patch for JAL-556

patched for JAL-531 - only display full symbol distribution stats on tooltip/annotation label when the sequenceLogo is displayed.

patch for JAL-545 - make deep copy of feature settings

patch for JAL-555

paste menu display on OSX Leopard * JAL-557

OSX look and feel JAL-577

followSelections flag now set via user preferences, and disabled for 2.5.1 * JAL-574 and * JAL-576

better test for when to update column selection when receiving a selection message * JAL-574

trim hidden regions outside selection when copying selected region to clipboard * JAL-573

Patch for incorrect column selection when hidden regions are present * JAL-558

prevent multiple attempts to initialise logging

patch for JAL-542

Fix for * JAL-541

resolution for * JAL-553

update group annotation for new treegroups (JAL-552)

correct popup menu, ensure panel doesn't disappear when empty (patches for JAL-554 and JAL-570 and JAL-562) and first patch for annotation label redraw (JAL-563)

first patch for JAL-563 - attempt to relayout annotation panel after adjusting heights

patches for JAL-554 and JAL-570
focus is explicitly handed back to caller (JAL-566)

focus is explicitly handed back to caller (JAL-566)

ensure panel doesn't disappear when empty (patches for JAL-554 and JAL-570 and JAL-562)

patch re JAL-554

patch ensuring annotation is output correctly re * JAL-554

patch and error reports re JAL-554

javadoc re  JAL-554

patches for # JAL-254 and JAL-548

removed vamsas deps

quick workaround for JAL-537.

partial patch for * JAL-466
allows finder to be instantiated for an explicit alignment panel and viewport.

partial patch for * JAL-466
allows finder to be instantiated for an explicit alignment panel and viewport.

fix for JAL-533

patch for JAL-528

fix for JAL-527

jalview 2.5 documentation (still)

correct branch

relocatable reference to build file and dropped groovy library from classpath

href for version

2.5 release details

2.5 release notes

get the html header comment right!

get the html header comment right!

tidying for 2.5 release

patch for bug #59999

doc

sort by length

jalview 2.5 release banner

jalview 2.5 release banner

classpath for eclipse is shared

2.5 doc

2.5 hidden capabilities

vamsas 0.2 client capabilities

make sure references are intact when group annotation is accessed

highlighting/selecting is application only for 2.5.0 release

2.5 release doc

isAligned assertion (bug 0008144)

property change race condition (bug 0062693) and isAligned assertion (bug 0008144)

hide/show selected region menu entries and key bindings

new selection manipulation method

popup menu toggles between graduated colour and single colour feature style

osx pixel tweak

eclipse source code formatting

share eclipse settings

jog pixels for OSX

osx button colouring issue

jog pixels for OSX

find incrementally searches ID then subsequence matches. Dialog reports number of ID and subsequence matches correctly (bugfix)

find incrementally searches ID then subsequence matches.

excludes

check class versions

2.5 updates...

graduated feature schemes

typo

envision2 service

better ui description

make groups function

graduated feature schemes (with visual indication of thresholding)

group/annotation association, logos, autocalc group annotation and sequence id tooltip

null pointer when double click event occurs without an existing selection (happens when tooltip position has been locked using shift key, and then user double clicks).

make groups from selection

group/annotation association

group/annotation association housekeeping

new applet parameters: heightScale and widthScale

build date output in the About box, and build details output on startup when debug flag is set.

disabled the justify functions for 2.5 release (see bug # 62495 )

upgrade to  Vamsas client 0.2

skips any annotation that appears to be identical to existing autogenerated annotation on the alignment.

next attempt for Bug #36198 - appears to work reproducibly

tooltip is not shown for Annotation elements with zero length description

javadoc

thread off a Filechooser instance on startup to make the dialog open quicker later on.

default value boolean parameter getter

fix for bug #8333

fix for bug #62456

ported logo rendering and label fit to column width - but disabled due to 1.1 incompatibility.

ported basic elements of logo and group annotation display, but disabled due to 1.1 incompatibility.

refresh table method

1.1 compatibility

1.1 compatibility and refresh table method

non-positional feature export in gff and features file: bug #54325

feature settings is updated if new features are added and dialog is refreshed on a reload

doc and todo about setting position of new internal frames