JAL-2110 ensuring mapped dbrefs between protein and cds

JAL-2110 add 'mapFromId' to Mapping (for e.g. EMBL CDS protein_id)

JAL-2110 cross-refs from protein to show cds not non-coding sequences

JAL-2110 fixes and tests for adding dbrefs to EMBL sequence and products

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

JAL-2110 use shared dataset when copying alignment for split frame

JAL-2110 added another test case (should fail but doesn't)

Revert "JAL-2110 use shared alignment dataset when copying alignment for split frame"

This reverts commit f931c557266d95b3f4ab5b64bd108123c90e85ab.

JAL-2110 use shared alignment dataset when copying alignment for split
frame

JAL-2110 bug fix / test for searchDataset mappings created

JAL-2110 unused method removed

JAL-2110 defensive check in code

JAL-2110 bug fixing and tidying for get cross-refs

JAL-2110 set reasonable bounds to initial split of SplitFrame divider

JAL-2135 bugfix for error preventing processing of secondary structure annotation for model produced by Phyre2

JAL-2110 add 'products' parameter to filter results in madeCdsAlignment

JAL-2110 code/comment tidy

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

JAL-2074 Improvement to StructureChooser and FTS interfaces to remember the user preferences for summary table columns, window size & positions

JAL-2110 fixes and tests for synthesized EMBLCDSPROTEIN dbrefs

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

JAL-1919 updated PDBSequenceFetcherTest and JMol parser config settings to enable proper processing of mmCIF files

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1479 added test case to elaborate getEntityByMostOptimalMatchedId method

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

JAL-1270 avoid overwriting .jalview_properties with test service urls

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1479 improved Sifts PID calculation for determining an Entity to process

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

JAL-1369 fix bug reloading a project with group sequence reps

JAL-1479 minor refactor and housekeeping

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1479 improved SiftsClient test coverage and implemented previously unimplemented test cases

tidied loop with generic iteration / loop variable

JAL-2133 refactored duplicated code to AlignmentViewport

JAL-1369 additional asserts in testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings

JAL-1270 unit tests for HiddenSequences

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1960 updated unit test to include the test case where a sequences has no PDBId entry(s) but has Uniprot & PDB dbrefs

JAL-2130 now simply viewer.dispose() to close down Jmol threads

Merge branch 'develop' into merge_JAL-2110

JAL-1996 added notes for an alternative way to view example pages source code

JAL-1270 test group fix

JAL-2110 make indirect xref searches work by not filtering refs on candidates after selecting them by molecule type (direct==same, indirect==different)

JAL-2110 warning message when routine finds non-ds sequences in the dataset (seems to happen with alignments returned from Ensembl sequence fetcher)

JAL-2110 clarify javadoc

JAL-2110 refactor to split SequenceFetcher from x-ref resolution routine

JAL-2110 JAL-1551 formatting

JAL-2110 enable and fix failing tests

JAL-2110 enable and fix test

JAL-2110 refactor sequenceFetcherTest to allow verifying cross-reference retrieval for a single sequence sourc

JAL-2110 use SequenceI.isProtein()

JAL-2110 SequenceI.isProtein method

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1996 added link for viewing example source codes, changed release history outline from list to table

JAL-2015 fixed bug in copy constructor and added tests

JAL-1982 defensive checks for null annotations array

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1982 defensive test for null array of annotations

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1996 removed quick links in example pages, added one minimal applet embedding example to applet deployment page

JAL-2110 remove hardwired detection of search context from the dataset ‘isNucleotide()’ flag

Merge branch 'features/JAL-2110_crossRefDuplications' into merge_JAL-2110

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2074 suppress prompt to save closed Groovy script on Jalview Quit

JAL-1270 remove test artefact file after test

Merge branch 'features/JAL-1956_featureStyles' into merge_JAL-1956

JAL-1270 ensure before/after clauses have at least alwaysRun=true in them

JAL-1270 added runAlways=true to setUp method

JAL-2074 reuse Groovy window when reopening; rebind Cmd-Q to Jalview
when closing

JAL-2089 cleared out old ‘What’s new’

JAL-192 JAL-1369 release notes

Merge branch 'features/JAL-1369_refseqproject' into develop

JAL-1369 make sure desktop is cleared before test starts

JAL-1369 jalview2xml tests need to be run sequentially

JAL-2110 updated unit test to match code changes

JAL-1369 mark reference sequence & view state and restore it

JAL-1369 project XML efficiency TODO

JAL-1369 dead code TODO?

JAL-1369 ensure *real* alignment’s metadata written in Jalview2XML when view contains hidden sequences

JAL-1369 fix the test

JAL-1369 make sure the fake AlignmentI produced by getFullAlignment retains the current reference sequence

JAL-1369 HUGE WARNING: datamodel.HiddenSequences is NOT SAFE

JAL-2113 tidy up canonicalisation of Uniprot xrefs in EMBL data

JAL-2113 tidy up canonicalisation of Uniprot xrefs in EMBL data

JAL-1369 updated project schema - flag on JSeq to mark view’s reference seq

JAL-1369 failing test

JAL-1989 JAL-1011 release notes

JAL-2086 JAL-2085 release notes

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2065 release notes

Merge branch 'bugs/JAL-2065' into develop

JAL-2065 port patch to applet

JAL-1551 tidy

JAL-1551 tidy

JAL-2065 don’t pass stale group reference

JAL-2068 avoid ArrayIndexOutOfBounds when consensus accessed before calculation has been completed

JAL-2065 check position lies within group before getting consensus char

JAL-1996 added JalviewApplet to download list in applet deployment page

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop