JAL-2106 corrections to DBRefEntry.isPrimary code and tests

JAL-1919 preserve filename on restore of project so Chimera recognises mmCIF files from .cif suffix

JAL-1803 JAL-2106 patch tests for tighter PDB Primary DBRef definition

JAL-2148 JAL-1803 JAL-1919 resolve type for mmCIF loaded from local file system

JAL-1803 recover type field faithfully for mmCIF/PDB file type info

JAL-1803 restore property array for a sequence’s associated PDBEntry from project.

JAL-1803 chainCode moved onto property hashtable as chain_code

JAL-1803 patch test: PDBEntry.getFile() will always be different, but never null

JAL-1803 JAL-2188 experimental:
Don’t go looking for new cross-references if we already have a mapping between a PDBEntry and a sequence - speeds up viewing already downloaded structure data.

JAL-1926 JAL-2106 source DB refs come from SequenceI.getPrimaryDBRefs()

JAL-1926 JAL-2106 resolve source DB refs using canonical dbsource match

JAL-1926 JAL-2106 fix PDB primary DBRef semantics: must have a matching PDBEntry with non-null File. type field doesn’t matter

JAL-2157 JAL-2154 simplify CanshowProducts code to avoid one source of NPE

Merge branch 'develop' into merge/develop_bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2154 doc & AssertError trap for known failure case due to JAL-2179

JAL-2154 always compare canonicalised DBRefEntry source strings!

JAL-2154 simplify expression

JAL-2183 defensive check for openFrameCount < 0 (shouldn't happen but
did)

JAL-2183 simplified database tree actionPerformed, accept dbl-click

JAL-2183 revised change (= no change)

JAL-2183 formatter added @Override (only)

JAL-2183 removed redundant (overriden) add panel to container

JAL-2154 javadoc, fix underloaded version of assertDatasetIsNormalised

Merge branch 'develop' into merge/develop_bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2154 don’t synthesise multiple CDS|<Acc> sequences when one is already available on dataset (fixes crossRefs2XML failure - CDS|ENST00000288602 found duplicated
"Pass (0,0,0): before start of pass3: ENSEMBL ENSG00000157764 -> UNIPROT{0}:”)

JAL-2154 filter out dbrefs that already match primary refs for sequences already retrieved. This is a patch for ENA records where protein products were not reconstructed (AC006347) resulting in duplicate sequence fetches

JAL-2154 refactor if (for easier breakpoint) and formatting

JAL-2154 canonical dbsources are lowercased before matching

JAL-2154 ENA specific Ensembl canonical db prefixes

JAL-2154 endless loop fixed (hopefully :) )

JAL-1854 tweaks to rules and README

JAL-2154 catch insertion of duplicate CDS after retrieve cross-references with Alignment.assertDatasetIsNormaised

JAL-2154 Optional message parameter for assertDatasetNormalised

JAL-2154 new assertDatasetIsNormalised to trivially test for the addition of identical sequence data in the dataset (e.g. due to faulty create CDS sequence processes)

JAL-2154 additional test that removing a duplicate sequence reinstates dataset reference validity

JAL-1854 checkstyle relocated to /utils, newlines to Unix (?)

Merge branch 'bug/JAL-1841rnaSecStr' into develop

JAL-1448 updated unit test for last change

JAL-1841 robustness fix

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1854 two more rules, readme notes

JAL-2154 patch regression on DbRefFetcher due to PDB being dropped from NUCLEOTIDEDBS and PROTEINDBS lists

Merge branch 'bug/JAL-2154projectMappings' into merge/develop_bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2106 fix (last one!) remove the Sequence.sourceDBRef field!

JAL-2154 ENSEMBL and Uniprot tests

JAL-2154 report any db fetch failures as a fail at end

JAL-2154 ensure pass increments actually result in a termination

JAL-2154 catch and report a failures when xrefed project didn’t seem to have associated file (possibly due to failed ref retrieval)

JAL-2154 check that xref is a coding xref before adding sequence to retrieved xrefs

JAL-2154 don’t add any remaining xrefed sequences of the wrong molecule type to the alignment

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1854 commented FallThrough rule

JAL-1854 corrected nested package rule

JAL-2049 set Ensembl variant source to ENSEMBL if '.' (not provided) and
in computed peptide variants

JAL-2154 drop PDB from Protein db list to remove from fetch cross-refs menu

JAL-2154 Defer failing cross-ref combinations that didn’t result in a new alignment window till end of test

JAL-2154 check that CDS panel is only nucleotide, and protein panel is only Protein for retrieved cross-refs

JAL-1854 comment switch case fallthrough

JAL-2106 JAL-2154 fix test for additional reference transferred from locus to CDS as well as Peptide

JAL-2106 JAL-2154 cross-refs from Ensembl should verify as cross refs only

JAL-2106 tighten DBRefEntry primary seq test for PDB

JAL-2154 JAL-2106 transfer primary refs to CDS for makeCDS

JAL-2154 copy and paste error

JAL-1854 missing case break statements added

JAL-1854 initial checkstyle config

Merge branch 'trailm' into trial_fixMakeCDSDBRefPropagation

Merge branch 'refactor/JAL-2106_sourceDbRef_revision' into trailm

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2154projectMappings

 Conflicts:
src/jalview/gui/AlignFrame.java - propagated MessageManager tweak to jalview/gui/CrossRefAction.java

Merge branch 'develop' into refactor/JAL-2106_sourceDbRef_revision

JAL-2178 remove duplicate Uniprot db source

JAL-1424 duplicate key removed

JAL-2106 FIXME for test failure

JAL-2106 TODO - verify Embl primary refs get added

JAL-2106 tidy up and comments for DBRefFetcher

JAL-2106 javadoc for sifts mapping method

JAL-2106 prevent SIFTS mappings for sequences that don’t look like protein

JAL-2106 removed setSourceDBRef, refactor getSourceDBRef to getPrimaryDBRefs
 * minimal test for PDB cornercase
 * minimal revision of AlignmentUtils/Tests, CrossRef
 * basic patch to SIFTSClient - need to revisit

TODO
 * jalview.io.StructureFile re ‘PDB’ primary dbrefs generated from filenames.
 * verify primary refs added correctly for Uniprot, EMBL,  Ensembl and EnsemblGenomes in their unit tests.

JAL-2106 stricter check for 1:1 mapping (same numbering on both sides, and word size == 1)

JAL-2106 rejig test to minimally verify patch that getPDBEntry can be called on local and dataset sequence

JAL-2106 formatting

JAL-2106 DBRefEntry.isPrimary() minimal test & implementation

JAL-2106 convenience method to find all dbsource names via reflection

JAL-1355 correct 'thereshold' to 'threshold' in message keys

JAL-1424 removed unused and duplicated message keys

JAL-1424 tidy / recode MessageManager calls to support code analysis

JAL-1854 removed pointless method override

JAL-1424 removed two redundant (overwritten) setText() calls

JAL-1424 corrected Message bundle lookup key

JAL-1424 undo i18n of exception message

JAL-1854 declare immutable class as final

JAL-1424 recode calls to MessageManager to allow code inspection

JAL-2151 port fix to applet

JAL-1424 enhanced for cleaner reporting, checks calls to JvSwingUtils

JAL-1424 also report (obsolete) keys in translated bundle not in default

JAL-2154 updated testMakeCDSAlignment for expected propagate CDS behaviour (ahem - this should have been checked in *before* implementation!)

JAL-2154 propagate from contig to CDS after constructing CDS sequence, and only propagate refs with congruent mappings *and* corresponding mapping on protein product

JAL-2154 should only add mappings between dataset sequences

JAL-2154 - only copy DBRef from contig to new CDS sequence which involve same mapped region

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2154projectMappings

Conflicts:
 src/jalview/gui/AlignFrame.java
  - pushed raise warning dialog to CrossRefAction
 test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java
  - simple merge
 test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java
  - pushed updated BeforeClass setup to Jalview2xmlBase

JAL-2176 unused field / methods removed