JAL-2393 code tidying for review comments

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

JAL-2361 make a modified saved scheme the backout checkpoint for Cancel

JAL-2384 JAL-2371 update ResidueShader on change of colour by
conservation / pid

JAL-2361 simplify constructors, select unsaved but applied user defined
colour scheme in menu

JAL-2361 apply any saved changes to current colour scheme

JAL-2314 made non-test method non-public

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2314

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2461

JAL-2405 additional checks for circular reference in context or dataset

JAL-2472 PrivilegedAccessor added

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2431splitFrameNewView

JAL-2430 code tidy, unit test for Jmol hidden column colours

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1608createGroups

JAL-1608 leave Create Group, Remove Group menu items enabled

JAL-2401 code and help tidy for review comments

JAL-2401 don't apply lower case colour to upper case

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2399textColour

JAL-2346 JAL-1933 test updated to include Occupancy

JAL-2346 always run setup!

JAL-2346 more test coverage for AnnotationColourGradient

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2346annotationChoice

Conflicts:
src/jalview/gui/AnnotationRowFilter.java

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1608createGroups

JAL-2416 JAL-728 reduced dependency on Blosum62 implementation details

JAL-2416 revert to '*' not '-' in score matrix, handle gaps explicitly
in AlignSeq

JAL-2416 explicit constant for unknown/unknown identity score (*
diagonal), comments

JAL-2416 format matrix more readably

JAL-2403 JAL-2416 pairwise score unexpected symbols as minimum matrix
substitution score (or 1 for identity) (reproduces '*' score column)

JAL-2416 JAL-2403 remove unused '*' row/column from score matrices

JAL-2403 further test coverage for ScoreMatrix, min/max getters

JAL-2416 more test coverage of matrix parser

JAL-2416 parse score matrices in either NCBI or AAindex format

JAL-2416 amended to AAindex format

JAL-2416 amended to (as near as possible) strict NCBI format

JAL-2416 class Javadoc updates prior to parsing changes

JAL-2468 change score model in PCAModel when switching
peptide/nucleotide

JAL-2416 tidy up after switch from ' ' to '-' in score matrices

JAL-2416 score matrix gap symbol (if any) dynamically determined

JAL-2416 tooltip with descriptions for score models drop-down list

JAL-2416 add score model description field for tooltip in PCA panel

JAL-2403 SWDistanceModel now SmithWatermanModel - a similarity model

JAL-2416 use '-' not space for gap in score matrices

JAL-2428 unused method deleted

JAL-2403 PIDDistanceModel deleted as superseded by PIDModel

JAL-2428 pass AlignmentView to TreeModel so Show Input Data works

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

JAL-2428 simplify TreeModel constructors, add getOriginalData

JAL-2428 use 'correct' name for selected score model

JAL-2360 fix applet build by separating castor XML dependency from jalview.schemes.ColourSchemes to jalview.schemes.ColourSchemeLoader

JAL-1632 TreeChooser renamed CalculationChooser, text improved, i18n

JAL-1632 named parameters

JAL-2398 corrected BLOSUM62 C -> R score in resource file!

JAL-2416 tests added for ScoreMatrix

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into bug/JAL-2314

JAL-2314 Tidy up

JAL-2314 Fixes to DisorderAnnotExportImport test

JAL-2464 fix cancel tree print behaviour

JAL-838 move two callers off Comparison.PID and deprecate it

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2388 unit test initialisation fix for running full suite

JAL-2314 Tweaks to stop thread sync issues

JAL-2397 scale PCA by PID to alignment width to match SeqSpace

JAL-2397 formatting only

JAL-1632 suppress PID parameter options in Tree/PCA chooser for now

JAL-838 class javadoc added

JAL-2464 fix cancel tree print behaviour

JAL-2393 code tidy and comments, PIDDistanceModel deprecated

JAL-2393 updated test for removal of PIDDistanceModel

JAL-2314 Tidies

JAL-2314 Re-annotated unit tests using Jws2Discoverer

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

JAL-2461 Removed DAS error stack trace, updated message

JAL-2388 Reinstated original overview checks for annotation display

Merge remote-tracking branch
'origin/bug/JAL-2436featureRendererThreading' into develop

Conflicts:
src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
src/jalview/gui/OverviewPanel.java

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into
bug/JAL-2436featureRendererThreading

Conflicts:
src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
src/jalview/gui/OverviewPanel.java

JAL-2311 suppress autocalc'd annotation to isolate the 'real' failure

JAL-2307 Fixed SiftsClient unit test

JAL-2306 assert no DAS sources

JAL-2438 removed (non-functional) lastSeq, lastSequenceFeatures

JAL-2243 update discovered features on opening structure in Chimera

JAL-2438 check for null FeatureRenderer

Merge branch 'features/JAL-2388OverviewWindow' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2421overviewboxflicker' into develop

JAL-2388 Comment typo

JAL-2388 ViewportRanges unit test

JAL-2437 Synchronization corrections and unit tests

JAL-2388 Renamed column and row subtraction functions

Merge branch 'merges/develop_JAL2295setChimeraAttributes' into develop

JAL-1933 refactor parameter for code clarity

JAL-2388 Applied ViewportRanges to code

JAL-2388 Renamed viewport position props to viewport ranges

JAL-2388 Unit test update

JAL-2388 Applet update for overview panel

JAL-2439 Out-by-one in setting endRes/endSeq

JAL-2431 show cDNA consensus after New View in split frame

JAL-2388 Unit tests and tidies

JAL-2443 push getResidueBoxColour inside getResidueColour

JAL-2438 corrected getFeatureRenderer()

JAL-2442 applet feature transparency also on overview or structure

JAL-2438 handle null FeatureRenderer in FeatureColourFinder