recover original data for tree and pca as alignment view.

Show reveal all menu

findSeq in SeqPanel is used

Resize image if id width changes

No need for count

Resize inactive when mouse exited and no dragEvent

getIndex replaced with findSeq in seqPanel

Remove system.out

Scrolling fixed and selection in wrapped mode updated

getIndex replaced by findSeq in Seqpanel

Out by one error on reveal columns

Check height of featurePanel, not this for mousepresses

1.1 compatible

Applet doesnt have hidden columns

Dont set all feature descriptions on status bar

Dont draw all the panel if just a mouse movement

If colour hasnt been created, make a new one

Add transparency

output source in gff file

Send gapChar to print original Data

Remove immediate call to repaint when deleting

seq size cant be less than 2 for tree

Sends gapChar to seqData

remove unnecessary constructor

Remove unnecessary imports

Reset das_registry_url if null or empty

Dont set pdb file if it doenst exist

NOR the <pre> tabs

Use DBRefSource.PDB

Save PDB file to disk

Readline instead of bit by bit

Cant have col less than 0

Save ref to pdb file

Readded

accidental commit of a build

PDB file MUST have an id

not used

Load and save PDB files

Add file ref for pdb files

Ignore list created

Cigars for representing alignment view as used for calculation.

CigarBase class and derivatives.

Implemented CIGAR representation of an Alignment view for passing to
analysis'.

Compact Idiosyncratic Gapped Alignment Representation objects for internal rep of hidden alignments and views.

Switch to new srs url

seqs[j] replaces current

moved to org.biojava

back to org.biojava

Back to org.biojava

Column hide/show updated

Calculate overlap hidden regions

Remove left, right, empty cols work on hidden reps

ColumnSelection moved to datamodel

activeRow is -1

Odd edit bug with represented seqs fixed

Dont add pdb format here

1.1 compatible

Moved to datamodel

Output menus added

Repaint

Dont make new image unless resize

Reorder popupmenu

Renamed files not to conflict with BIOJAVA

jalview.biojava

x < endres-startres

x < endres-startres

Add dbrefs to mouseover

Must be 1.1 compliant

Remove associate menu

FileLoader replaces paste when Dropping files

Associate pdb files

pdb fetchDataAsFile

PDB format added

pdb stuff moved to popupmenu

Can have local file

If seq has a dataset, dont clear it

Extends AlignFile, dataset has PDBEntry added

Can load PDB file from disk

partly finished pods.

correct icon draw bug

Corrected hidden row feature render bug

Put DBRefFether in a new thread

Item added to ignoreList

Item added to ignoreList

Remove start end for now??

Add pdb ref

getViewAsString can ignore sequenceGroup

this.seqs = seqs

hidden seqs added

dbrefs added

show hide stuff moved from columnSelection

Saves hidden seqs and DBRefs

av.showHiddenMarkers check

Show hide cols and rows

Hide Selected Cols

DBRefs now array

getFullAlignment

Remove note

DBRef is an array, not vector

DBRefs and HiddenRegions saved