apply gpl development license
authorjprocter <Jim Procter>
Mon, 8 Jun 2009 10:58:52 +0000 (10:58 +0000)
committerjprocter <Jim Procter>
Mon, 8 Jun 2009 10:58:52 +0000 (10:58 +0000)
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+   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+   * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+   * 
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+   * as published by the Free Software Foundation; either version 2
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+   * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+   * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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+   * You should have received a copy of the GNU General Public License
+   * along with this program; if not, write to the Free Software
+   * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
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+   * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+   * \r
+   * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
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+   * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
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+   * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+   * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+   * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
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 <mapping xmlns="http://castor.exolab.org/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"\r
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-       <!-- -->\r
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+       History: Originally created from EMBL_common_V1.0\r
+       Updated on 24th April 2007 for WsDBFetch Service move to EMBL_Services_V1.1.xsd\r
+       -->\r
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@@ -19,8 +35,8 @@
        </class>\r
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-                       <bind-xml location="accession" node="attribute"/>
+               <field name="accession" type="string">\r
+                       <bind-xml location="accession" node="attribute"/>\r
                </field>\r
                <field name="lastUpdated" type="string">\r
                        <bind-xml location="last-updated" node="attribute"/>\r
                <field name="rLastUpdated" type="string">\r
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-               <field name="desc" type="string">
-                       <bind-xml name="description" node="element"/>
+               <field name="desc" type="string">\r
+                       <bind-xml name="description" node="element"/>\r
                </field>\r
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                        <bind-xml name="keyword" node="element"/>\r
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-                       <bind-xml name="feature"/>
+                       <bind-xml name="feature"/>\r
                </field>\r
                <field name="dbRefs" type="jalview.datamodel.DBRefEntry" collection="vector">\r
                        <bind-xml name="dbreference" />\r
@@ -51,7 +67,7 @@
                        <bind-xml name="sequence"/> <!-- location="sequence" node="element"/ -->\r
                </field>\r
        </class>\r
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+       <class name="jalview.datamodel.xdb.embl.EmblSequence">\r
                <map-to xml="sequence"/>\r
                <field name="type" type="string">\r
                        <bind-xml name="type" node="attribute" location="type"/>\r
                </field>\r
                <field name="sequence" type="string">\r
                        <bind-xml node="text"/>\r
-               </field>
+               </field>\r
        </class>\r
        <class name="jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFeature" verify-constructable="false">\r
                <map-to xml="feature"/>\r
-               <field name="name" type="string">
-                       <bind-xml name="name" node="attribute"/>
+               <field name="name" type="string">\r
+                       <bind-xml name="name" node="attribute"/>\r
                </field>\r
-               <field name="dbRefs" type="jalview.datamodel.DBRefEntry" collection="vector">
-                       <bind-xml name="dbreference" node="element"/>
+               <field name="dbRefs" type="jalview.datamodel.DBRefEntry" collection="vector">\r
+                       <bind-xml name="dbreference" node="element"/>\r
                </field>\r
                <field name="qualifiers" type="jalview.datamodel.xdb.embl.Qualifier" collection="vector">\r
                        <bind-xml name="qualifier"/>\r
                        <bind-xml name="secondary" node="attribute"/>\r
                </field>\r
        </class>\r
-       <class  name="jalview.datamodel.xdb.embl.Qualifier" verify-constructable="false">
+       <class  name="jalview.datamodel.xdb.embl.Qualifier" verify-constructable="false">\r
                <map-to xml="Qualifier"/>\r
                <field name="name">\r
                        <bind-xml name="name" node="attribute"/>\r
                        <bind-xml name="basePosition" node="element"/>\r
                </field>\r
        </class>\r
-       <class name="jalview.datamodel.xdb.embl.BasePosition">
+       <class name="jalview.datamodel.xdb.embl.BasePosition">\r
                <map-to xml="basePosition"/>\r
-               <field name="type">
-                       <bind-xml name="type" node="attribute"/>
+               <field name="type">\r
+                       <bind-xml name="type" node="attribute"/>\r
                </field>\r
-               <field name="pos">
+               <field name="pos">\r
                        <bind-xml node="text"/>\r
                </field>\r
        </class>\r
index 0f7ffd5..5664440 100755 (executable)
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+   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+   * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+   * 
+   * This program is free software; you can redistribute it and/or
+   * modify it under the terms of the GNU General Public License
+   * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+   * of the License, or (at your option) any later version.
+   * 
+   * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+   * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+   * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+   * GNU General Public License for more details.
+   * 
+   * You should have received a copy of the GNU General Public License
+   * along with this program; if not, write to the Free Software
+   * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
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+  
+  This program is free software; you can redistribute it and/or
+  modify it under the terms of the GNU General Public License
+  as published by the Free Software Foundation; either version 2
+  of the License, or (at your option) any later version.
+  
+  This program is distributed in the hope that it will be useful,
+  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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+  GNU General Public License for more details.
+  
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index bcc0438..a0a167c 100755 (executable)
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+  Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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+  modify it under the terms of the GNU General Public License
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+  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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+  You should have received a copy of the GNU General Public License
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- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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  * This program is free software; you can redistribute it and/or
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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  * This program is free software; you can redistribute it and/or
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
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- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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index c1c586a..61ad26a 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
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@@ -250,7 +250,6 @@ public class PDBChain
       SequenceFeature sf = new SequenceFeature("RESNUM", tmpat.resName
               + ":" + tmpat.resNumIns + " " + pdbid + id, "", offset
               + count, offset + count, pdbid);
-
       // MCview.PDBChain.PDBFILEFEATURE);
       resFeatures.addElement(sf);
       resAnnotation.addElement(new Annotation(tmpat.tfactor));
@@ -279,6 +278,10 @@ public class PDBChain
                                                                         // resNumber-offset
                                                                         // ~=
                                                                         // seq.size()
+    // Add normalised feature scores to RESNUM indicating start/end of sequence
+    //      sf.setScore(offset+count);
+                                                                           
+                                                                       
     // System.out.println("PDB Sequence is :\nSequence = " + seq);
     // System.out.println("No of residues = " + residues.size());
     for (i = 0, iSize = resFeatures.size(); i < iSize; i++)
index dda04a8..7ce8882 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
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index 4516b96..6e95c89 100755 (executable)
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index 2805a1d..d0d7e7f 100755 (executable)
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index 61ef50b..81cdc00 100755 (executable)
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index ec70fe6..8ed095b 100755 (executable)
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index 5915dca..47a39dc 100755 (executable)
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index c4e1f77..97fe420 100755 (executable)
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index 76a5995..2f4bf33 100755 (executable)
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index c361e8d..02c0042 100755 (executable)
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index 8b15688..34eb879 100755 (executable)
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index ffda7f2..7002f07 100644 (file)
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index 13ba909..915f161 100755 (executable)
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+ * GNU General Public License for more details.
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+ * along with this program; if not, write to the Free Software
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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+ * GNU General Public License for more details.
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
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- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
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- * $Id$\r
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
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+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
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+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
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+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
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+ * GNU General Public License for more details.\r
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+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
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+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
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- * This class was automatically generated with \r
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- * Schema.\r
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
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- * Schema.
- * $Id$
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+ * 
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+ * GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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@@ -1,10 +1,21 @@
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index 3cb65e0..30bb7a2 100755 (executable)
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- * $Id$\r
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+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
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+ * \r
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@@ -1,10 +1,21 @@
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+ * \r
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
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+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
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- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
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- * $Id$\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
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+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
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+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
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+ * GNU General Public License for more details.
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+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
+ */\r
 package jalview.util;\r
 \r
 import java.io.IOException;\r
@@ -20,4 +38,4 @@ public interface jarInputStreamProvider {
    * @return human readable name for datasource used when reporting any problems with it\r
    */\r
   String getFilename();\r
-}
\ No newline at end of file
+}\r
index 8fc49b1..d3c20ba 100644 (file)
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index 7e822aa..87e8bb8 100755 (executable)
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index e3f5664..6c61282 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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index 58f8a8b..b79d525 100644 (file)
@@ -1,10 +1,21 @@
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- * CrossReference.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
+/*\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  */\r
-\r
 package uk.ac.ebi.picr.model;\r
 \r
 public class CrossReference implements java.io.Serializable\r
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@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * CrossReference_Helper.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
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+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  */\r
-\r
 package uk.ac.ebi.picr.model;\r
 \r
 public class CrossReference_Helper\r
index b7ad7a6..166fce1 100644 (file)
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * UPEntry.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
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+ * \r
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
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+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  */\r
-\r
 package uk.ac.ebi.picr.model;\r
 \r
 public class UPEntry implements java.io.Serializable\r
index 579a1b1..9ce6bc9 100644 (file)
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * UPEntry_Helper.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
+/*\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
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+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
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+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  */\r
-\r
 package uk.ac.ebi.picr.model;\r
 \r
 public class UPEntry_Helper\r
index d9e1037..7f006fa 100755 (executable)
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * Data.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
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+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
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+ * 
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ * 
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+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  */
-
 package uk.ac.ebi.www;
 
 public class Data implements java.io.Serializable
index 0284103..a74a9ff 100755 (executable)
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * InputParams.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
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+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  */
-
 package uk.ac.ebi.www;
 
 public class InputParams implements java.io.Serializable
index 0dd62b1..e38525a 100755 (executable)
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * WSFile.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
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+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  */
-
 package uk.ac.ebi.www;
 
 public class WSFile implements java.io.Serializable
index 09d59a4..ba47dd4 100755 (executable)
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * WSWUBlast.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
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+ * 
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  */
-
 package uk.ac.ebi.www;
 
 public interface WSWUBlast extends java.rmi.Remote
index ececb65..87c0d30 100755 (executable)
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * WSWUBlastService.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
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+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  */
-
 package uk.ac.ebi.www;
 
 public interface WSWUBlastService extends javax.xml.rpc.Service
index 6e8fca9..f89d382 100755 (executable)
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * WSWUBlastServiceLocator.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  */
-
 package uk.ac.ebi.www;
 
 public class WSWUBlastServiceLocator extends org.apache.axis.client.Service
index a8157b8..c9f493f 100755 (executable)
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * WSWUBlastSoapBindingStub.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  */
-
 package uk.ac.ebi.www;
 
 public class WSWUBlastSoapBindingStub extends org.apache.axis.client.Stub
index ed401ad..5c18d77 100644 (file)
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * AccessionMapperBindingStub.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
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+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  */\r
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 package uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService;\r
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 public class AccessionMapperBindingStub extends org.apache.axis.client.Stub\r
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@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * AccessionMapperInterface.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  */\r
-\r
 package uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService;\r
 \r
 public interface AccessionMapperInterface extends java.rmi.Remote\r
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@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
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- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
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 \r
 public interface AccessionMapperService extends javax.xml.rpc.Service\r
index debb3c9..68388e2 100644 (file)
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * AccessionMapperServiceLocator.java\r
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- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
+/*\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
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-\r
 package uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService;\r
 \r
 public class AccessionMapperServiceLocator extends\r
index 93d6289..5035a86 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License
index 0eb9256..9072c41 100755 (executable)
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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index f294d51..4c3ad52 100755 (executable)
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index 3b9bb2a..8edad6a 100755 (executable)
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+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
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- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
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index 81d954a..240c4a3 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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  * This program is free software; you can redistribute it and/or
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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  * This program is free software; you can redistribute it and/or
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index 84df25d..50397a6 100755 (executable)
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This program is free software; you can redistribute it and/or
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index 011ebf9..299384e 100755 (executable)
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
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+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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index 1052f69..2e362a7 100755 (executable)
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- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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+   * along with this program; if not, write to the Free Software
+   * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+-->
 <project name="jalviewInstallAnywhere" default="build" basedir=".">
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index 25435f4..3de49e5 100755 (executable)
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