src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.ws.jws2;
  20
  21 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  22 import jalview.gui.AlignFrame;
  23 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  24 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
  25 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  26 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  27 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  28
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Map;
  32 import java.util.Set;
  33 import java.util.TreeSet;
  34
  35 import compbio.data.sequence.Score;
  36 import compbio.metadata.Argument;
  37
  38 public class AAConClient extends JabawsAlignCalcWorker
  39 {
  40
  41   public AAConClient(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  42           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  43   {
  44     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  45     submitGaps = true;
  46     alignedSeqs = true;
  47     nucleotidesAllowed = false;
  48     proteinAllowed = true;
  49     gapMap = new boolean[0];
  50     initViewportParams();
  51   }
  52
  53   public String getServiceActionText()
  54   {
  55     return "calculating Amino acid consensus using AACon service";
  56   }
  57
  58   /**
  59    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
  60    * current visualization settings.
  61    */
  62
  63   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
  64   {
  65     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && scoremanager != null)
  66     {
  67       Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  68       int alWidth = alignViewport.getAlignment().getWidth();
  69       ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  70       for (String score : scoremap.keySet())
  71       {
  72         Set<Score> scores = scoremap.get(score);
  73         for (Score scr : scores)
  74         {
  75           if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  76           {
  77             /**
  78              * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  79              * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  80              * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng
  81              * : scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for
  82              * (int i = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new
  83              * Annotation("", "", ' ', val); } } annotation.annotations = elm;
  84              * annotation.validateRangeAndDisplay();
  85              */
  86           }
  87           else
  88           {
  89             createAnnotationRowsForScores(ourAnnot, getCalcId(), alWidth,
  90                     scr);
  91           }
  92         }
  93       }
  94
  95       if (ourAnnot.size() > 0)
  96       {
  97         updateOurAnnots(ourAnnot);
  98       }
  99     }
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public String getCalcId()
 104   {
 105     return CALC_ID;
 106   }
 107   private static String CALC_ID="jabaws2.AACon";
 108
 109   public static AlignAnalysisUIText getAlignAnalysisUITest()
 110   {
 111     return new AlignAnalysisUIText(
 112             compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
 113             jalview.ws.jws2.AAConClient.class, CALC_ID, false, true, true,
 114             "AACon Calculations",
 115             "When checked, AACon calculations are updated automatically.",
 116             "Change AACon Settings...",
 117             "Modify settings for AACon calculations.");
 118   }
 119 }