Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch'

JAL-3675 release notes for JAL-3750 JAL-3751

Merge branch 'patch/JAL-3750_JAL-3741_https_patch' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3741 http to https (and jar to jvp for exampleFile defaults!)

JAL-3750 parse protocol before checking if argument to -open can be opened as a file

JAL-3675 patch release date 17th September 2020

JAL-3675 logged JAL-3748 as known defect

JAL-3765 JAL-3718 release notes

Merge branch 'patch/JAL-3718_fixed_getdown_patched_for_Release_2_11_1_Branch' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3718 Fixed getdown auto-update. This commit Getdown jars and version files.

JAL-3718 force re-initialise of getdown.txt file when new getdown.txt downloaded from appbase. getdown src files

JAL-3675 typo in release notes :(

JAL-3675 update release date and release notes for JAL-3732

JAL-3648 resize annotation panel after dragging to resize graph height

JAL-3675 update release date and release notes for JAL-3280

Merge branch 'improvement/JAL-3280_Migrate_the_VersionChecker_service_to_build_properties' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3675 whats new, logging and release notes tidying for 2.11.1.1.

JAL-3676 rework logging docs.

Merge branch 'bug/JAL-3718_Getdown_does_not_autoupdate_correctly' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3676 remove mention of Castor

JAL-3675 tweak release notes for JAL-3667, JAL-3702

JAL-3675 update sequence fetcher service documentation for JAL-3692 (ENA Flatfile) and refreshed links for other endpoints.

JAL-3280 Test for remote release build_properties file version check

JAL-3280 fixes after CR-JAL-241. Now only checking release build_properties.

JAL-3280 Pass appbase and appdir from getdown to jalvew. Check appbase (defaults to release appbase) for build_properties VERSION insteadl of jnlp file.

JAL-3680 merged description of individual cursor key actions

JAL-3732 - sequences can be moved up/down in cursor mode via alt-up/down arrow
JAL-3733 TODO - provide an undo for sequence/group up/down moves

JAL-3676 adding Axis and Castor loggging properties to the help text

JAL-3676 Documentation in Help for Java Console, Logging and Reporting Bugs

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' into merge/JAL_1842+JAL-3509+releases_Release_2_11_1_Branch

report JAL-3127 as known defect (fix targeted for 2.11.2)

JAL-3671 hardwire log4j.root logger to INFO to supress jetty and httpclient log output

JAL-3675 2.11.1.1 java 8 compatible patch for JAL-3615 from feature/JAL-3615gzipXfam

JAL-3718 Added digestonly key to getdown.txt to copy file to alt or release when building, and to be included in the getdown digest.  This key is completely ignored by the getdown-launcher.  Looks in j8/j11digestonly.

JAL-3692 parse multiline CDS location correctly

JAL-3676 Start of documentation in help pages logging.html

JAL-3675 release notes for JAL-3691

Merge branch 'patch/JAL-3691_No_score_models_available' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3675 JAL-3561 documented in release notes

JAL-3675 report JAL-3702 as known defect

Merge branch 'patch/JAL-3561_JAL-3660_fileformatexport_CLI' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3712 fix typos for rebuilding/updating getdown jars and added mention of mvn_cmd in the getdown building help.

JAL-3490 JAL-3675 release notes, update Find dialog image in help and tidy up documentation for 2.11.1.1

Merge branch 'patch/Release_2_11_1_Branch_patch_JAL-3490' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3675 JAL-3597 release notes

Merge branch 'patch/JAL-3597_for_Release_2_11_1_Branch' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3676 More explicit tooltip about resetting log level on Console close. Also clarified code to set initial log level and re-set on close to previously set level.

JAL-3597 Increased heap passmark to <= 45MB and report smallest of failed attempts heap size

JAL-3597 slight tidying of code and Javadoc, passmark now heap <= 38MB

JAL-3597 additional references nulled, bug in test corrected

JAL-3675 brought forward patch to build.gradle for changed main class variable in build.properties

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3676 Removed BACKUPFILESPRESETENTRY logging for opening the file browser. Changed most BACKUPFILES logging from DEBUG to TRACE level. Minor wording changes.

JAL-3675 added JAL-3576 as known defect (colocated features appear in different order when exported/reimported)

JAL-3608 Changes from code review  CR-JAL-236

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-3675 fix issue attribution for JAL-3667 release note line

JAL-3675 update release notes for JAL-3673 and tested merge of additional patch for JAL-2983

JAL-3673 make sure font metrics are updated if dealing with reference sequence font !

Merge branch 'bug/JAL-2983negativeSliderMin' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3371 more fine-grained slider; set Param slider to initial default

JAL-3490 match count independent of contiguous matches count

JAL-3691 toUpperCase(Locale.ROOT) for all standard file format operations

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' into patch/JAL-3691_No_score_models_available

JAL-3628 JAL-3708 call Cache.initLogger() before using Cache.log in static methods with no class-level guarantee logs are initialised

JAL-3691 Changed .toUppoerCase().startsWith(...) to .regionMatches(true,...) as upper-cased 'i' in Turkish is not 'I'.

JAL-3628 init log after loading testProps for each backupfile test

Merge branch 'patch/JAL-3692enaEndpointFlatfile' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3692 unit test updated for ?gzip download endpoint URL

JAL-3692 parse multiline feature qualifiers and escaped quotes

JAL-3675 release notes for JAL-3477, JAL-3667, JAL-3541, JAL-3685, JAL-3676, JAL-3677 and bumped release date for 2.11.1.1 to next Tuesday(ish)

Merge branch 'merge/JAL-3628+JAL-3608+JAL-3609+JAL-3541+Release_2_11_1_Branch' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3477 Improved command line arguments description in memory.html

JAL-3477 Added -help text for jvmmempc and jvmmemmax. Fixed typo and slight rewording in help/memory.html

JAL-3477 added help documentation for executable jar command line arguments -jvmmempc and -jvmmemmax

JAL-3675 report JAL-3701 as known defect

JAL-3675 release notes for JAL-3692

Merge branch 'patch/JAL-3692enaEndpointFlatfile' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3692 fix up test for 2.11.1 series datamodel API

JAL-3692 set CDS /product as EMBLCDSPROTEIN description

JAL-3692 refactor/complete parsing, more unit test coverage

JAL-3692 parse DE for description, and other refactoring...

JAL-3692 URL tests updated

JAL-3692 unit test (J03321), fixes, dbrefs; todo: protein mappings

JAL-3692 EMBL flatfile fetcher / parser (todo: CDS dbrefs and mappings)
 Conflicts:
src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java
src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' into bug/JAL-3509hideResnum

Merge branch 'bug/JAL-2983negativeSliderMin' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3371 JAL-2983 don't modify 'extent' of slider - this is managed by look and feel

JAL-3675 mention -open argument in the command line arguments table

JAL-3675 JAL-3570 JAL-3608 JAL-2983 release notes and docs

JAL-3675 update release note for JAL-2656

JAL-2656 recognise non-HTTP URI input streams as gzipped by detecting the gzip magic header

JAL-2656 recognise Gzipped file input streams by their content, not their filename

JAL-3615 update tests for Rfam/Pfam specific gzip endpoints

JAL-3675 release notes for JAL-3615 and JAL-2656

JAL-2656 JAL-3615 check response headers to test for gzipped url reply

JAL-3615 used gzip endpoints for Pfam and Rfam
redact parent commits related to JalviewJS for 2.11.1.1 patch

Merge branch 'bug/JAL-2983negativeSliderMin' into releases/Release_2_11_1_Branch
Conflict in way transparency slider was inited - followed HEAD's pattern here.

JAL-3675 release notes for JAL-3621

JAL-3621 corrected sequence feature sort and test

JAL-3621 update to intervalstore v1.1