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tidying for 2.5 release

patch for bug #59999

doc

sort by length

jalview 2.5 release banner

jalview 2.5 release banner

classpath for eclipse is shared

2.5 doc

2.5 hidden capabilities

vamsas 0.2 client capabilities

make sure references are intact when group annotation is accessed

highlighting/selecting is application only for 2.5.0 release

2.5 release doc

isAligned assertion (bug 0008144)

property change race condition (bug 0062693) and isAligned assertion (bug 0008144)

hide/show selected region menu entries and key bindings

new selection manipulation method

popup menu toggles between graduated colour and single colour feature style

osx pixel tweak

eclipse source code formatting

share eclipse settings

jog pixels for OSX

osx button colouring issue

jog pixels for OSX

find incrementally searches ID then subsequence matches. Dialog reports number of ID and subsequence matches correctly (bugfix)

find incrementally searches ID then subsequence matches.

excludes

check class versions

2.5 updates...

graduated feature schemes

typo

envision2 service

better ui description

make groups function

graduated feature schemes (with visual indication of thresholding)

group/annotation association, logos, autocalc group annotation and sequence id tooltip

null pointer when double click event occurs without an existing selection (happens when tooltip position has been locked using shift key, and then user double clicks).

make groups from selection

group/annotation association

group/annotation association housekeeping

new applet parameters: heightScale and widthScale

build date output in the About box, and build details output on startup when debug flag is set.

disabled the justify functions for 2.5 release (see bug # 62495 )

upgrade to  Vamsas client 0.2

skips any annotation that appears to be identical to existing autogenerated annotation on the alignment.

next attempt for Bug #36198 - appears to work reproducibly

tooltip is not shown for Annotation elements with zero length description

javadoc

thread off a Filechooser instance on startup to make the dialog open quicker later on.

default value boolean parameter getter

fix for bug #8333

fix for bug #62456

ported logo rendering and label fit to column width - but disabled due to 1.1 incompatibility.

ported basic elements of logo and group annotation display, but disabled due to 1.1 incompatibility.

refresh table method

1.1 compatibility

1.1 compatibility and refresh table method

non-positional feature export in gff and features file: bug #54325

feature settings is updated if new features are added and dialog is refreshed on a reload

doc and todo about setting position of new internal frames

ensure there's always a space between ID and feature/descr/dbref list.

patch for bug #36198 - more to follow on Monday.

graduated feature color editing

export graduated feature colors

todo javadoc

default for colourBylabel is false

nullpointer bugfix (another repaint racecondition)

ID tooltip preference settings and doc

dialog box appears in centre of desktop window

todo and disable selection sharing between views on same alignment

remove debug messages. fix order/reverse order issue for sortByFeature

profile visualizations are now logos

fix order/reverse order issue for sortByFeature

ensure console contains build details in header

regenerated binding for extensions to XML for 2.5

javadoc, and unimplemented warning for group associated annotation (not shared to vamsas session in 2.5)

unnecessary code

javadoc

Extend XML model for graduated feature colours, group associated manual/auto annotation, consensus profile/histograms, annotation label formatting, viewport highlight follow/select message receive settings. Fix group+ucs recovery bug #0061271

extend XML model for graduated feature colours, group associated manual/auto annotation, consensus profile/histograms, annotation label formatting, viewport highlight follow/select message receive settings

document XML extension

javadoc

made threshold type enumaration into set of constants

load and save graduated feature colours in XML

extended Colour element with additional optional attributes for graduated colour

indicate the database id source associated with the sequences being submitted.

cli length limit

urllength limit and more efficient url construction

avoid occasional null exception

better truncation mechanism

prevent duplicate service submission links

reinstate submission of database Ids as well as sequence Id strings.

refactored copy of groupURL mechanism into new Envision service discovery class.

say which url was a problem when exceptions are raised.

new interface

todo

group autoannotation and consensus display, annotation label scale to width, etc.

documenting histogram colour spec

group autoannotation and consensus display settings