Merge branch 'groovy/JAL-2074_upgradeto2.4.4' into develop

JAL-2074 updated URLs and removed 'how to get groovy' classpath stuff

JAL-2074 updated groovy-all to 2.4.6-indy

fix for JAL-2072

JAL-2041 add ID,clinical_significance to feature attributes (for export)

JAL-2041 clinical_significance shown on sequence feature tooltip

JAL-1421 typed map / lists, explicit imports, method refactoring

JAL-2049 small refactor of constructors to avoid code duplication

JAL-1421 type parameter added to some collections

JAL-2049 revised computePeptideVariants to transfer id, clinical_sig

JAL-1705 refactored/utility methods to detect e.g. 'PhenCode_variation'

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-653 test updated for 'use ID for description'

JAL-1270 JAL-653 use 'parse immediately' FeaturesFile constructor

merge

JAL-1994 Removed redistributed plugin.jar from applet build path

JAL-2046 fix: patched SeqsetUtils so sequence features aren’t duplicated when reinstating sequence details

JAL-2046 test to demonstrate feature duplication bug

Merge branch 'bug/JAL-2046_ds_sharing_features_broken' into develop

JAL-1270 more fix for failing Functional test

merge

JAL-1270 Fixed failing tests due to race conditions in PDBSearchPanelTest and PDBSequenceFetcherTest classes

JAL-2047 delay to allow table model initilisation to complete

JAL-2050 only hide introns if exons are present! Removed 'hide introns'
checkbox from Preferences gui

JAL-2049 separate protein variant per dna variant (combinations tbd)

JAL-1705 code/comment tidy only

JAL-2051 fetch Ensembl Gene accessions one at a time

merge

JAL-2054 Renamed getStartEnd in AlignFrame to getVisibleStartAndEndIndex, and refactored method to Alignment class, and created a test for it accordingly

JAL-391 help for reverse / complement options

JAL-1705 (new preference option to) hide introns when fetching genomic
sequences

merge

Restored auto-deleted file from commit: ad54c1ae5bc1b931a6a0cd0b914c19cbc27fe12d

Merge branch 'feature/JAL-2050_intronhidden' into develop

JAL-2050 JAL-1722 new getSelectedRange() method to quickly hide selected columns

JAL-2053 fix erratic hidden column marker display

JAL-2053 JAL-1551 javadoc and simpler code

JAL-1722 fix: don’t draw visible regions outside viewport view

merge

JAL-2047 JAL-1919 fixed empty tooltip text when a cell in PDB Search and Structure Chooser interface has empty text and trapped other minor exceptions

JAL-1960 updated test to capture new behaviour improvement

JAL-2046 RFC about cyclic dataset sequence references - should be disallowed ?

JAL-2046 revise test for ambiguous case

JAL-2046 ambiguous test for addSequenceFeature when dataset ref is present or absent

JAL-2046 RFC on addSequenceFeature behaviour after deriveSequence

JAL-2046 test behaviour of copy constructor in different contexts

JAL-2046 add/delete SequenceFeature operate on dataset if one is defined

JAL-2046 setSequenceFeature contract implementation and warning message

JAL-2046 explicit contract for get/set SequenceFeatures on SequenceI

JAL-2046 remove javadoc

JAL-2046 simpler deriveSequence - promote to dataset and initSeqFrom or defer to copy constructor

JAL-2046 clarify contract for copy constructor and initSeqFrom implementation
- with existing dataset sequence reference, no sequence features are cloned

JAL-2046 explicitly copy char[] when cloning sequence data for copy-constructor/deriveSequence


JAL-2046 safer createDatasetSequence manipulates private fields and moves sequenceFeatures to dataset

JAL-2046 basic test to make sure any derived sequence has a null sequence feature array

Merge branch 'optimisation/JAL-2001' into develop

JAL-2001 drop isSelected(int) in favour of original ‘contains(int)’ method

JAL-2001 catch -ve column values
(fixes failing test jalview.util.MappingUtilsTest.testMapColumnSelection)

JAL-2001 TODO for new ColumnSelection API

JAL-1551 formatting

JAL-2001 - note about possible side effect on JalviewLite.selectIn due to refactored columnSelection - maybe need a test here

JAL-2010 refactoring todo

JAL-2001 use fast column selection test

JAL-969 refactor columnselection operation (during JAL-2001)

JAL-2001 faster check for a column being selected
TODO: consider deprecate Integer variant ?

JAL-2001 javadoc

JAL-2001 faster getMax/getMin selected column, with tests

JAL-2001 JAL-1722 - store selection as ArrayList and BitSet for fast addition of very large numbers of columns - all tests pass but needs verification

Merge branch 'features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport' into develop

JAL-1705 ensure the right mapping is used to align CDS to cDNA

JAL-2048 Update to structureviz2 package from cytoscape

Merge branch 'develop' into features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

JAL-2046 fix for broken test for deriveSequence

JAL-1705 reworked AlignmentUtils.makeCdsAlignment and associated code

JAL-653 updated test to match parsing of multi-valued GFF attribute

JAL-1705 tweak to MapList.toString for debugging

JAL-1705 generalised getLength() to handle [start1, end1, start2,
end2..]

JAL-1705 test updated for canonicalised UNIPROT sequence name

JAL-1705 include stop codon in mapped CDS range so it is included in the
generated CDS sequence

JAL-2037 set DBRefEntry.version to "0" not "" in EMBL xrefs

JAL-1705 fetch all Ensembl xrefs (except GO terms)

JAL-2045 JAL-2047 improvement for sorting PDB quality measure numerically, and improvment to make PDB Search and Structure Chooser table column rendering smarter

JAL-2035 improvement to add binding to multiple model

JAL-1668 further clean-up of popup menu and NPE check while transfering ResNum features in PDBChain

JAL-2038 bug fix for NPE while setting progress message during d'n'd PDB files association

merge

JAL-1919 Fixed broken test in DBRefUtilsTest

JAL-1668 removed redundant UI elements in PopupMenu class associated with the old structure selection mechanism

JAL-1705 Javadoc / debug output tweaks

JAL-2016 push getFeatureColourScheme(source) into SequenceFetcher

JAL-2036 update AlignFrame menus when dbreffetcher is complete

JAL-2035 improvement to bind Jalview to Chimera model when opening an mmCIF file

JAL-1919 Settings to disable duplicate generation of sequence features via reflection

JAL-1479 Commented out debug sysout's for SiftsClient

JAL-1919 Added ability to generate temprature factor annotation via JmolParser

merge

fixed applet build

JAL-1705 removed experimental 'highlight selection on structure'

JAL-2032 structure follow mouseover in a copy of a mapped sequence

JAL-1919 set DEFUALT_STRUCTURE_FORMAT to PDB