src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import jalview.datamodel.Alignment;
  22 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  23 import jalview.io.FileParse;
  24
  25 import java.applet.Applet;
  26 import java.io.InputStream;
  27
  28 public class JalviewLiteURLRetrieve extends Applet
  29 {
  30
  31   private static final long serialVersionUID = 1L;
  32
  33   /**
  34    * This is the default constructor
  35    */
  36   public JalviewLiteURLRetrieve()
  37   {
  38     super();
  39   }
  40
  41   /**
  42    * This method initializes this
  43    *
  44    * @return void
  45    */
  46   public void init()
  47   {
  48     this.setSize(300, 200);
  49     String file = getParameter("file");
  50     if (file == null)
  51     {
  52       System.out
  53               .println("Specify a resource to read on the file parameter");
  54       return;
  55     }
  56     String protocol = null;
  57     try
  58     {
  59       System.out.println("Loading thread started with:\n>>file\n" + file
  60               + ">>endfile");
  61       // This might throw a security exception in certain browsers
  62       // Netscape Communicator for instance.
  63       try
  64       {
  65         boolean rtn = false;
  66         InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);
  67         if (is != null)
  68         {
  69           rtn = true;
  70           is.close();
  71         }
  72         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
  73                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
  74         if (rtn)
  75         {
  76           protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
  77         }
  78
  79       } catch (Exception ex)
  80       {
  81         System.out.println("Exception checking resources: " + file + " "
  82                 + ex);
  83       }
  84       if (file.indexOf("://") > -1)
  85       {
  86         protocol = AppletFormatAdapter.URL;
  87       }
  88       else
  89       {
  90         // skipping codebase prepend check.
  91         protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
  92       }
  93
  94       System.out.println("Trying to get contents of resource:");
  95       FileParse fp = new FileParse(file, protocol);
  96       if (fp.isValid())
  97       {
  98         String ln = null;
  99         while ((ln = fp.nextLine()) != null)
 100         {
 101           System.out.print(ln);
 102         }
 103         fp.close();
 104       }
 105       else
 106       {
 107         System.out.println("Resource at " + file
 108                 + " cannot be read with protocol==" + protocol);
 109         return;
 110       }
 111       String format = getParameter("format");
 112       if (format == null || format.length() == 0)
 113       {
 114         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 115         System.out.println("Format is " + format);
 116       }
 117       else
 118       {
 119         System.out.println("User specified Format is " + format);
 120       }
 121       Alignment al = null;
 122       try
 123       {
 124         al = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);
 125       } catch (java.io.IOException ex)
 126       {
 127         System.err.println("Failed to open the file.");
 128         ex.printStackTrace();
 129       }
 130       if (al != null)
 131       {
 132         System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 133                 "FASTA", al, false));
 134       }
 135     } catch (Exception e)
 136     {
 137       System.err.println("bailing out : Unexpected exception:");
 138       e.printStackTrace();
 139     }
 140   }
 141
 142 }