Merge branch 'develop' into features/JAL-1933_occupancy

JAL-2489 edited unit test code comment

JAL-2489 Unit test for bug

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2489 bug fix

JAL-2487 remove redundant refreshGUI to minimise threading issues

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

JAL-2424 final contig now an inclusive range

JAL-2439 Fixed opposite out-by-one problem in wrapped panels

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2439 Fix to hidden column marker being one row too short

JAL-2295 Spanish translations for superposition / errors

JAL-2295 Spanish translations added

JAL-2361 Spanish text added

JAL-2423 tweak tree panel title, add Spanish text

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

JAL-2485 Bug fix to filter out uniprot response header row by excluding the first row

JAL-2482 added null check

JAL-2482 Bugfix

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

JAL-2361 tweak layout of warning message

JAL-1632 removed check for aligned sequences for Tree calculation

JAL-1632 remove unused check for sequences aligned

JAL-2403 ensure array held in Matrix is immutable

JAL-2403 public static methods to convert distance/similarity matrices

JAL-1632 one PCA/Tree per panel, closed when panel is closed

Pull from develop

JAL-2479 Moved some network-dependent unit tests into Network group

JAL-2403 improved ScoreModelI hierarchy as per Kira's review suggestions

JAL-2473 removed unused fields in JalviewDialog

JAL-2428 Javadoc

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

JAL-2403 unit tests for PCA.computeSimilarity, signature simplified

Merge branch 'bug/JAL-2255_seq-fetcher-broken-on-linux' into develop

JAL-2255 Bug fix

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2255_seq-fetcher-broken-on-linux

JAL-2403 removed remaining jvCalcMode references from PCA

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

JAL-2416 test updated for reinstatement of '*' row/column in blosum62

JAL-2473 added improvement to apply default / custom minimum dimension for various Jalview dialogs / windows. This is to prevent some components from disappearing when the dialogs / windows are resized downwards below certain dimensions

JAL-2361 option to save on OK of changed named colour scheme

JAL-2393 remove unused commented code

JAL-2393 code tidying for review comments

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

JAL-2361 make a modified saved scheme the backout checkpoint for Cancel

JAL-2384 JAL-2371 update ResidueShader on change of colour by
conservation / pid

JAL-2361 simplify constructors, select unsaved but applied user defined
colour scheme in menu

JAL-2361 apply any saved changes to current colour scheme

JAL-2314 made non-test method non-public

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2314

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2461

JAL-2405 additional checks for circular reference in context or dataset

JAL-2472 PrivilegedAccessor added

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2431splitFrameNewView

JAL-2430 code tidy, unit test for Jmol hidden column colours

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1608createGroups

JAL-1608 leave Create Group, Remove Group menu items enabled

JAL-2401 code and help tidy for review comments

JAL-2401 don't apply lower case colour to upper case

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2399textColour

JAL-2346 JAL-1933 test updated to include Occupancy

JAL-2346 always run setup!

JAL-2346 more test coverage for AnnotationColourGradient

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2346annotationChoice

Conflicts:
src/jalview/gui/AnnotationRowFilter.java

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1608createGroups

JAL-2416 JAL-728 reduced dependency on Blosum62 implementation details

JAL-2416 revert to '*' not '-' in score matrix, handle gaps explicitly
in AlignSeq

JAL-2416 explicit constant for unknown/unknown identity score (*
diagonal), comments

JAL-2416 format matrix more readably

JAL-2403 JAL-2416 pairwise score unexpected symbols as minimum matrix
substitution score (or 1 for identity) (reproduces '*' score column)

JAL-2416 JAL-2403 remove unused '*' row/column from score matrices

JAL-2403 further test coverage for ScoreMatrix, min/max getters

JAL-2416 more test coverage of matrix parser

JAL-2416 parse score matrices in either NCBI or AAindex format

JAL-2416 amended to AAindex format

JAL-2416 amended to (as near as possible) strict NCBI format

JAL-2416 class Javadoc updates prior to parsing changes

JAL-2468 change score model in PCAModel when switching
peptide/nucleotide

JAL-2416 tidy up after switch from ' ' to '-' in score matrices

JAL-2416 score matrix gap symbol (if any) dynamically determined

JAL-2416 tooltip with descriptions for score models drop-down list

JAL-2416 add score model description field for tooltip in PCA panel

JAL-2403 SWDistanceModel now SmithWatermanModel - a similarity model

JAL-2416 use '-' not space for gap in score matrices

JAL-2428 unused method deleted

JAL-2403 PIDDistanceModel deleted as superseded by PIDModel

JAL-2428 pass AlignmentView to TreeModel so Show Input Data works

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

JAL-2428 simplify TreeModel constructors, add getOriginalData

JAL-2428 use 'correct' name for selected score model

JAL-2360 fix applet build by separating castor XML dependency from jalview.schemes.ColourSchemes to jalview.schemes.ColourSchemeLoader

JAL-1632 TreeChooser renamed CalculationChooser, text improved, i18n

JAL-1632 named parameters

JAL-2398 corrected BLOSUM62 C -> R score in resource file!

JAL-2416 tests added for ScoreMatrix

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into bug/JAL-2314

JAL-2314 Tidy up

JAL-2314 Fixes to DisorderAnnotExportImport test

JAL-2464 fix cancel tree print behaviour

JAL-838 move two callers off Comparison.PID and deprecate it