JAL-1705 align CDS and peptide products to transcripts

Merge branch 'develop' into features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

JAL-1720 renamed Structure Chooser filters according to suggestions from Jim. Also made improvements which enables automatic listing of selected filter meta-data in the summary table

JAL-1720 JAL-2002 improvement for 'uniprot coverage' filter using facet pivot query

JAL-1944 bugfix for error when exporting hidden sequences but not hidden columns

JAL-1705 first pass at applying preset feature colouring for EnsemblGene

Merge branch 'mungo_develop' into features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

Merge branch 'JAL-1956_featureStyles' into features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

JAL-2016 first draft of pre-set feature colour scheme

Merge branch 'develop' into features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

JAL-1705 handle case of sequence with no dataset sequence

JAL-1705 regular expression updates, tests, other refactoring

JAL-1705 updated for change to CrossRef signature

JAL-1705 refactor show products, set initial split frame divider

JAL-1705 more lenient test for 'sequence retrieved'

JAL-1705 return Ensembl genes for model species for a gene name

JAL-1705 JAL-1191 more terms added to hard-coded version

JAL-1706 reverted setting start position as too confusing for -ve strand

JAL-1705 lenient DBRef matcher added (accession id only)

JAL-1705 helper method for mapping excluding stop codon

JAL-2009 Codes to enable storing inserted residues as features to their base residue position

JAL-1270 remove trailing space + test

JAL-1705 various refactoring towards Uniprot-to-Ensembl fetching

JAL-1191 additions to SOLite, tweak to test

JAL-1705 take feature ID for description if nothing better found

JAL-282 wrap very long id in tooltip

JAL-1705 JAL-1686 stronger SequenceFeature.equals() test

JAL-2010 simple prototype of 'Highlight Selection' onto Chimera view

JAL-2008 updates for String[] to List<String> change

JAL-2008 avoid unnecessary repaints; signatures changed from String[] to
List<String>

JAL-265 updated help text

Merge branch 'develop' into
features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java

JAL-1976 catch and handle OOM Error

JAL-1976 Added progress indicators for HTML_SVG and BioJS export operations

JAL-1975 updated image export pipeline to produce more informative messages.

JAL-1957 deleted stale comment

merge

JAL-1957 enabled multi-chain mapping and highlight for Chimera viewer

JAL-2006 scale even very small score ranges to a usable threshold slider

JAL-1544 spelling fix

Merge branch 'develop' into features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

JAL-2005 added (stable) sort methods parameterised by
ascending/descending

JAL-599 bug fixed so array of visible types is populated

JAL-1705 temporary variable to aid inspection in debugger

JAL-1705 additional tests, validation regexp tweaks, javadoc

JAL-2003 export features on alignment, not alignment dataset

JAL-1705 further unit tests

JAL-1705 set Uniprot xref as 'source dbref' (for SIFTS mapping)

JAL-1191 more terms added to SequenceOntologyLite

Merge branch 'develop' into features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

JAL-1705 tests added

JAL-1705 JAL-1191 SequenceOntologyLite added as hard-coded alternative

JAL-1705 refactored cross-reference fetching (CCDS, Uniprot, PDB)

JAL-1979 refactor out duplicated similar block of code in StructureSelectionManger to a single method

JAL-1705 fetch Uniprot and PDB xrefs for Ensembl protein products

JAL-1705 copy feature settings when opening a split frame for show
product

JAL-1705 more correct title (CDS not cDNA) on split frame

JAL-1705 refine feature copying to including 5' and 3' overlaps

JAL-1705 tests added, minor bugfix and refactoring

Merge branch 'develop' into JAL-1705_trialMerge

Conflicts:
src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
src/jalview/analysis/CrossRef.java
src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java
src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java
test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java
test/jalview/util/MappingUtilsTest.java
test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java

JAL-1551 wrap enum declarations

JAL-1705 merge contiguous ranges when constructing a MapList (e.g. for
exons in cDNA)

JAL-1705 add exon name to features and render on peptide (to show
boundaries)

JAL-1479 fixed off-by-one error in SIFTS mapping output and added the flag 'isGetEntityIdDirectly' to control how an entity to process is determined.

JAL-1705 use GET for single queries; set gene name as description on
transcript

JAL-1705 derive transcript sequences from gene sequence/GFF; handle CDS
phase != 0

JAL-1999 JAL-1479 implemented configurable fail-safe mechanism for SIFTS mapping based on a PID threshold. Also added config threshold parameter for auto-computing time-based caching of downloaded SIFTS

JAL-1998 bugfix for division by zero error for PDB entries with chain(s) consisiting of a single residue

JAL-1705 EnsemblGene added, and related refactoring

JAL-1997 database browser support tooltip if available

JAL-1355 get dialog title from message bundle

JAL-1705 copy 'show sequence features' setting in 'show products'

JAL-1705 todo comment re writing DBRefEntry/SequenceFeature to dataset

JAL-1705 compute peptide variants from dna; add "consequence" feature on
CDS

JAL-1479 JAL-1979 bugfix to check entire annotation property of a resDetail object for NOT_OBSERVED rather than just the topmost value. Intially thought the multiplicity was 0..1 rather than 0..* which it turned out to be following the N2NScan test

JAL-1705 transfer features to the dataset sequence if there is one

JAL-1705 reworked Ensembl clients now fetching and mapping features &
peptide

JAL-653 refactor / tidy

JAL-653 JAL-1705 set strand for GFF sequence feature

JAL-1705 removed (only) usage of otherwise unused constant

JAL-653 comments/javadoc tidy only

JAL-1796 parse ensembl genomic coordinates to set start position

JAL-1705 AlignmentUtils method renamed

JAL-1705 ENSEMBL added, unused constants removed

JAL-1705 features transferred to CDS sequence; makeExon renamed makeCds

JAL-1705 redundant comment removed

JAL-1705 suppress jvsuffix (for sequence id matching to work)

JAL-1705 unused import removed

JAL-1705 include dummy sequences in returned alignment

JAL-1479 JAL-1979 updated the modified-aminoacid triplet code dictionary in Jalview using data from SCOP/PDB provided by Fabio

JAL-1705 tidy and todo comment, no functional change

JAL-1705 tests for amended toString

JAL-1705 added isSequenceVariant(), commonly used SO terms as constants

JAL-1705 isFromForwardStrand added; toString (for debug) tweaked

JAL-1705 canonicalise ENSEMBL name; code tidy

JAL-1705 get xrefs only for dna/peptide; code tidy

JAL-1705 toString() added (for debugging)

JAL-1705 isEmpty() and (debug) toString() methods added

merge

JAL-1986 JAL-1996 separated out appletDeploment page from appletParameter page, updated the applet deployment docs, and updated necessary links. Also, having resolved JAL-1994, I've updated the json jars in all applet example pages.