Null pointers removed

Dont fastpaint if movement is zero

Update overview after change

Update overview in alignmentChanged

Size checking in drawGraph

Overview subsamples alignment

Move tree property change to treePanel

Only 1 NJtree

TreePanel takes viewport

REmove unnecessary imports

Init PCA in thread

If no consensus, disable certain colour options

update consensus and conservation are in try catch for out of memory error

Optimise switch to fastPaint

Correct mouse pressed bug

Optimised for wide alignments

Load in a thread

Make menuitems protected

If vconsensus is null, return

Add lowercase nucleotides to nucleotideHash

More informative error messages.

Applet search by residue index fixed

Add header to file

firePropertyChange if sequences deleted

Need reference to mainApplet

Use propertyListener for alignment edits

Sort by added to preferences

No need to recalculate image for font change

Repaint scale panel after unselect all

Must update globalColourScheme with new consensus

2.05

UserColour gui modified

Make 24 colours to be sure

Validate buttons and fire on mouse press, not mouse click

Set user colours same as global

Repaint annotations after edit

Wrapped, getWidth > vconsensus

Update colours after remove left, cut, paste

Keep mouse drag to 1 block when wrapped

Dont setSelected on new frames

Out of bounds checks

Set startSeq 0 if wrap alignment

Dont set clip if its not null

Bounds checking

If Mac, dont use fastpaint

Can edit in wrapped view

Reset all colour schemes after gaps removed

Include None in default colours

Default user colour is 23 white colours

Keep startRes the same after removing columns

Reset ClustalX after removing gaps

if seq<0, return

load sequenceURLLinks static method

Dont call fastPaint if Mac

Edit and annotate wrapped alignment

Edit and annotate wrapped alignment

Edit and annotate wrapped alignment

Create new image only on resize, set fontMetrics on new image

resizeAgain flag set if user resizes whilst image is being prepared

No need to call repaint after font change

resizeAgain flag set if user resizes whilst image is being prepared

Update overviewImage if font changed

When saving, use print instead of println

html typo

more informative clustal colourscheme doco.

Set new group width-1

Give extra pixel for graph values

Set threshold 0 if conservation

Bring trees to front

Does edit affect any groups?

Dont set iframe null

Latest version is red

End res of selection group corrected

Add windowListener in constructor

Remove ref in PaintRefresher on close, changeColour updated

AddToDesktop is synchronized

Sleep for longer

Warning no longer red

Dont make new frame reference in Buildwebservicemenu

Finalize calculate method

Finalize formats

Regex should not be static in file loader

Is fileChooser instanceof Basic

Set size and location of frame before visible

Check for null colour

Dont resize frame if bounds have been set

Mosue wheel moved to seqpanel

Use mouse wheel press to zoom

finalize all these hashtables

Checks for null colour in groups

jalview-dev doesn't exist.

regenerated stubs from wsdl and removed old vamsas object stubs in jalview.ext

regenerated from wsdl.

Replaced by jpred.java and associated stubs.

fixed hanging on job finished bug.

tidied client and fixed non-unique msa bug (lead to Hmmer error)

fixed uniquify seq[]

regenerated Jpred stubs and tidied client thread.

comment on WORD_SEP values

Conservation colour scheme is no more