site/j2s/jalview/structures/models/AAStructureBindingModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.structures.models");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.StructureSelectionManagerProvider", "jalview.structure.StructureListener", "jalview.structures.models.SequenceStructureBindingModel"], "jalview.structures.models.AAStructureBindingModel", ["jalview.util.Comparison", "$.MessageManager", "java.lang.Error", "$.StringBuilder", "java.util.ArrayList", "$.Arrays"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.ssm = null;\r
   5 this.pdbEntry = null;\r
   6 this.sequence = null;\r
   7 this.chains = null;\r
   8 this.protocol = null;\r
   9 this.colourBySequence = true;\r
  10 this.nucleotide = false;\r
  11 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.structures.models.AAStructureBindingModel.SuperposeData")) {\r
  12 jalview.structures.models.AAStructureBindingModel.$AAStructureBindingModel$SuperposeData$ ();\r
  13 }\r
  14 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  15 }, jalview.structures.models, "AAStructureBindingModel", jalview.structures.models.SequenceStructureBindingModel, [jalview.structure.StructureListener, jalview.api.StructureSelectionManagerProvider]);\r
  16 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  17 function (ssm, seqs) {\r
  18 Clazz.superConstructor (this, jalview.structures.models.AAStructureBindingModel, []);\r
  19 this.ssm = ssm;\r
  20 this.sequence = seqs;\r
  21 }, "jalview.structure.StructureSelectionManager,~A");\r
  22 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  23 function (ssm, pdbentry, sequenceIs, chains, protocol) {\r
  24 Clazz.superConstructor (this, jalview.structures.models.AAStructureBindingModel, []);\r
  25 this.ssm = ssm;\r
  26 this.sequence = sequenceIs;\r
  27 this.nucleotide = jalview.util.Comparison.isNucleotide2 (sequenceIs);\r
  28 this.chains = chains;\r
  29 this.pdbEntry = pdbentry;\r
  30 this.protocol = protocol;\r
  31 if (chains == null) {\r
  32 this.chains =  new Array (pdbentry.length);\r
  33 }}, "jalview.structure.StructureSelectionManager,~A,~A,~A,~S");\r
  34 Clazz.defineMethod (c$, "getSsm", \r
  35 function () {\r
  36 return this.ssm;\r
  37 });\r
  38 Clazz.defineMethod (c$, "getPdbEntry", \r
  39 function (i) {\r
  40 return (this.pdbEntry != null && this.pdbEntry.length > i) ? this.pdbEntry[i] : null;\r
  41 }, "~N");\r
  42 Clazz.defineMethod (c$, "hasPdbId", \r
  43 function (pdbId) {\r
  44 if (this.pdbEntry != null) {\r
  45 for (var pdb, $pdb = 0, $$pdb = this.pdbEntry; $pdb < $$pdb.length && ((pdb = $$pdb[$pdb]) || true); $pdb++) {\r
  46 if (pdb.getId ().equals (pdbId)) {\r
  47 return true;\r
  48 }}\r
  49 }return false;\r
  50 }, "~S");\r
  51 Clazz.defineMethod (c$, "getPdbCount", \r
  52 function () {\r
  53 return this.pdbEntry == null ? 0 : this.pdbEntry.length;\r
  54 });\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "getSequence", \r
  56 function () {\r
  57 return this.sequence;\r
  58 });\r
  59 Clazz.defineMethod (c$, "getChains", \r
  60 function () {\r
  61 return this.chains;\r
  62 });\r
  63 Clazz.defineMethod (c$, "getProtocol", \r
  64 function () {\r
  65 return this.protocol;\r
  66 });\r
  67 Clazz.defineMethod (c$, "setPdbentry", \r
  68 function (pdbentry) {\r
  69 this.pdbEntry = pdbentry;\r
  70 }, "~A");\r
  71 Clazz.defineMethod (c$, "setSequence", \r
  72 function (sequence) {\r
  73 this.sequence = sequence;\r
  74 }, "~A");\r
  75 Clazz.defineMethod (c$, "setChains", \r
  76 function (chains) {\r
  77 this.chains = chains;\r
  78 }, "~A");\r
  79 Clazz.defineMethod (c$, "getViewerTitle", \r
  80 function (viewerName, verbose) {\r
  81 if (this.getSequence () == null || this.getSequence ().length < 1 || this.getPdbCount () < 1 || this.getSequence ()[0].length < 1) {\r
  82 return ("Jalview " + viewerName + " Window");\r
  83 }var title =  new StringBuilder (64);\r
  84 var pdbEntry = this.getPdbEntry (0);\r
  85 title.append (viewerName + " view for " + this.getSequence ()[0][0].getName () + ":" + pdbEntry.getId ());\r
  86 if (verbose) {\r
  87 if (pdbEntry.getProperty () != null) {\r
  88 if (pdbEntry.getProperty ().get ("method") != null) {\r
  89 title.append (" Method: ");\r
  90 title.append (pdbEntry.getProperty ().get ("method"));\r
  91 }if (pdbEntry.getProperty ().get ("chains") != null) {\r
  92 title.append (" Chain:");\r
  93 title.append (pdbEntry.getProperty ().get ("chains"));\r
  94 }}}return title.toString ();\r
  95 }, "~S,~B");\r
  96 Clazz.defineMethod (c$, "releaseUIResources", \r
  97 function () {\r
  98 });\r
  99 Clazz.defineMethod (c$, "isColourBySequence", \r
 100 function () {\r
 101 return this.colourBySequence;\r
 102 });\r
 103 Clazz.defineMethod (c$, "setColourBySequence", \r
 104 function (colourBySequence) {\r
 105 this.colourBySequence = colourBySequence;\r
 106 }, "~B");\r
 107 Clazz.defineMethod (c$, "addSequenceAndChain", \r
 108 function (pe, seq, tchain) {\r
 109 if (pe < 0 || pe >= this.getPdbCount ()) {\r
 110 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.implementation_error_no_pdbentry_from_index",  Clazz.newArray (-1, [Integer.$valueOf (pe).toString ()])));\r
 111 }var nullChain = "TheNullChain";\r
 112 var s =  new java.util.ArrayList ();\r
 113 var c =  new java.util.ArrayList ();\r
 114 if (this.getChains () == null) {\r
 115 this.setChains ( new Array (this.getPdbCount ()));\r
 116 }if (this.getSequence ()[pe] != null) {\r
 117 for (var i = 0; i < this.getSequence ()[pe].length; i++) {\r
 118 s.add (this.getSequence ()[pe][i]);\r
 119 if (this.getChains ()[pe] != null) {\r
 120 if (i < this.getChains ()[pe].length) {\r
 121 c.add (this.getChains ()[pe][i]);\r
 122 } else {\r
 123 c.add ("TheNullChain");\r
 124 }} else {\r
 125 if (tchain != null && tchain.length > 0) {\r
 126 c.add ("TheNullChain");\r
 127 }}}\r
 128 }for (var i = 0; i < seq.length; i++) {\r
 129 if (!s.contains (seq[i])) {\r
 130 s.add (seq[i]);\r
 131 if (tchain != null && i < tchain.length) {\r
 132 c.add (tchain[i] == null ? "TheNullChain" : tchain[i]);\r
 133 }}}\r
 134 var tmp = s.toArray ( new Array (s.size ()));\r
 135 this.getSequence ()[pe] = tmp;\r
 136 if (c.size () > 0) {\r
 137 var tch = c.toArray ( new Array (c.size ()));\r
 138 for (var i = 0; i < tch.length; i++) {\r
 139 if (tch[i] === "TheNullChain") {\r
 140 tch[i] = null;\r
 141 }}\r
 142 this.getChains ()[pe] = tch;\r
 143 } else {\r
 144 this.getChains ()[pe] = null;\r
 145 }}, "~N,~A,~A");\r
 146 Clazz.defineMethod (c$, "addSequenceAndChain", \r
 147 function (pdbe, seq, chns) {\r
 148 var v =  new java.util.ArrayList ();\r
 149 var rtn =  new java.util.ArrayList ();\r
 150 for (var i = 0; i < this.getPdbCount (); i++) {\r
 151 v.add (this.getPdbEntry (i));\r
 152 }\r
 153 for (var i = 0; i < pdbe.length; i++) {\r
 154 var r = v.indexOf (pdbe[i]);\r
 155 if (r == -1 || r >= this.getPdbCount ()) {\r
 156 rtn.add ( Clazz.newIntArray (-1, [v.size (), i]));\r
 157 v.add (pdbe[i]);\r
 158 } else {\r
 159 this.addSequenceAndChain (r, seq[i], chns[i]);\r
 160 }}\r
 161 pdbe = v.toArray ( new Array (v.size ()));\r
 162 this.setPdbentry (pdbe);\r
 163 if (rtn.size () > 0) {\r
 164 var sqs =  new Array (this.getPdbCount ());\r
 165 var sch =  new Array (this.getPdbCount ());\r
 166 System.arraycopy (this.getSequence (), 0, sqs, 0, this.getSequence ().length);\r
 167 System.arraycopy (this.getChains (), 0, sch, 0, this.getChains ().length);\r
 168 this.setSequence (sqs);\r
 169 this.setChains (sch);\r
 170 pdbe =  new Array (rtn.size ());\r
 171 for (var r = 0; r < pdbe.length; r++) {\r
 172 var stri = (rtn.get (r));\r
 173 pdbe[r] = this.getPdbEntry (stri[0]);\r
 174 this.addSequenceAndChain (stri[0], seq[stri[1]], chns[stri[1]]);\r
 175 }\r
 176 } else {\r
 177 pdbe = null;\r
 178 }return pdbe;\r
 179 }, "~A,~A,~A");\r
 180 Clazz.defineMethod (c$, "addSequence", \r
 181 function (pe, seq) {\r
 182 this.addSequenceAndChain (pe, seq, null);\r
 183 }, "~N,~A");\r
 184 Clazz.defineMethod (c$, "addSequenceForStructFile", \r
 185 function (pdbFile, seq) {\r
 186 for (var pe = 0; pe < this.getPdbCount (); pe++) {\r
 187 if (this.getPdbEntry (pe).getFile ().equals (pdbFile)) {\r
 188 this.addSequence (pe, seq);\r
 189 }}\r
 190 }, "~S,~A");\r
 191 Clazz.defineMethod (c$, "isNucleotide", \r
 192 function () {\r
 193 return this.nucleotide;\r
 194 });\r
 195 Clazz.defineMethod (c$, "printMappings", \r
 196 function () {\r
 197 if (this.pdbEntry == null) {\r
 198 return "";\r
 199 }var sb =  new StringBuilder (128);\r
 200 for (var pdbe = 0; pdbe < this.getPdbCount (); pdbe++) {\r
 201 var pdbfile = this.getPdbEntry (pdbe).getFile ();\r
 202 var seqs = java.util.Arrays.asList (this.getSequence ()[pdbe]);\r
 203 sb.append (this.getSsm ().printMappings (pdbfile, seqs));\r
 204 }\r
 205 return sb.toString ();\r
 206 });\r
 207 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedPosition", \r
 208 function (seq, alignedPos, mapping) {\r
 209 if (alignedPos >= seq.getLength ()) {\r
 210 return -1;\r
 211 }if (jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (alignedPos))) {\r
 212 return -1;\r
 213 }var seqPos = seq.findPosition (alignedPos);\r
 214 var pos = mapping.getPDBResNum (seqPos);\r
 215 return pos;\r
 216 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,jalview.structure.StructureMapping");\r
 217 Clazz.defineMethod (c$, "findSuperposableResidues", \r
 218 function (alignment, matched, structures) {\r
 219 var refStructure = -1;\r
 220 var files = this.getPdbFile ();\r
 221 for (var pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++) {\r
 222 var mappings = this.getSsm ().getMapping (files[pdbfnum]);\r
 223 var lastPos = -1;\r
 224 var seqCountForPdbFile = this.getSequence ()[pdbfnum].length;\r
 225 for (var s = 0; s < seqCountForPdbFile; s++) {\r
 226 for (var mapping, $mapping = 0, $$mapping = mappings; $mapping < $$mapping.length && ((mapping = $$mapping[$mapping]) || true); $mapping++) {\r
 227 var theSequence = this.getSequence ()[pdbfnum][s];\r
 228 if (mapping.getSequence () === theSequence && alignment.findIndex (theSequence) > -1) {\r
 229 if (refStructure < 0) {\r
 230 refStructure = pdbfnum;\r
 231 }for (var r = 0; r < matched.length; r++) {\r
 232 if (!matched[r]) {\r
 233 continue;\r
 234 }var pos = this.getMappedPosition (theSequence, r, mapping);\r
 235 if (pos < 1 || pos == lastPos) {\r
 236 matched[r] = false;\r
 237 continue;\r
 238 }lastPos = pos;\r
 239 structures[pdbfnum].pdbResNo[r] = pos;\r
 240 }\r
 241 var chain = mapping.getChain ();\r
 242 if (chain != null && chain.trim ().length > 0) {\r
 243 structures[pdbfnum].chain = chain;\r
 244 }structures[pdbfnum].pdbId = mapping.getPdbId ();\r
 245 structures[pdbfnum].isRna = theSequence.getRNA () != null;\r
 246 s = seqCountForPdbFile;\r
 247 break;\r
 248 }}\r
 249 }\r
 250 }\r
 251 return refStructure;\r
 252 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~A,~A");\r
 253 Clazz.defineMethod (c$, "waitForFileLoad", \r
 254 function (files) {\r
 255 var starttime = System.currentTimeMillis ();\r
 256 var endTime = 10000 + 1000 * files.length + starttime;\r
 257 var notLoaded = null;\r
 258 var waiting = true;\r
 259 while (waiting && System.currentTimeMillis () < endTime) {\r
 260 waiting = false;\r
 261 for (var file, $file = 0, $$file = files; $file < $$file.length && ((file = $$file[$file]) || true); $file++) {\r
 262 notLoaded = file;\r
 263 try {\r
 264 var sm = this.getSsm ().getMapping (file);\r
 265 if (sm == null || sm.length == 0) {\r
 266 waiting = true;\r
 267 }} catch (x) {\r
 268 waiting = true;\r
 269 }\r
 270 }\r
 271 }\r
 272 if (waiting) {\r
 273 System.err.println ("Timed out waiting for structure viewer to load file " + notLoaded);\r
 274 return false;\r
 275 }return true;\r
 276 }, "~A");\r
 277 Clazz.overrideMethod (c$, "isListeningFor", \r
 278 function (seq) {\r
 279 if (this.sequence != null) {\r
 280 for (var seqs, $seqs = 0, $$seqs = this.sequence; $seqs < $$seqs.length && ((seqs = $$seqs[$seqs]) || true); $seqs++) {\r
 281 if (seqs != null) {\r
 282 for (var s, $s = 0, $$s = seqs; $s < $$s.length && ((s = $$s[$s]) || true); $s++) {\r
 283 if (s === seq) {\r
 284 return true;\r
 285 }}\r
 286 }}\r
 287 }return false;\r
 288 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 289 c$.$AAStructureBindingModel$SuperposeData$ = function () {\r
 290 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 291 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 292 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 293 this.filename = null;\r
 294 this.pdbId = null;\r
 295 this.chain = "";\r
 296 this.isRna = false;\r
 297 this.pdbResNo = null;\r
 298 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 299 }, jalview.structures.models.AAStructureBindingModel, "SuperposeData");\r
 300 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 301 function (a) {\r
 302 this.pdbResNo =  Clazz.newIntArray (a, 0);\r
 303 }, "~N");\r
 304 c$ = Clazz.p0p ();\r
 305 };\r
 306 });\r