site/j2s/jalview/schemes/Consensus.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.schemes.Consensus", ["jalview.schemes.ResidueProperties"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.mask = null;\r
   5 this.threshold = 0;\r
   6 this.maskstr = null;\r
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   8 }, jalview.schemes, "Consensus");\r
   9 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  10 function (mask, threshold) {\r
  11 this.maskstr = mask;\r
  12 this.setMask (mask);\r
  13 this.threshold = threshold;\r
  14 }, "~S,~N");\r
  15 Clazz.defineMethod (c$, "setMask", \r
  16 function (s) {\r
  17 this.mask = this.setNums (s);\r
  18 }, "~S");\r
  19 Clazz.defineMethod (c$, "isConserved", \r
  20 function (cons2, col, size) {\r
  21 return this.isConserved (cons2, col, size, true);\r
  22 }, "~A,~N,~N");\r
  23 Clazz.defineMethod (c$, "isConserved", \r
  24 function (cons2, col, size, includeGaps) {\r
  25 var tot = 0;\r
  26 if (!includeGaps) {\r
  27 size -= cons2[col][cons2[col].length - 1];\r
  28 }for (var i = 0; i < this.mask.length; i++) {\r
  29 tot += cons2[col][this.mask[i]];\r
  30 }\r
  31 if (tot > ((this.threshold * size) / 100)) {\r
  32 return true;\r
  33 }return false;\r
  34 }, "~A,~N,~N,~B");\r
  35 Clazz.defineMethod (c$, "setNums", \r
  36 function (s) {\r
  37 var out =  Clazz.newIntArray (s.length, 0);\r
  38 var i = 0;\r
  39 while (i < s.length) {\r
  40 out[i] = jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[s.charCodeAt (i)];\r
  41 i++;\r
  42 }\r
  43 return out;\r
  44 }, "~S");\r
  45 });\r