JAL-3280 fixes after CR-JAL-241. Now only checking release build_properties.

JAL-3280 Pass appbase and appdir from getdown to jalvew. Check appbase (defaults to release appbase) for build_properties VERSION insteadl of jnlp file.

JAL-3732 - sequences can be moved up/down in cursor mode via alt-up/down arrow
JAL-3733 TODO - provide an undo for sequence/group up/down moves

JAL-3676 adding Axis and Castor loggging properties to the help text

JAL-3676 Documentation in Help for Java Console, Logging and Reporting Bugs

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' into merge/JAL_1842+JAL-3509+releases_Release_2_11_1_Branch

report JAL-3127 as known defect (fix targeted for 2.11.2)

JAL-3671 hardwire log4j.root logger to INFO to supress jetty and httpclient log output

JAL-3675 2.11.1.1 java 8 compatible patch for JAL-3615 from feature/JAL-3615gzipXfam

JAL-3692 parse multiline CDS location correctly

JAL-3676 Start of documentation in help pages logging.html

JAL-3675 release notes for JAL-3691

Merge branch 'patch/JAL-3691_No_score_models_available' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3675 JAL-3561 documented in release notes

JAL-3675 report JAL-3702 as known defect

Merge branch 'patch/JAL-3561_JAL-3660_fileformatexport_CLI' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3712 fix typos for rebuilding/updating getdown jars and added mention of mvn_cmd in the getdown building help.

JAL-3490 JAL-3675 release notes, update Find dialog image in help and tidy up documentation for 2.11.1.1

Merge branch 'patch/Release_2_11_1_Branch_patch_JAL-3490' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3675 JAL-3597 release notes

Merge branch 'patch/JAL-3597_for_Release_2_11_1_Branch' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3676 More explicit tooltip about resetting log level on Console close. Also clarified code to set initial log level and re-set on close to previously set level.

JAL-3597 Increased heap passmark to <= 45MB and report smallest of failed attempts heap size

JAL-3597 slight tidying of code and Javadoc, passmark now heap <= 38MB

JAL-3597 additional references nulled, bug in test corrected

JAL-3675 brought forward patch to build.gradle for changed main class variable in build.properties

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3676 Removed BACKUPFILESPRESETENTRY logging for opening the file browser. Changed most BACKUPFILES logging from DEBUG to TRACE level. Minor wording changes.

JAL-3675 added JAL-3576 as known defect (colocated features appear in different order when exported/reimported)

JAL-3608 Changes from code review  CR-JAL-236

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-3675 fix issue attribution for JAL-3667 release note line

JAL-3675 update release notes for JAL-3673 and tested merge of additional patch for JAL-2983

JAL-3673 make sure font metrics are updated if dealing with reference sequence font !

Merge branch 'bug/JAL-2983negativeSliderMin' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3371 more fine-grained slider; set Param slider to initial default

JAL-3490 match count independent of contiguous matches count

JAL-3691 toUpperCase(Locale.ROOT) for all standard file format operations

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' into patch/JAL-3691_No_score_models_available

JAL-3628 JAL-3708 call Cache.initLogger() before using Cache.log in static methods with no class-level guarantee logs are initialised

JAL-3691 Changed .toUppoerCase().startsWith(...) to .regionMatches(true,...) as upper-cased 'i' in Turkish is not 'I'.

JAL-3628 init log after loading testProps for each backupfile test

Merge branch 'patch/JAL-3692enaEndpointFlatfile' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3692 unit test updated for ?gzip download endpoint URL

JAL-3692 parse multiline feature qualifiers and escaped quotes

JAL-3675 release notes for JAL-3477, JAL-3667, JAL-3541, JAL-3685, JAL-3676, JAL-3677 and bumped release date for 2.11.1.1 to next Tuesday(ish)

Merge branch 'merge/JAL-3628+JAL-3608+JAL-3609+JAL-3541+Release_2_11_1_Branch' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3477 Improved command line arguments description in memory.html

JAL-3477 Added -help text for jvmmempc and jvmmemmax. Fixed typo and slight rewording in help/memory.html

JAL-3477 added help documentation for executable jar command line arguments -jvmmempc and -jvmmemmax

JAL-3675 report JAL-3701 as known defect

JAL-3675 release notes for JAL-3692

Merge branch 'patch/JAL-3692enaEndpointFlatfile' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3692 fix up test for 2.11.1 series datamodel API

JAL-3692 set CDS /product as EMBLCDSPROTEIN description

JAL-3692 refactor/complete parsing, more unit test coverage

JAL-3692 parse DE for description, and other refactoring...

JAL-3692 URL tests updated

JAL-3692 unit test (J03321), fixes, dbrefs; todo: protein mappings

JAL-3692 EMBL flatfile fetcher / parser (todo: CDS dbrefs and mappings)
 Conflicts:
src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java
src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' into bug/JAL-3509hideResnum

Merge branch 'bug/JAL-2983negativeSliderMin' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3371 JAL-2983 don't modify 'extent' of slider - this is managed by look and feel

JAL-3675 mention -open argument in the command line arguments table

JAL-3675 JAL-3570 JAL-3608 JAL-2983 release notes and docs

JAL-3675 update release note for JAL-2656

JAL-2656 recognise non-HTTP URI input streams as gzipped by detecting the gzip magic header

JAL-2656 recognise Gzipped file input streams by their content, not their filename

JAL-3615 update tests for Rfam/Pfam specific gzip endpoints

JAL-3675 release notes for JAL-3615 and JAL-2656

JAL-2656 JAL-3615 check response headers to test for gzipped url reply

JAL-3615 used gzip endpoints for Pfam and Rfam
redact parent commits related to JalviewJS for 2.11.1.1 patch

Merge branch 'bug/JAL-2983negativeSliderMin' into releases/Release_2_11_1_Branch
Conflict in way transparency slider was inited - followed HEAD's pattern here.

JAL-3675 release notes for JAL-3621

JAL-3621 corrected sequence feature sort and test

JAL-3621 update to intervalstore v1.1

JAL-3675 release notes for JAL-3695 JAL-3696 JAL-3697

JAL-3697 show total number of features not shown

JAL-3696 log the error message from the exception to the console

JAL-3695 htsjdk 2.12 -> 2.23 (library change only, no code change. needs gradle refresh in eclipse)

Merge branch 'bug/JAL-3541_cherry_pick_to_releases_Release_2_11_1_Branch' into task/JAL-3608_and_JAL-3609_merged_for_Release_2_11_1_Branch

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' into task/JAL-3608_and_JAL-3609_merged_for_Release_2_11_1_Branch

Merge branch 'task/JAL-3609_HiDPI_support_in_java' into task/JAL-3608_and_JAL-3609_merged_for_Release_2_11_1_Branch

JAL-3608 Changes from code review  CR-JAL-236

JAL-3608 ex stacktraces now go to Cache.log.debug

JAL-3628 System.out/err -> Cache.log.info/error

Merge branch 'bug/JAL-3628_Unable_to_save_update_to_existing_file_in_Windows' into task/JAL-3608_property_set_laf_and_tests_from_Release_2_11_1_Branch

JAL-3628 System.out/err -> Cache.log.info/error

JAL-3541 ensure deletion of cloverReportDir

JAL-3541 small fix for clover.xml location expected by build server plugin, and comment clarity

JAL-3541 added a property/variable style comment to build.gradle

JAL-3541 Fixed report path for build artifacts

JAL-3541 Added mem setting and jvmArgs for cloverReporting

JAL-3541 Individual tests now instrumented and reported.  Added cloverConsoleReport.

JAL-3541 Helpers for running tests, and other commands headlessly

JAL-3541 JavaExec tasks for cloverInstr and cloverReport. Rationalised compileClasspaths for main, clover and test.

JAL-3541 increase maxheapsize for test worker process

JAL-3541 tidying build.gradle, delete cloverInstrDir re-added

JAL-3541 perhaps a better clean for clover. fixed

JAL-3541 perhaps a better clean for clover

JAL-3541 rejigged clover tasks very mildly