java.lang.StringBuffer", "java.util.Hashtable", "$.StringTokenizer", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.io, "PfamFile", jalview.io.AlignFile);\r
   4 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   5 function () {\r
   6 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.PfamFile, []);\r
   7 });\r
   8 Clazz.overrideMethod (c$, "parse", \r
   9 function () {\r
  10 var i = 0;\r
  11 var line;\r
  12 var seqhash =  new java.util.Hashtable ();\r
  13 var headers =  new java.util.Vector ();\r
  14 while ((line = this.nextLine ()) != null) {\r
  15 if (line.indexOf (" ") != 0) {\r
  16 if (line.indexOf ("#") != 0) {\r
  17 var str =  new java.util.StringTokenizer (line, " ");\r
  18 var id = "";\r
  19 if (str.hasMoreTokens ()) {\r
  20 id = str.nextToken ();\r
  21 var tempseq;\r
  22 if (seqhash.containsKey (id)) {\r
  23 tempseq = seqhash.get (id);\r
  24 } else {\r
  25 tempseq =  new StringBuffer ();\r
  26 seqhash.put (id, tempseq);\r
  27 }if (!(headers.contains (id))) {\r
  28 headers.addElement (id);\r
  29 }if (str.hasMoreTokens ()) {\r
  30 tempseq.append (str.nextToken ());\r
  31 }}}}}\r
  32 this.noSeqs = headers.size ();\r
  33 if (this.noSeqs < 1) {\r
  34 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.pfam_no_sequences_found"));\r
  35 }for (i = 0; i < headers.size (); i++) {\r
  36 if (seqhash.get (headers.elementAt (i)) != null) {\r
  37 if (this.maxLength < seqhash.get (headers.elementAt (i)).toString ().length) {\r
  38 this.maxLength = seqhash.get (headers.elementAt (i)).toString ().length;\r
  39 }var newSeq = this.parseId (headers.elementAt (i).toString ());\r
  40 newSeq.setSequence (seqhash.get (headers.elementAt (i).toString ()).toString ());\r
  41 this.seqs.addElement (newSeq);\r
  42 } else {\r
  43 System.err.println ("PFAM File reader: Can't find sequence for " + headers.elementAt (i));\r
  44 }}\r
  45 });\r
  46 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
  47 function (s) {\r
  48 var out =  new StringBuffer ("");\r
  49 var max = 0;\r
  50 var maxid = 0;\r
  51 var i = 0;\r
  52 while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {\r
  53 var tmp = this.printId (s[i]);\r
  54 if (s[i].getSequence ().length > max) {\r
  55 max = s[i].getSequence ().length;\r
  56 }if (tmp.length > maxid) {\r
  57 maxid = tmp.length;\r
  58 }i++;\r
  59 }\r
  60 if (maxid < 15) {\r
  61 maxid = 15;\r
  62 }var j = 0;\r
  63 while ((j < s.length) && (s[j] != null)) {\r
  64 out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + maxid + "s").form (this.printId (s[j]) + " "));\r
  65 out.append (s[j].getSequenceAsString ());\r
  66 out.append (this.newline);\r
  67 j++;\r
  68 }\r
  69 out.append (this.newline);\r
  70 return out.toString ();\r
  71 }, "~A");\r
  72 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
  73 function () {\r
  74 return this.print (this.getSeqsAsArray ());\r
  75 });\r
  76 });\r