JAL-2629 update spikes/mungo to latest

Updated with latest from mchmmer branch

JAL-1793 update spike to latest

JAL-2897 more informative description on synonymous variants

JAL-984 merged to spikes-mungo

JAL-1793 update spike build to latest incl stop and synonymous variants on peptides

JAL-1793 update spike branch to latest

JAL-2808 JAL-2850 update spike build to latest

JAL-2850 JAL-1766 option to load contig sequence referenced by VCF

JAL-2845 locate reverse strand insertion as complement insertion at a preceding position

JAL-2835 small refactor to only extract transcript consequence once

JAL-2835 spike updated to latest (use specific SO term for feature)

JAL-2808 update spike to latest

JAL-2808 update spike to latest (filter range tooltip, Present condition)

JAL-2808 update spike to latest (filter range, Present option)

JAL-2069 spike updated with latest (FeatureTypeSettings)

JAL-2835 spike updated with latest

JAL-2069 updated spike to latest

JAL-2069 update spike to latest (no value colour options)

JAL-2069 update spike with latest

JAL-2069 update spike branch with latest

JAL-2808 spike updated with latest

JAL-2754 rename proguard.jar on spike branch

JAL-2754 spike branch updated to latest

JAL-2754 5.3.3 update of proguard.jar

JAL-1793 spike branch updated to latest

JAL-2738 update spike branch with latest

Push 1793 latest to spike branch

JAL-2738 update spikes/mungo

Merge branch 'features/JAL-1793VCF' into spikes/mungo

Conflicts:
src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/io/vcf/VCFLoader.java

JAL-2738 fix bug of premature exit from adding attributes

JAL-2738 match consequence "Allele" to VCF allele; add non-SNP variants
on nucleotide

JAL-2744 handle null features list

JAL-2738 copy to spikes/mungo

JAL-2738 update test for threaded VCFLoader

JAL-2738 code formatting

JAL-2738 code tidy up, null checks &c

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

JAL-2525 lookup transcript features by Ontology

JAL-2738 filter VEP consequence data to that for current transcript

Merge branch 'feature/JAL-2745ebiHttps' into develop

JAL-2748 JAL-2745 remove uniprot from EBI fetch client test - no longer used in Uniprot fetcher

JAL-2745 patch tests for https

JAL-2748 formatting

JAL-2745 JAL-2748 direct download of XML from uniprot.org

JAL-2738 one sequence feature per (SNP) VCF allele

JAL-2744 indent CSQ lines to catch the eye

Merge branch 'feature/JAL-2745ebiHttps' into develop

Revert "JAL-2745 update SIFTS FTP URL to HTTPS"
EBI ftp confirmed to remain accesible via HTTP
This reverts commit c7f663521cb82b94d832015010fa488d3dc7ff58.

Merge branch 'feature/JAL-2745ebiHttps' into develop

JAL-2745 update default EBI-eye search URL to HTTPS

JAL-2745 update SIFTS FTP URL to HTTPS

Merge branch 'feature/JAL-2745ebiHttps' into develop

JAL-2745 stderr rather than stdout for unexpected HTTP response

JAL-2745 update www.ebi.ac.uk to https

JAL-2738 separate thread to load VCF; update FeatureSettings when done

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

JAL-2036 set menus after fully loading AlignFrame

JAL-1796 GeneLociI as distinguished DBRefEntry

JAL-2744 simple Feature Details report from Popup menu

JAL-2744 refactor PopupMenu constructor to enable adding feature details

JAL-2738 transfer VCF variant features to CDS sequences

JAL-2738 JAL-2154 add DBRef from transcript to synthesized CDS and vice
versa

JAL-2738 unit test for reverse strand gene

JAL-2738 promote setGeneLoci to SequenceI!

JAL-2738 use complement base for a VCF variant on reverse strand gene

JAL-2738 getGeneLoci promoted to SequenceI

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

JAL-2525 return no features if none matches ontology term!

JAL-2738 query unindexed file, unit test for VCFLoader

JAL-2738 one constant in codebase for "alleles" attribute of
GFF/SequenceFeature

JAL-2738 extract SNP variants from SNP or MIXED variant records

JAL-2738 extract utility method to MappingUtils

JAL-2738 correct handling of reverse strand genes

JAL-2738 lookup GRCh38/37 gene mapping

JAL-2738 compute VCF on peptide, extract AF (allele frequency) score

JAL-2738 add chromosome coordinate mappings to transcripts

JAL-2738 PoC of Load VCF file on to gene sequence

JAL-2738 GeneLoci holds mapping of sequence to chromosome

JAL-2662 Adjustments to hidden columns benchmark

JAL-1793 wrapper for plain or indexed VCF + simple tests

JAL-2662 Updated README

JAL-2737 Checkstyle error fixes

JAL-2622 Tidied up gitignore, added to README

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/task/JAL-2662' into develop

JAL-1793 simple tests of reading raw and indexed VCF files with htsjdk

Merge remote-tracking branch 'origin/patch/JAL-2732' into develop

JAL-2728 fine tuned initial split of split frame view

Merge branch 'documentation/JAL-2698_release2103' into develop

JAL-2698 new releases.html entry, whatsNew.html and first signoff : JAL-2728

Merge branch 'bug/JAL-2728splitFrameDivision' into develop

JAL-1625 ensure we don’t regress on JAL-20 - we always use the DefaultDesktopManager on Windows

JAL-1625 javadoc

JAL-2733 redraw after changing the memory status display setting

JAL-1625 JAL-1900 preserve the original DesktopManager instance provided by platform rather than create our own, so iconify works correctly (should mean we also get iconify working in Linux too)

JAL-1900 JAL-1625 back out OSX specific double buffer disabling (seems to do nothing)

JAL-1551 standard code formatting

JAL-2732 force a redraw after resize/drag to clear any outlines

JAL-2728 use right denominator for min/max ratio calculations