JAL-2210 promote direct dbrefs from verified sources to primary for a sequence

JAL-2210 resolve todo - addDBRef adds to dataset sequence. test needed

JAL-1795 JAL-2206 prevent NPE when no data returned from Ensembl fetch

JAL-2189 clear out old what’s new and add ensembl and uniprot

JAL-2189 JAL-1705 JAL-1795 ensembl fetching docs

JAL-2089 tidied docs for sequence fetcher


JAL-2089 release notes

JAL-2089 zero day for 2.10 - 20th Sep 2016

Merge branch 'patch/JAL-2164_updatesRESNUMtests' into develop

JAL-2157 JAL-1803 refactored Sequence.updatePDBIds, parse DBRefs with
chain appended

JAL-2164 update asserts for padded residue numbers in RESNUM tests

JAL-2183 don't open two free text panels; give input field focus

JAL-2183 avoid duplicate closeDialog()

JAL-2164 removed unused parameters from JmolParser constructor

JAL-1270 JAL-1919 ensure Temp Factor is OFF for test to pass

JAL-2164 create RESNUM features with padding the same as for pre 2.10 features

JAL-2168 simpler help text re -nonews

JAL-2119 keeping gmungoc happy by not running linkcheck on every eclipse build of Jalview

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1803 tests added for PDBEntry.Type

JAL-2164 JAL-1919 disabled and removed PDB file parser configuration option, JmolParser is now the sole parser for parsing PDB and mmCIF format files.

JAL-1803 extracted class ChainId to jalview.util.CaseInsensitiveString,
tightened equals(), hashcode(), tests

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2195 bug fix to enable restoring jmol session save on Windows on OSX

JAL-2119 use File.separator not "/"

Merge branch 'patch/JAL-2068_JAL-2169_multiviewannotworker' into develop

JAL-2119 case-sensitive href filename checking

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

merge

JAL-2119 links must match case on Linux systems

JAL-2119 pass/resolve real help dir in link checker

JAL-2164 renamed 'DEFAULT_STRUCTURE_FORMAT' property to 'PDB_DOWNLOAD_FORMAT'

Merge branch 'feature/JAL-2119_helplinkchecker' into develop

JAL-1551 formatting

JAL-2119 build fails if invalid links are present

JAL-2119 non-zero exit if any invalid links

JAL-2119 count and report total invalid anchor links

JAL-2089 JAL-2119 help link fixups

JAL-2119 linkcheck target. runs before build indices

Merge branch 'bug/JAL-1803_JAL-2157' into develop

JAL-1670 groundhog day: fix FeaturesFileTest by redacting last commit:53dd28432308dda9cc73d6887bcd43fcfe17907d

Merge branch 'bug/JAL-1803_JAL-2157' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1803_JAL-2157

JAL-2192 TODO

JAL-2191 comments re chimera view code redundancy and JAL-1803

JAL-282 TODO - Sequence name from PDB had redundant info

JAL-1803 transfer mapped chain’s PDBEntry to the *dataset* SequenceI it was mapped to

JAL-1803 JAL-1919 set type when structure file is parsed

JAL-1803 first pass at updatePDBEntry
* merge PDBEntry if same ID, existing is null or identical filename, and chaincode is unspecified or identical to new one.
* merge propagates type, chainCode, filename, and all properties to parent.

Note TODOs: we don’t recognise and merge 1QIPA onto 1QIP (yet)

JAL-1803 switched so ‘expected’ is constant in assert

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2164 fix failing test

JAL-2106 DBRefEntry.isPrimary() renamed isPrimaryCandidate()

JAL-2147 additional test coverage for findMappingsForSequenceAndOthers

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-1563 UniProt FTS doc revisions

JAL-2089 reworked and formatted doc for
JAL-1479 - SIFTS

JAL-2089 reworked and formatted doc for
JAL-1666 PDB search interface and ‘3D structure…’ viewing option
JAL-1919 mmcif

JAL-2089 update Uniprot to UniProt in help docs.

JAL-2089 drop MCView documentation from contents.

JAL-2154 made Java 7 compatible

JAL-2106 increased coverage for testGetPrimaryDbRefs

JAL-1919 revised mmCIF documentation

JAL-2089 bump release date for 2.10

JAL-2106 corrections to DBRefEntry.isPrimary code and tests

JAL-1919 preserve filename on restore of project so Chimera recognises mmCIF files from .cif suffix

JAL-1803 JAL-2106 patch tests for tighter PDB Primary DBRef definition

JAL-2148 JAL-1803 JAL-1919 resolve type for mmCIF loaded from local file system

JAL-1803 recover type field faithfully for mmCIF/PDB file type info

JAL-1803 restore property array for a sequence’s associated PDBEntry from project.

JAL-1803 chainCode moved onto property hashtable as chain_code

JAL-1803 patch test: PDBEntry.getFile() will always be different, but never null

JAL-1854 distinct messages for TODO/FIXME and DOCUMENT ME

Merge branch 'bug/JAL-2034_fix' into develop

JAL-2077 don't mess with the look and feel

JAL-2077 less drastic exit on close

JAL-2034 - remember to reset needsOverviewUpdate at beginning of new select/drag event

JAL-2077 test harness for inspecting mouse events

JAL-2077 check isPopupTrigger in mouseReleased not mouseClicked
(Windows)

JAL-1421 add generics to NJTree, refactor recursive search

JAL-2034 check context of selection group to catch case when selection was added/removed from alignment without deselection/reselection

JAL-1854 rule to disallow import of swing in appletgui

JAL-2077 do nothing in mousePressed if right button down (on Windows)

JAL-2077 force defer right-click handling to mouseReleased on Windows

JAL-1803 JAL-2188 experimental:
Don’t go looking for new cross-references if we already have a mapping between a PDBEntry and a sequence - speeds up viewing already downloaded structure data.

JAL-1926 JAL-2106 source DB refs come from SequenceI.getPrimaryDBRefs()

JAL-1926 JAL-2106 resolve source DB refs using canonical dbsource match

JAL-1926 JAL-2106 fix PDB primary DBRef semantics: must have a matching PDBEntry with non-null File. type field doesn’t matter

JAL-2077 test isPopupTrigger in mouseReleased or mouseClicked (for
Windows) as well as mousePressed (Mac)

JAL-2077 more javadoc

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2157 JAL-2154 simplify CanshowProducts code to avoid one source of NPE

JAL-2034 fix logic so recalcConservation(true) returns true if conservation updates were performed on group

JAL-2034 moved ‘isDefinedGroup’ flag to a test method on AlignViewportI so controller doesn’t have to track datamodel state.

JAL-2034 remove todo - answer is yes!

JAL-2077 check for isPopupTrigger() in mousePressed as well as
mouseClicked.

JAL-2148 further enhancment to CA HETATM processing

JAL-1670 repositioned feature for backwards compatibility of feature
order

Merge branch 'develop' into merge/develop_bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2154 doc & AssertError trap for known failure case due to JAL-2179