JAL-2089 JAL-2119 help link fixups

JAL-2119 linkcheck target. runs before build indices

Merge branch 'bug/JAL-1803_JAL-2157' into develop

JAL-1670 groundhog day: fix FeaturesFileTest by redacting last commit:53dd28432308dda9cc73d6887bcd43fcfe17907d

Merge branch 'bug/JAL-1803_JAL-2157' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1803_JAL-2157

JAL-2192 TODO

JAL-2191 comments re chimera view code redundancy and JAL-1803

JAL-282 TODO - Sequence name from PDB had redundant info

JAL-1803 transfer mapped chain’s PDBEntry to the *dataset* SequenceI it was mapped to

JAL-1803 JAL-1919 set type when structure file is parsed

JAL-1803 first pass at updatePDBEntry
* merge PDBEntry if same ID, existing is null or identical filename, and chaincode is unspecified or identical to new one.
* merge propagates type, chainCode, filename, and all properties to parent.

Note TODOs: we don’t recognise and merge 1QIPA onto 1QIP (yet)

JAL-1803 switched so ‘expected’ is constant in assert

JAL-2164 fix failing test

JAL-2106 DBRefEntry.isPrimary() renamed isPrimaryCandidate()

JAL-2147 additional test coverage for findMappingsForSequenceAndOthers

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-1563 UniProt FTS doc revisions

JAL-2089 reworked and formatted doc for
JAL-1479 - SIFTS

JAL-2089 reworked and formatted doc for
JAL-1666 PDB search interface and ‘3D structure…’ viewing option
JAL-1919 mmcif

JAL-2089 update Uniprot to UniProt in help docs.

JAL-2089 drop MCView documentation from contents.

JAL-2154 made Java 7 compatible

JAL-2106 increased coverage for testGetPrimaryDbRefs

JAL-1919 revised mmCIF documentation

JAL-2089 bump release date for 2.10

JAL-2106 corrections to DBRefEntry.isPrimary code and tests

JAL-1919 preserve filename on restore of project so Chimera recognises mmCIF files from .cif suffix

JAL-1803 JAL-2106 patch tests for tighter PDB Primary DBRef definition

JAL-2148 JAL-1803 JAL-1919 resolve type for mmCIF loaded from local file system

JAL-1803 recover type field faithfully for mmCIF/PDB file type info

JAL-1803 restore property array for a sequence’s associated PDBEntry from project.

JAL-1803 chainCode moved onto property hashtable as chain_code

JAL-1803 patch test: PDBEntry.getFile() will always be different, but never null

Merge branch 'bug/JAL-2034_fix' into develop

JAL-2077 don't mess with the look and feel

JAL-2077 less drastic exit on close

JAL-2034 - remember to reset needsOverviewUpdate at beginning of new select/drag event

JAL-2077 test harness for inspecting mouse events

JAL-2077 check isPopupTrigger in mouseReleased not mouseClicked
(Windows)

JAL-1421 add generics to NJTree, refactor recursive search

JAL-2034 check context of selection group to catch case when selection was added/removed from alignment without deselection/reselection

JAL-1854 rule to disallow import of swing in appletgui

JAL-2077 do nothing in mousePressed if right button down (on Windows)

JAL-2077 force defer right-click handling to mouseReleased on Windows

JAL-1803 JAL-2188 experimental:
Don’t go looking for new cross-references if we already have a mapping between a PDBEntry and a sequence - speeds up viewing already downloaded structure data.

JAL-1926 JAL-2106 source DB refs come from SequenceI.getPrimaryDBRefs()

JAL-1926 JAL-2106 resolve source DB refs using canonical dbsource match

JAL-1926 JAL-2106 fix PDB primary DBRef semantics: must have a matching PDBEntry with non-null File. type field doesn’t matter

JAL-2077 test isPopupTrigger in mouseReleased or mouseClicked (for
Windows) as well as mousePressed (Mac)

JAL-2077 more javadoc

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2157 JAL-2154 simplify CanshowProducts code to avoid one source of NPE

JAL-2034 fix logic so recalcConservation(true) returns true if conservation updates were performed on group

JAL-2034 moved ‘isDefinedGroup’ flag to a test method on AlignViewportI so controller doesn’t have to track datamodel state.

JAL-2034 remove todo - answer is yes!

JAL-2077 check for isPopupTrigger() in mousePressed as well as
mouseClicked.

JAL-2148 further enhancment to CA HETATM processing

JAL-1670 repositioned feature for backwards compatibility of feature
order

Merge branch 'develop' into merge/develop_bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2154 doc & AssertError trap for known failure case due to JAL-2179

JAL-2154 always compare canonicalised DBRefEntry source strings!

JAL-2154 simplify expression

JAL-2183 defensive check for openFrameCount < 0 (shouldn't happen but
did)

JAL-2183 simplified database tree actionPerformed, accept dbl-click

JAL-2183 revised change (= no change)

JAL-2183 formatter added @Override (only)

JAL-2183 removed redundant (overriden) add panel to container

JAL-2154 javadoc, fix underloaded version of assertDatasetIsNormalised

Merge branch 'develop' into merge/develop_bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2154 don’t synthesise multiple CDS|<Acc> sequences when one is already available on dataset (fixes crossRefs2XML failure - CDS|ENST00000288602 found duplicated
"Pass (0,0,0): before start of pass3: ENSEMBL ENSG00000157764 -> UNIPROT{0}:”)

JAL-2154 filter out dbrefs that already match primary refs for sequences already retrieved. This is a patch for ENA records where protein products were not reconstructed (AC006347) resulting in duplicate sequence fetches

JAL-2154 refactor if (for easier breakpoint) and formatting

JAL-2154 canonical dbsources are lowercased before matching

JAL-2154 ENA specific Ensembl canonical db prefixes

JAL-2154 endless loop fixed (hopefully :) )

JAL-1854 tweaks to rules and README

JAL-2154 catch insertion of duplicate CDS after retrieve cross-references with Alignment.assertDatasetIsNormaised

JAL-2154 Optional message parameter for assertDatasetNormalised

JAL-2154 new assertDatasetIsNormalised to trivially test for the addition of identical sequence data in the dataset (e.g. due to faulty create CDS sequence processes)

JAL-2154 additional test that removing a duplicate sequence reinstates dataset reference validity

JAL-1854 checkstyle relocated to /utils, newlines to Unix (?)

Merge branch 'bug/JAL-1841rnaSecStr' into develop

JAL-1448 updated unit test for last change

JAL-1841 robustness fix

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1854 two more rules, readme notes

JAL-2154 patch regression on DbRefFetcher due to PDB being dropped from NUCLEOTIDEDBS and PROTEINDBS lists

Merge branch 'bug/JAL-2154projectMappings' into merge/develop_bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2106 fix (last one!) remove the Sequence.sourceDBRef field!

JAL-2154 ENSEMBL and Uniprot tests

JAL-2154 report any db fetch failures as a fail at end

JAL-2154 ensure pass increments actually result in a termination

JAL-2154 catch and report a failures when xrefed project didn’t seem to have associated file (possibly due to failed ref retrieval)

JAL-2154 check that xref is a coding xref before adding sequence to retrieved xrefs

JAL-2154 don’t add any remaining xrefed sequences of the wrong molecule type to the alignment

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1854 commented FallThrough rule

JAL-1854 corrected nested package rule

JAL-2049 set Ensembl variant source to ENSEMBL if '.' (not provided) and
in computed peptide variants