Save PDB file to disk

Readline instead of bit by bit

Cant have col less than 0

Save ref to pdb file

Readded

accidental commit of a build

PDB file MUST have an id

not used

Load and save PDB files

Add file ref for pdb files

Ignore list created

Cigars for representing alignment view as used for calculation.

CigarBase class and derivatives.

Implemented CIGAR representation of an Alignment view for passing to
analysis'.

Compact Idiosyncratic Gapped Alignment Representation objects for internal rep of hidden alignments and views.

Switch to new srs url

seqs[j] replaces current

moved to org.biojava

back to org.biojava

Back to org.biojava

Column hide/show updated

Calculate overlap hidden regions

Remove left, right, empty cols work on hidden reps

ColumnSelection moved to datamodel

activeRow is -1

Odd edit bug with represented seqs fixed

Dont add pdb format here

1.1 compatible

Moved to datamodel

Output menus added

Repaint

Dont make new image unless resize

Reorder popupmenu

Renamed files not to conflict with BIOJAVA

jalview.biojava

x < endres-startres

x < endres-startres

Add dbrefs to mouseover

Must be 1.1 compliant

Remove associate menu

FileLoader replaces paste when Dropping files

Associate pdb files

pdb fetchDataAsFile

PDB format added

pdb stuff moved to popupmenu

Can have local file

If seq has a dataset, dont clear it

Extends AlignFile, dataset has PDBEntry added

Can load PDB file from disk

partly finished pods.

correct icon draw bug

Corrected hidden row feature render bug

Put DBRefFether in a new thread

Item added to ignoreList

Item added to ignoreList

Remove start end for now??

Add pdb ref

getViewAsString can ignore sequenceGroup

this.seqs = seqs

hidden seqs added

dbrefs added

show hide stuff moved from columnSelection

Saves hidden seqs and DBRefs

av.showHiddenMarkers check

Show hide cols and rows

Hide Selected Cols

DBRefs now array

getFullAlignment

Remove note

DBRef is an array, not vector

DBRefs and HiddenRegions saved

Ignore list created

Load tree from file constructor fixed

annotation label font size change in applet.

Make new seq[] when modifying hidden bits

Remove b keystroke

showTranslation is not a checkbox

Merge new frame buttons added

Output to text window added

Correct highlighted res height

Save output use whole alignment

Original tree data output in PFAM format

Count uniprot refs

Highlight hidden columns after revealing

datasetSeq bug

Check for all gapped seqs

Use Selection group to define sequence range to fetch features

Copy works with selection area

Modified for hidden region/group calculation

Use selection area with hidden columns in calculations

omitHiddenColumns

Button to view original data

Takes strings, not seqs

getSelectionAsNewSequence added

Takes a string, not sequence

Works on strings, not seqs

Takes string[] instead of seq[]

use of GapChars

Towards an auto dbref fetcher

Dasobert updates, labels and prefix changes