JAL-1925 update source version in license

author Jim Procter <jprocter@issues.jalview.org>

Fri, 16 Oct 2015 06:51:20 +0000 (07:51 +0100)

committer Jim Procter <jprocter@issues.jalview.org>

Fri, 16 Oct 2015 06:51:20 +0000 (07:51 +0100)
author Jim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
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diff --git a/examples/css/ie7.css b/examples/css/ie7.css

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diff --git a/examples/exampleFeatures.txt b/examples/exampleFeatures.txt

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-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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  # 
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diff --git a/examples/groovy/JvLoadTester.groovy b/examples/groovy/JvLoadTester.groovy

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diff --git a/examples/groovy/alignLoadedFile.groovy b/examples/groovy/alignLoadedFile.groovy

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index 414b0d6..85fed0c 100644 (file)
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diff --git a/examples/groovy/iterateOverAlignments.groovy b/examples/groovy/iterateOverAlignments.groovy

index 22d935d..cb46cc8 100644 (file)
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diff --git a/examples/groovy/parseproperties.groovy b/examples/groovy/parseproperties.groovy

index c7842dc..0169385 100644 (file)
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diff --git a/examples/groovy/printtitle.groovy b/examples/groovy/printtitle.groovy

index eb56410..3a7f698 100644 (file)
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  /*
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diff --git a/examples/groovy/removeFeaturesByGroup.groovy b/examples/groovy/removeFeaturesByGroup.groovy

index 10466a3..c57359b 100644 (file)
--- a/examples/groovy/removeFeaturesByGroup.groovy
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  /*
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diff --git a/examples/groovy/selectColumnsByFeatureAndGroup.groovy b/examples/groovy/selectColumnsByFeatureAndGroup.groovy

index 3323d67..7ef0f08 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/examples/groovy/sitesForSelectedColumns.groovy b/examples/groovy/sitesForSelectedColumns.groovy

index 3e72761..808534c 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/examples/groovy/stripUniprotPrefixes.groovy b/examples/groovy/stripUniprotPrefixes.groovy

index e324e18..3b6f5e9 100644 (file)
--- a/examples/groovy/stripUniprotPrefixes.groovy
+++ b/examples/groovy/stripUniprotPrefixes.groovy
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/examples/includes/footer_jv.html b/examples/includes/footer_jv.html

index 584ef35..6277701 100644 (file)
--- a/examples/includes/footer_jv.html
+++ b/examples/includes/footer_jv.html
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/examples/includes/header_jv.html b/examples/includes/header_jv.html

index 7b8b910..51ed9bb 100644 (file)
--- a/examples/includes/header_jv.html
+++ b/examples/includes/header_jv.html
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/examples/includes/nav_jv.html b/examples/includes/nav_jv.html

index cc9fecb..263c7d8 100644 (file)
--- a/examples/includes/nav_jv.html
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/examples/jalviewLiteJs.html b/examples/jalviewLiteJs.html

index 4206ab9..7b345d0 100644 (file)
--- a/examples/jalviewLiteJs.html
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/examples/javascript/jalview.js b/examples/javascript/jalview.js

index d21d42d..6a7133e 100644 (file)
--- a/examples/javascript/jalview.js
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/examples/javascript/jvcontroller.js b/examples/javascript/jvcontroller.js

index 6cb0f1e..608a4b4 100644 (file)
--- a/examples/javascript/jvcontroller.js
+++ b/examples/javascript/jvcontroller.js
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  /**
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diff --git a/examples/javascriptLaunch.html b/examples/javascriptLaunch.html

index fb43c01..25b19df 100644 (file)
--- a/examples/javascriptLaunch.html
+++ b/examples/javascriptLaunch.html
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  <!--
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diff --git a/examples/linkedapplets_ng.html b/examples/linkedapplets_ng.html

index b4db87b..058a1b1 100644 (file)
--- a/examples/linkedapplets_ng.html
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index 434efb4..3a24a61 100755 (executable)
--- a/help/help.hs
+++ b/help/help.hs
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index 151f5e3..9f25e10 100755 (executable)
--- a/help/help.jhm
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  <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1" ?>
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index 6f3b02a..38b479b 100755 (executable)
--- a/help/helpTOC.xml
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index b418153..bb5d930 100644 (file)
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index 6bec7a4..6a14bb1 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/conservation.html
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index 5ae111e..b9113fb 100755 (executable)
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index e8df667..c525f73 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/pca.html
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index 91ff5f8..c321e6b 100755 (executable)
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index 3ca09c4..2be5e80 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/recoverInputdata.html
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index c8d4ef6..350be1c 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/redundancy.html
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index 19d3be2..5e80e2b 100644 (file)
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index 231157a..8452517 100644 (file)
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diff --git a/help/html/calculations/sorting.html b/help/html/calculations/sorting.html

index b04fa5d..9107ada 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/sorting.html
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index e32dd36..d825463 100755 (executable)
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diff --git a/help/html/calculations/tree.html b/help/html/calculations/tree.html

index 2512378..038020f 100755 (executable)
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diff --git a/help/html/calculations/treeviewer.html b/help/html/calculations/treeviewer.html

index 2e3f0a3..9e3863d 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/treeviewer.html
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diff --git a/help/html/colourSchemes/abovePID.html b/help/html/colourSchemes/abovePID.html

index 570640c..c0c351f 100755 (executable)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

index 4e0a137..34d0255 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
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diff --git a/help/html/colourSchemes/blosum.html b/help/html/colourSchemes/blosum.html

index ae59f99..dfd9a4e 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/blosum.html
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diff --git a/help/html/colourSchemes/buried.html b/help/html/colourSchemes/buried.html

index 62fcc6e..34f0c53 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/buried.html
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diff --git a/help/html/colourSchemes/clustal.html b/help/html/colourSchemes/clustal.html

index 685ea99..eab7cfc 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/clustal.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/colourSchemes/conservation.html b/help/html/colourSchemes/conservation.html

index 41484a7..c58d5b7 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/conservation.html
+++ b/help/html/colourSchemes/conservation.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/colourSchemes/helix.html b/help/html/colourSchemes/helix.html

index cd09f21..72f393c 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/helix.html
+++ b/help/html/colourSchemes/helix.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html b/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html

index 4ff8cf3..705c78c 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html
+++ b/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
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diff --git a/help/html/colourSchemes/index.html b/help/html/colourSchemes/index.html

index 07816ec..d77f1cb 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/index.html
+++ b/help/html/colourSchemes/index.html
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diff --git a/help/html/colourSchemes/nucleotide.html b/help/html/colourSchemes/nucleotide.html

index bf00142..6c84c76 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/nucleotide.html
+++ b/help/html/colourSchemes/nucleotide.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/colourSchemes/pid.html b/help/html/colourSchemes/pid.html

index f6e5609..2179626 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/pid.html
+++ b/help/html/colourSchemes/pid.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/colourSchemes/purinepyrimidine.html b/help/html/colourSchemes/purinepyrimidine.html

index ea34e82..822d83b 100644 (file)
--- a/help/html/colourSchemes/purinepyrimidine.html
+++ b/help/html/colourSchemes/purinepyrimidine.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html b/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html

index 6446bee..d87b19e 100644 (file)
--- a/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html
+++ b/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
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diff --git a/help/html/colourSchemes/strand.html b/help/html/colourSchemes/strand.html

index 6b83a81..1c743fd 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/strand.html
+++ b/help/html/colourSchemes/strand.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/colourSchemes/taylor.html b/help/html/colourSchemes/taylor.html

index 0b163c9..e49aa9f 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/taylor.html
+++ b/help/html/colourSchemes/taylor.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/colourSchemes/textcolour.html b/help/html/colourSchemes/textcolour.html

index f908a5a..d165044 100644 (file)
--- a/help/html/colourSchemes/textcolour.html
+++ b/help/html/colourSchemes/textcolour.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/colourSchemes/turn.html b/help/html/colourSchemes/turn.html

index 469551c..3935dab 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/turn.html
+++ b/help/html/colourSchemes/turn.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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--- a/help/html/colourSchemes/user.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index e5d9222..c1e6e03 100755 (executable)
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index 4c3e16b..7543b67 100755 (executable)
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index ac99a0a..04e4ec0 100644 (file)
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index 485466a..823b030 100644 (file)
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index a017414..3e56f7c 100644 (file)
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index 7e6b17a..e012edf 100644 (file)
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index d9a6e10..f03429f 100644 (file)
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index 8740a10..61fd866 100644 (file)
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index 46707a3..a75a3a1 100644 (file)
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index 9e08331..b8fd476 100644 (file)
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index 8bef6f1..d201561 100644 (file)
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index 257d42c..dfc5c50 100755 (executable)
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index d01ce2a..8f8cfc1 100644 (file)
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index e776bf8..882b32f 100755 (executable)
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index 6413c00..df9f872 100644 (file)
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index 493f656..9c96937 100644 (file)
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diff --git a/help/html/features/jalarchive.html b/help/html/features/jalarchive.html

index 7415f3f..56c6957 100755 (executable)
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diff --git a/help/html/features/jmol.html b/help/html/features/jmol.html

index 8a5d938..9a2d2bf 100644 (file)
--- a/help/html/features/jmol.html
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diff --git a/help/html/features/multipleViews.html b/help/html/features/multipleViews.html

index d4cad5f..2e4cddd 100644 (file)
--- a/help/html/features/multipleViews.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/newkeystrokes.html b/help/html/features/newkeystrokes.html

index 96c53e6..08a6aa0 100644 (file)
--- a/help/html/features/newkeystrokes.html
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diff --git a/help/html/features/overview.html b/help/html/features/overview.html

index cbe9d99..49b1757 100755 (executable)
--- a/help/html/features/overview.html
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diff --git a/help/html/features/pdbsequencefetcher.html b/help/html/features/pdbsequencefetcher.html

index 968d40c..7aa559f 100644 (file)
--- a/help/html/features/pdbsequencefetcher.html
+++ b/help/html/features/pdbsequencefetcher.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/pdbviewer.html b/help/html/features/pdbviewer.html

index 1737abe..834cac5 100755 (executable)
--- a/help/html/features/pdbviewer.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/preferences.html b/help/html/features/preferences.html

index 95a43f7..2b86ff8 100755 (executable)
--- a/help/html/features/preferences.html
+++ b/help/html/features/preferences.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/search.html b/help/html/features/search.html

index 174a2be..9db1142 100755 (executable)
--- a/help/html/features/search.html
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diff --git a/help/html/features/seqfeatures.html b/help/html/features/seqfeatures.html

index b5e644f..7c43426 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfeatures.html
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diff --git a/help/html/features/seqfetch.html b/help/html/features/seqfetch.html

index 519430c..71cbfe5 100755 (executable)
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diff --git a/help/html/features/seqmappings.html b/help/html/features/seqmappings.html

index 0f723c2..8737399 100644 (file)
--- a/help/html/features/seqmappings.html
+++ b/help/html/features/seqmappings.html
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diff --git a/help/html/features/splitView.html b/help/html/features/splitView.html

index be1cea9..62b483c 100644 (file)
--- a/help/html/features/splitView.html
+++ b/help/html/features/splitView.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/structurechooser.html b/help/html/features/structurechooser.html

index a3fffa8..902bcdb 100644 (file)
--- a/help/html/features/structurechooser.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/varna.html b/help/html/features/varna.html

index ad3ed08..99a2736 100644 (file)
--- a/help/html/features/varna.html
+++ b/help/html/features/varna.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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diff --git a/help/html/features/viewingpdbs.html b/help/html/features/viewingpdbs.html

index 45cf447..a4633b5 100755 (executable)
--- a/help/html/features/viewingpdbs.html
+++ b/help/html/features/viewingpdbs.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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index 5d9a3cc..9ca1545 100755 (executable)
--- a/help/html/features/wrap.html
+++ b/help/html/features/wrap.html
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index 52e78c8..d4a6c04 100644 (file)
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index 2d499e5..851d60e 100755 (executable)
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index 11a15c8..2be9204 100755 (executable)
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index 0a58e84..ecc8aae 100644 (file)
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index bdef417..49c332b 100755 (executable)
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index a6e52a9..811d3f5 100755 (executable)
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index afc87da..ec8b39c 100755 (executable)
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index 5250887..fef0749 100644 (file)
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index 1ec4dfc..bd947a4 100755 (executable)
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index 58c7459..288bd39 100755 (executable)
--- a/help/html/memory.html
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index 406d56e..37c8b19 100755 (executable)
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index a736049..4fa31f0 100755 (executable)
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index ec8e385..57639da 100755 (executable)
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index 6d854b8..e91aa66 100755 (executable)
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index afbb0b1..bb9c0ca 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwcolour.html
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index 334706a..e3cc98e 100755 (executable)
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index 9d54abb..ae10bfe 100755 (executable)
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diff --git a/help/html/menus/alwformat.html b/help/html/menus/alwformat.html

index 7159e52..e484c12 100644 (file)
--- a/help/html/menus/alwformat.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index 82e76ff..166d9f1 100644 (file)
--- a/help/html/menus/alwselect.html
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index fc21bbd..d6cd10f 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwview.html
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index 8a2fce7..cae8d4b 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/desktopMenu.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index 8807036..8d69395 100755 (executable)
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+++ b/help/html/menus/index.html
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diff --git a/help/html/menus/popupMenu.html b/help/html/menus/popupMenu.html

index 799f3f7..6290d6d 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/popupMenu.html
+++ b/help/html/menus/popupMenu.html
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diff --git a/help/html/menus/wsmenu.html b/help/html/menus/wsmenu.html

index 312fece..17e70ff 100755 (executable)
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+++ b/help/html/menus/wsmenu.html
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diff --git a/help/html/misc/aaproperties.html b/help/html/misc/aaproperties.html

index dd5e232..03c5855 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/aaproperties.html
+++ b/help/html/misc/aaproperties.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/misc/aminoAcids.html b/help/html/misc/aminoAcids.html

index 036cf92..fc08ab5 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/aminoAcids.html
+++ b/help/html/misc/aminoAcids.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/misc/geneticCode.html b/help/html/misc/geneticCode.html

index dc34e00..b645759 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/geneticCode.html
+++ b/help/html/misc/geneticCode.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/na/index.html b/help/html/na/index.html

index 01159f8..05454d8 100644 (file)
--- a/help/html/na/index.html
+++ b/help/html/na/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/privacy.html b/help/html/privacy.html

index e2be895..5b2b54e 100644 (file)
--- a/help/html/privacy.html
+++ b/help/html/privacy.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/releases.html b/help/html/releases.html

index 50350c9..ff4ca94 100755 (executable)
--- a/help/html/releases.html
+++ b/help/html/releases.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/vamsas/index.html b/help/html/vamsas/index.html

index d7755c6..8341ed9 100644 (file)
--- a/help/html/vamsas/index.html
+++ b/help/html/vamsas/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/webServices/AACon.html b/help/html/webServices/AACon.html

index 07bba54..9503f9b 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/AACon.html
+++ b/help/html/webServices/AACon.html
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diff --git a/help/html/webServices/JABAWS.html b/help/html/webServices/JABAWS.html

index b30346d..ac2bb41 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/JABAWS.html
+++ b/help/html/webServices/JABAWS.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/webServices/RNAalifold.html b/help/html/webServices/RNAalifold.html

index 7678136..99d59e6 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/RNAalifold.html
+++ b/help/html/webServices/RNAalifold.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
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diff --git a/help/html/webServices/dbreffetcher.html b/help/html/webServices/dbreffetcher.html

index 5b05391..ba9120c 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/dbreffetcher.html
+++ b/help/html/webServices/dbreffetcher.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
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diff --git a/help/html/webServices/index.html b/help/html/webServices/index.html

index 95a1d47..2435cb0 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/index.html
+++ b/help/html/webServices/index.html
@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
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diff --git a/help/html/webServices/jnet.html b/help/html/webServices/jnet.html

index 6bd3f11..5c3e237 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/jnet.html
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diff --git a/help/html/webServices/msaclient.html b/help/html/webServices/msaclient.html

index b62a484..2564459 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/webServices/newsreader.html b/help/html/webServices/newsreader.html

index 128ac86..58ec812 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/newsreader.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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  <!--
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diff --git a/help/html/webServices/proteinDisorder.html b/help/html/webServices/proteinDisorder.html

index be1045b..53c0822 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/proteinDisorder.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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  <!--
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diff --git a/help/html/webServices/shmr.html b/help/html/webServices/shmr.html

index 714f77b..7de70c6 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/shmr.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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  <!--
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diff --git a/help/html/webServices/urllinks.html b/help/html/webServices/urllinks.html

index cc35b0b..56728c2 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/urllinks.html
+++ b/help/html/webServices/urllinks.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
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diff --git a/help/html/webServices/webServicesParams.html b/help/html/webServices/webServicesParams.html

index 1c99a98..d4d9229 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/webServicesParams.html
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/help/html/webServices/webServicesPrefs.html b/help/html/webServices/webServicesPrefs.html

index 3a39871..203ff02 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/webServicesPrefs.html
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@@ -1,5 +1,5 @@
  <!--
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diff --git a/help/html/whatsNew.html b/help/html/whatsNew.html

index 840b095..d8ae02d 100755 (executable)
--- a/help/html/whatsNew.html
+++ b/help/html/whatsNew.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
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diff --git a/jalview-jalopy.xml b/jalview-jalopy.xml

index 1ace883..556dd60 100755 (executable)
--- a/jalview-jalopy.xml
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  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
  <!--
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diff --git a/nbbuild.xml b/nbbuild.xml

index 0c63653..aec13ec 100644 (file)
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diff --git a/nbproject/project.xml b/nbproject/project.xml

index 8cb5a49..d1b4c5e 100644 (file)
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diff --git a/resources/embl_mapping.xml b/resources/embl_mapping.xml

index a98c6f9..12e25be 100644 (file)
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diff --git a/resources/uniprot_mapping.xml b/resources/uniprot_mapping.xml

index ebe8e9c..18d1212 100755 (executable)
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  <!--
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diff --git a/schemas/JalviewWsParamSet.xsd b/schemas/JalviewWsParamSet.xsd

index 95c4ade..fe952e5 100644 (file)
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diff --git a/schemas/castor-mapping.xsd b/schemas/castor-mapping.xsd

index 77d6a78..0f6ba02 100644 (file)
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diff --git a/schemas/jalview.nodesc.properties b/schemas/jalview.nodesc.properties

index 75ee421..906cd7f 100644 (file)
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  ##
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diff --git a/schemas/jalview.properties b/schemas/jalview.properties

index 26c8910..a358de4 100644 (file)
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  ##
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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diff --git a/schemas/jalview.xsd b/schemas/jalview.xsd

index 7e995dd..32da27d 100755 (executable)
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diff --git a/schemas/jalviewJvV1.xsd b/schemas/jalviewJvV1.xsd

index e693533..57e7667 100644 (file)
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+++ b/schemas/jalviewJvV1.xsd
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/schemas/vamsas.xsd b/schemas/vamsas.xsd

index 1de0918..e3c71d1 100755 (executable)
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index fa9697c..cd9bf8f 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/MCview/AppletPDBCanvas.java b/src/MCview/AppletPDBCanvas.java

index 515e5c4..a75df88 100644 (file)
--- a/src/MCview/AppletPDBCanvas.java
+++ b/src/MCview/AppletPDBCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/MCview/AppletPDBViewer.java b/src/MCview/AppletPDBViewer.java

index 0cfe3bd..be49ed6 100644 (file)
--- a/src/MCview/AppletPDBViewer.java
+++ b/src/MCview/AppletPDBViewer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/MCview/Atom.java b/src/MCview/Atom.java

index 7847ccd..9275238 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Atom.java
+++ b/src/MCview/Atom.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/MCview/Bond.java b/src/MCview/Bond.java

index 70ebc27..195d3c7 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Bond.java
+++ b/src/MCview/Bond.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/MCview/MCMatrix.java b/src/MCview/MCMatrix.java

index a9018c7..5818093 100755 (executable)
--- a/src/MCview/MCMatrix.java
+++ b/src/MCview/MCMatrix.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/MCview/PDBCanvas.java b/src/MCview/PDBCanvas.java

index 472d791..88fbd35 100644 (file)
--- a/src/MCview/PDBCanvas.java
+++ b/src/MCview/PDBCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/MCview/PDBChain.java b/src/MCview/PDBChain.java

index 379eb91..a3505c7 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBChain.java
+++ b/src/MCview/PDBChain.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/MCview/PDBViewer.java b/src/MCview/PDBViewer.java

index 8d454e7..a2248f4 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBViewer.java
+++ b/src/MCview/PDBViewer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/MCview/PDBfile.java b/src/MCview/PDBfile.java

index 61f10eb..bba8c8f 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBfile.java
+++ b/src/MCview/PDBfile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/MCview/Residue.java b/src/MCview/Residue.java

index d38faa2..66ae7ac 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Residue.java
+++ b/src/MCview/Residue.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/MCview/Zsort.java b/src/MCview/Zsort.java

index d57ee55..419cb9c 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Zsort.java
+++ b/src/MCview/Zsort.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/castor.properties b/src/castor.properties

index cb955db..ac3b4c1 100644 (file)
--- a/src/castor.properties
+++ b/src/castor.properties
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/IRegistry.java b/src/ext/vamsas/IRegistry.java

index d88da24..f42ddba 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistry.java
+++ b/src/ext/vamsas/IRegistry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/IRegistryService.java b/src/ext/vamsas/IRegistryService.java

index 24092a3..03fd2e7 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistryService.java
+++ b/src/ext/vamsas/IRegistryService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java

index ec6814b..4cd830a 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 2880fb0..88a61f7 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/Jpred.java
+++ b/src/ext/vamsas/Jpred.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index dd02dff..2cb7362 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/JpredService.java
+++ b/src/ext/vamsas/JpredService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java

index d14f3d2..19fcaf1 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 601552d..6749272 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index b21757b..939b205 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWS.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 677d394..f5e8340 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 11b5fe2..ecfbdd0 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 0cfb957..c901d83 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java
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diff --git a/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java

index 751912c..7dfc904 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 5232bc2..6fd5038 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java

index 168342e..f2510d4 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java

index 3829498..0401d11 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java
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index de7c0da..c36e462 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java
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diff --git a/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java b/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java

index ce1d229..ebc19d2 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java b/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java

index e667683..158d7c1 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java
+++ b/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/AAFrequency.java b/src/jalview/analysis/AAFrequency.java

index d94befb..d232e7b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AAFrequency.java
+++ b/src/jalview/analysis/AAFrequency.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/AlignSeq.java b/src/jalview/analysis/AlignSeq.java

index f2f7ea9..f8bde60 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AlignSeq.java
+++ b/src/jalview/analysis/AlignSeq.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/AlignmentAnnotationUtils.java b/src/jalview/analysis/AlignmentAnnotationUtils.java

index 3954f8d..9a49ba4 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/AlignmentAnnotationUtils.java
+++ b/src/jalview/analysis/AlignmentAnnotationUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java b/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java

index 103fbf0..ad8dd4a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java
+++ b/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java b/src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java

index 707c2f0..f2262fb 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
+++ b/src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/AnnotationSorter.java b/src/jalview/analysis/AnnotationSorter.java

index 9e35330..2a45b8b 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/AnnotationSorter.java
+++ b/src/jalview/analysis/AnnotationSorter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/CodingUtils.java b/src/jalview/analysis/CodingUtils.java

index be47b02..1154b8a 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/CodingUtils.java
+++ b/src/jalview/analysis/CodingUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/CodonComparator.java b/src/jalview/analysis/CodonComparator.java

index 84b1556..707a25a 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/CodonComparator.java
+++ b/src/jalview/analysis/CodonComparator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/Conservation.java b/src/jalview/analysis/Conservation.java

index d868959..e77a67a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/Conservation.java
+++ b/src/jalview/analysis/Conservation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/CrossRef.java b/src/jalview/analysis/CrossRef.java

index 946a774..11e5187 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/CrossRef.java
+++ b/src/jalview/analysis/CrossRef.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/Dna.java b/src/jalview/analysis/Dna.java

index 810290b..779d2e7 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Dna.java
+++ b/src/jalview/analysis/Dna.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/Finder.java b/src/jalview/analysis/Finder.java

index 9b41b97..2484fac 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Finder.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/Grouping.java b/src/jalview/analysis/Grouping.java

index b01c815..f74b5d8 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Grouping.java
+++ b/src/jalview/analysis/Grouping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/NJTree.java b/src/jalview/analysis/NJTree.java

index ace9540..4b73267 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/NJTree.java
+++ b/src/jalview/analysis/NJTree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/PCA.java b/src/jalview/analysis/PCA.java

index 7ad8fbc..fb74029 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/PCA.java
+++ b/src/jalview/analysis/PCA.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/ParseProperties.java b/src/jalview/analysis/ParseProperties.java

index c580c77..d7e2eb5 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/ParseProperties.java
+++ b/src/jalview/analysis/ParseProperties.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/Rna.java b/src/jalview/analysis/Rna.java

index ca85782..466e6c6 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Rna.java
+++ b/src/jalview/analysis/Rna.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/SecStrConsensus.java b/src/jalview/analysis/SecStrConsensus.java

index 6489bae..8a2ab75 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/SecStrConsensus.java
+++ b/src/jalview/analysis/SecStrConsensus.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java b/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java

index 437ea98..d9df6f8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java
+++ b/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java b/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java

index a51f2f2..78d5529 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java
+++ b/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/analysis/StructureFrequency.java b/src/jalview/analysis/StructureFrequency.java

index 4bfcd2b..991fe5e 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/StructureFrequency.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/WUSSParseException.java b/src/jalview/analysis/WUSSParseException.java

index f5b22fd..fc40785 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/WUSSParseException.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModel.java b/src/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModel.java

index 947640d..f547dc8 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModel.java
+++ b/src/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/scoremodels/PIDScoreModel.java b/src/jalview/analysis/scoremodels/PIDScoreModel.java

index ff75e2e..97459ab 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/scoremodels/PIDScoreModel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseSeqScoreModel.java b/src/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseSeqScoreModel.java

index 28eaeb6..7d75125 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseSeqScoreModel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 6d9a059..0d8f36a 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/scoremodels/SWScoreModel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 0529198..fedf12e 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignCalcManagerI.java
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index 6ddd782..e00c07d 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignCalcWorkerI.java
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index cc09965..b5c5730 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignExportSettingI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 768e78d..06882a8 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignViewControllerGuiI.java
+++ b/src/jalview/api/AlignViewControllerGuiI.java
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index 5e3cfca..9f91eda 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 6bad826..ace7ddb 100644 (file)
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index 2f2c2f4..a0d669a 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 1a5ab5b..1fe0807 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/BuildDetailsI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index a4201e7..860dfb0 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index d2175e1..70c1e07 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/FeatureRenderer.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 413da9c..24f3d84 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/FeatureSettingsControllerI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index f85a709..13afac2 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/FeatureSettingsModelI.java
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index 0c5028e..6c6c3e3 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/FeaturesDisplayedI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 609b081..717d209 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/OOMHandlerI.java
+++ b/src/jalview/api/OOMHandlerI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index d96ae93..868b051 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/RotatableCanvasI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/api/SequenceRenderer.java b/src/jalview/api/SequenceRenderer.java

index 687f2d8..cf870ac 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/SequenceRenderer.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java b/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java

index cbdbbe0..5e5f7c6 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/api/SplitContainerI.java b/src/jalview/api/SplitContainerI.java

index e890aea..6a67be6 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/SplitContainerI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.java b/src/jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.java

index 40189cb..699b393 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.java
+++ b/src/jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/api/ViewStyleI.java b/src/jalview/api/ViewStyleI.java

index ef2fc71..3fbaa06 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/ViewStyleI.java
+++ b/src/jalview/api/ViewStyleI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/api/analysis/ScoreModelI.java b/src/jalview/api/analysis/ScoreModelI.java

index 21193e1..fb5a78e 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/analysis/ScoreModelI.java
+++ b/src/jalview/api/analysis/ScoreModelI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/api/analysis/ViewBasedAnalysisI.java b/src/jalview/api/analysis/ViewBasedAnalysisI.java

index d0cbddc..5f766ca 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/analysis/ViewBasedAnalysisI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/api/structures/JalviewStructureDisplayI.java b/src/jalview/api/structures/JalviewStructureDisplayI.java

index 159ceeb..7152152 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/structures/JalviewStructureDisplayI.java
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diff --git a/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java b/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

index 7379e80..8c758b3 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
+++ b/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

index 3f0d736..50fe3a7 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java b/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java

index ef09b97..729096b 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

index a677401..0f83843 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java

index f979e62..ec609a7 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationColumnChooser.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationColumnChooser.java

index 9067656..b342a83 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationColumnChooser.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationColumnChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

index e066d0a..b6b2b0d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

index 4974abe..4b1baff 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.java

index 97cfa47..b8e6bcb 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java b/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

index f29ae77..d894a47 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java b/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

index 6c30eed..55617a9 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

index 4a33e50..cbd3b34 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 1bb1535..6fbf843 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java
+++ b/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java b/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java

index fdd7d46..092faff 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java
+++ b/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 3e1f1b4..1a23f01 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java
+++ b/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index eb573db..27539b8 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java
+++ b/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 690b55e..4d6afbb 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java
+++ b/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java b/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java

index b4e8dd9..1dce936 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/Finder.java b/src/jalview/appletgui/Finder.java

index a163e3e..a371edd 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/appletgui/FontChooser.java b/src/jalview/appletgui/FontChooser.java

index f9cdf86..bd98657 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/FontChooser.java
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diff --git a/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java b/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

index 94cca88..5c6e510 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index cf260b9..dbf6f38 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdPanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 589bbae..978668d 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 261f1c2..dc6ad8b 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index b92229f..dcdadf5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 59b37fd..0d607c0 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 15af882..f78557d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index d25cf7f..6e3a00e 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8e014fa..34f3009 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 52e7b67..2526953 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 60fb365..4776db1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java b/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

index aec6e94..13f8d7f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java b/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

index 97830a3..e5a495c 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java b/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

index 29e51c5..0470f83 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java b/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

index d506e5f..eeca4cc 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/SplitFrame.java b/src/jalview/appletgui/SplitFrame.java

index 9b58659..374d8e5 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/SplitFrame.java
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index 8502453..8494167 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/TitledPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/TitledPanel.java
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diff --git a/src/jalview/appletgui/Tooltip.java b/src/jalview/appletgui/Tooltip.java

index a1a9888..31a3c37 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/Tooltip.java
+++ b/src/jalview/appletgui/Tooltip.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 4326b6a..47b85d1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java
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index 2e0edfd..33a55f4 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/TreePanel.java
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index d4ba9e5..ccb7932 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 3445cc9..2adfd21 100644 (file)
--- a/src/jalview/bin/BuildDetails.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index ca01027..f0b422f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/Cache.java
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index fcee9e1..3c69464 100755 (executable)
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index 8e14d3b..f3a5d7c 100644 (file)
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index 6a1287a..01d5973 100644 (file)
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index 7509fde..ccbd89c 100644 (file)
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index f6d3b46..bbc114d 100644 (file)
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index 8513e0d..e080fec 100644 (file)
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index 9299bcf..a42854d 100644 (file)
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index 6e3814f..21028b9 100644 (file)
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index 11481c8..d61d0c0 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 5b2557f..8863305 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/ASequence.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 64cba1e..a06ec30 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/ASequenceI.java
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index f88d5a6..9accf06 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignedCodon.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 05492e8..1d34d41 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/Alignment.java b/src/jalview/datamodel/Alignment.java

index ef961d0..75f5164 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Alignment.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Alignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index c140aa1..f36a5c4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 4a94997..3c24922 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentExportData.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentExportData.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index fccbea9..6024556 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java

index 67fc2c3..5f11152 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java

index e7c9316..fe8b3a7 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.java b/src/jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.java

index 7ebdd7f..a264b8c 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 63ef590..f163e40 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Annotation.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Annotation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java b/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java

index 6ee6efd..8728803 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java
+++ b/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java b/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

index ceecb74..fccd84c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarArray.java b/src/jalview/datamodel/CigarArray.java

index c13b32c..6209946 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarArray.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarBase.java b/src/jalview/datamodel/CigarBase.java

index 420a95e..b6379ac 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarBase.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarBase.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java b/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

index a94013b..b4a1cb9 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java b/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java

index e618679..4fdf244 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java b/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java

index 8559df9..c072cae 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index c5b29bc..b36748d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 499179b..af6b74b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index c6e8ce3..ea762ff 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java
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index a3d5b77..5b96525 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index db3e64c..8642f5a 100755 (executable)
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index 9fce1e4..ba55b5f 100644 (file)
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index e585457..7f2c24c 100644 (file)
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index c31bd27..ed75afb 100644 (file)
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index 5ba9ee5..24ffa0c 100755 (executable)
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index afbea73..ebc04e4 100644 (file)
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index 629edb7..d7d9ec9 100755 (executable)
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index b4e0d71..92ed603 100644 (file)
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index 4506742..8b089a2 100755 (executable)
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index 0ed0e3b..afd4094 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 480cf1b..0054ad8 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java b/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

index cd26506..4043f38 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index cda2af1..7c8fea3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
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index 92a8657..ff2bf3b 100755 (executable)
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index 13f4eb9..e3cc0c0 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index a21209a..e229af7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 5396f1f..44430a8 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/StructureViewerModel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java b/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java

index e9bf221..43c742d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index c922d20..13763d0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java b/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java

index b04c8fa..544abda 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java b/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java

index a4551ce..cca8b7e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java

index fa0f36a..f86d414 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

index 27aee24..a1bf452 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java

index 802dd2f..6542c23 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java

index 935cc0b..f5f2fc3 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java

index 639cde6..fdff2d8 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java

index 6859d61..9fc9cc9 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java

index 90e70a0..54aab8b 100644 (file)
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index 04d4f87..f75d41a 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java

index 87a45de..acd5f57 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/exceptions/JalviewException.java b/src/jalview/exceptions/JalviewException.java

index 8b05e16..fc5182a 100644 (file)
--- a/src/jalview/exceptions/JalviewException.java
+++ b/src/jalview/exceptions/JalviewException.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/exceptions/NoFileSelectedException.java b/src/jalview/exceptions/NoFileSelectedException.java

index d03e219..cd7bc6c 100644 (file)
--- a/src/jalview/exceptions/NoFileSelectedException.java
+++ b/src/jalview/exceptions/NoFileSelectedException.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index d9b4d70..94b10d8 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
+++ b/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java b/src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java

index 333a422..2348488 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java
+++ b/src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmol.java b/src/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmol.java

index dccc9a4..8171f9d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmol.java
+++ b/src/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmol.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 8b74d59..b34f89f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/paradise/Annotate3D.java
+++ b/src/jalview/ext/paradise/Annotate3D.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 0aa48ac..9ed4a15 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommands.java
+++ b/src/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommands.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 95a5b76..3c2e917 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraListener.java
+++ b/src/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 7cd657a..e5934bf 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java
+++ b/src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 3a1602b..6d219e4 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.java
+++ b/src/jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ext/varna/RnaModel.java b/src/jalview/ext/varna/RnaModel.java

index c772ca0..1bb1b22 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/varna/RnaModel.java
+++ b/src/jalview/ext/varna/RnaModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java b/src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java

index 6a12712..75afcbd 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java
+++ b/src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AlignExportSettings.java b/src/jalview/gui/AlignExportSettings.java

index 4ed4518..7981388 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AlignExportSettings.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignExportSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AlignFrame.java b/src/jalview/gui/AlignFrame.java

index a83438c..63e6787 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AlignFrame.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AlignViewport.java b/src/jalview/gui/AlignViewport.java

index aca89a3..be7129d 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AlignViewport.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignViewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

index 9e9f1c1..3031cd5 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationChooser.java b/src/jalview/gui/AnnotationChooser.java

index dc8ab4e..8be059a 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java b/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

index 0c3bbcb..5e80cfe 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationColumnChooser.java b/src/jalview/gui/AnnotationColumnChooser.java

index 32f3ccd..3ecc850 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationColumnChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationColumnChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java b/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

index 4623892..eacf152 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java b/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

index d637414..eb8dd29 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java b/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

index 671d964..919b2fd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationRowFilter.java b/src/jalview/gui/AnnotationRowFilter.java

index a64b43b..909f91a 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationRowFilter.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationRowFilter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AppJmol.java b/src/jalview/gui/AppJmol.java

index a34749d..c5273dd 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppJmol.java
+++ b/src/jalview/gui/AppJmol.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java b/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

index 8d1d9bf..1ca01b1 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java
+++ b/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AppVarna.java b/src/jalview/gui/AppVarna.java

index 038de29..4da5af2 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppVarna.java
+++ b/src/jalview/gui/AppVarna.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java b/src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

index 0a3685e..88fc38f 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java
+++ b/src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java b/src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

index bbeabde..f4bae70 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java
+++ b/src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/BlogReader.java b/src/jalview/gui/BlogReader.java

index 2fd6dd5..c611dad 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/BlogReader.java
+++ b/src/jalview/gui/BlogReader.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java b/src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java

index 2339636..6edacd7 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java
+++ b/src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/Console.java b/src/jalview/gui/Console.java

index f0ef2f3..d8cf817 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Console.java
+++ b/src/jalview/gui/Console.java
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diff --git a/src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java b/src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java

index 596f0b6..5c72161 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java
+++ b/src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

index bfe030d..e9478d9 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index dea528d..eaf0ac3 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
+++ b/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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index e51f9be..516c33f 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Desktop.java
+++ b/src/jalview/gui/Desktop.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index c920373..25772a1 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/EPSOptions.java
+++ b/src/jalview/gui/EPSOptions.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 1e6b38d..c5caeb3 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/EditNameDialog.java
+++ b/src/jalview/gui/EditNameDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java b/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java

index 8ea2a3b..18b781d 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java b/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

index e3ea9cf..63d87af 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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index 8d1c812..935d9c6 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index d417136..fe26e94 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Finder.java
+++ b/src/jalview/gui/Finder.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 78b4ff5..4fa9180 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index e73a01e..7f566eb 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/HTMLOptions.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index e201636..3dbc83d 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Help.java
+++ b/src/jalview/gui/Help.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 6ca5a07..7d54ca5 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 78ce757..1ef41df 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 2265235..dbfbdc5 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index d425354..316203e 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 27eb7ee..1c4ab57 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/JDatabaseTree.java b/src/jalview/gui/JDatabaseTree.java

index 1826407..0720d50 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JDatabaseTree.java
+++ b/src/jalview/gui/JDatabaseTree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/Jalview2XML.java b/src/jalview/gui/Jalview2XML.java

index f8dd2fe..6fea041 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Jalview2XML.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 903208a..9182a83 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/JalviewAppender.java b/src/jalview/gui/JalviewAppender.java

index 8ee2d8b..511aca0 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewAppender.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 3e11e94..cd32eb6 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index cdc0b91..d0a69cf 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java
+++ b/src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/JalviewDialog.java b/src/jalview/gui/JalviewDialog.java

index beee74f..aa1e798 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewDialog.java
+++ b/src/jalview/gui/JalviewDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java b/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java

index b5dc5c0..541028a 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
+++ b/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/MenuChooser.java b/src/jalview/gui/MenuChooser.java

index 24c295f..dd89515 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/MenuChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/MenuChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/OOMWarning.java b/src/jalview/gui/OOMWarning.java

index 9549233..6d9b6db 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/OOMWarning.java
+++ b/src/jalview/gui/OOMWarning.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java b/src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java

index 6f9e4b1..a74fd25 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java
+++ b/src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/OptsParametersContainerI.java b/src/jalview/gui/OptsParametersContainerI.java

index 6925397..388bc18 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/OptsParametersContainerI.java
+++ b/src/jalview/gui/OptsParametersContainerI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/OverviewPanel.java b/src/jalview/gui/OverviewPanel.java

index a0fcf55..1abca34 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/OverviewPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/OverviewPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/PCAPanel.java b/src/jalview/gui/PCAPanel.java

index 5ad4901..14aa588 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/PCAPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/PCAPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/PaintRefresher.java b/src/jalview/gui/PaintRefresher.java

index 3b0b95b..d3be0f2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PaintRefresher.java
+++ b/src/jalview/gui/PaintRefresher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

index ee89737..c989599 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/PopupMenu.java b/src/jalview/gui/PopupMenu.java

index 9b206bd..2bf5933 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/PopupMenu.java
+++ b/src/jalview/gui/PopupMenu.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/Preferences.java b/src/jalview/gui/Preferences.java

index bcef6cc..93988b5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Preferences.java
+++ b/src/jalview/gui/Preferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/ProgressBar.java b/src/jalview/gui/ProgressBar.java

index 1d499ee..9702f4a 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/ProgressBar.java
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diff --git a/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java b/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java

index 0e9f0e4..5911b38 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java
+++ b/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java b/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

index 69a7ec1..18a1edd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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diff --git a/src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java b/src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java

index 71b4e3e..3f4f29c 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java
+++ b/src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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diff --git a/src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java b/src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java

index eabcafa..640b0f0 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java
+++ b/src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java b/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java

index 092080e..89f597a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/SVGOptions.java b/src/jalview/gui/SVGOptions.java

index 0ab6c26..0a8c871 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/SVGOptions.java
+++ b/src/jalview/gui/SVGOptions.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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diff --git a/src/jalview/gui/ScalePanel.java b/src/jalview/gui/ScalePanel.java

index d8793ee..af28140 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/ScalePanel.java
+++ b/src/jalview/gui/ScalePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java

index 7c221b8..571b593 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/SeqPanel.java b/src/jalview/gui/SeqPanel.java

index d1fb7dc..02b2078 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java b/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

index 1b1e765..f8d3734 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java b/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

index 0641f7e..3489349 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java
+++ b/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/SliderPanel.java b/src/jalview/gui/SliderPanel.java

index 8e1ae7a..880af94 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SliderPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SliderPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/SplashScreen.java b/src/jalview/gui/SplashScreen.java

index c133971..00801a7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SplashScreen.java
+++ b/src/jalview/gui/SplashScreen.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/SplitFrame.java b/src/jalview/gui/SplitFrame.java

index 2929a00..f3d852c 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/SplitFrame.java
+++ b/src/jalview/gui/SplitFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/StructureViewer.java b/src/jalview/gui/StructureViewer.java

index 9a13b5e..fa0e91f 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/StructureViewer.java
+++ b/src/jalview/gui/StructureViewer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/StructureViewerBase.java b/src/jalview/gui/StructureViewerBase.java

index aeac87b..0f37310 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/StructureViewerBase.java
+++ b/src/jalview/gui/StructureViewerBase.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java

index e7a182f..df37d23 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java

index 8c8f77b..8fdb7ca 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/TreePanel.java b/src/jalview/gui/TreePanel.java

index 44f9fef..e9242a5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/TreePanel.java
+++ b/src/jalview/gui/TreePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java b/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

index 1a824df..995becf 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java b/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java

index c6ed5c5..eba5bdb 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/VamsasApplication.java b/src/jalview/gui/VamsasApplication.java

index 20a622d..8ade00d 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/VamsasApplication.java
+++ b/src/jalview/gui/VamsasApplication.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/ViewSelectionMenu.java b/src/jalview/gui/ViewSelectionMenu.java

index 089d521..75fe193 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/ViewSelectionMenu.java
+++ b/src/jalview/gui/ViewSelectionMenu.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java b/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java

index e3e7cd6..8c22153 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java
+++ b/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/WsJobParameters.java b/src/jalview/gui/WsJobParameters.java

index 79fa122..6f878e3 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WsJobParameters.java
+++ b/src/jalview/gui/WsJobParameters.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java b/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java

index ae796f3..0be609c 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java
+++ b/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/WsPreferences.java b/src/jalview/gui/WsPreferences.java

index 2023407..0e94d4b 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WsPreferences.java
+++ b/src/jalview/gui/WsPreferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/httpserver/AbstractRequestHandler.java b/src/jalview/httpserver/AbstractRequestHandler.java

index 4063206..6f0c9f2 100644 (file)
--- a/src/jalview/httpserver/AbstractRequestHandler.java
+++ b/src/jalview/httpserver/AbstractRequestHandler.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/httpserver/HttpServer.java b/src/jalview/httpserver/HttpServer.java

index 83f1519..3d903f8 100644 (file)
--- a/src/jalview/httpserver/HttpServer.java
+++ b/src/jalview/httpserver/HttpServer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/AMSAFile.java b/src/jalview/io/AMSAFile.java

index 8614a7f..b76e04a 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/AMSAFile.java
+++ b/src/jalview/io/AMSAFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/AlignFile.java b/src/jalview/io/AlignFile.java

index 26932ac..bf1481a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AlignFile.java
+++ b/src/jalview/io/AlignFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 2283ad8..a7dcba0 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/AlignmentProperties.java
+++ b/src/jalview/io/AlignmentProperties.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/AnnotationFile.java b/src/jalview/io/AnnotationFile.java

index 11fe96a..167f6d1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AnnotationFile.java
+++ b/src/jalview/io/AnnotationFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java b/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

index 2f436e4..8d0e202 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
+++ b/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/BLCFile.java b/src/jalview/io/BLCFile.java

index ce95236..0d6df8f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/BLCFile.java
+++ b/src/jalview/io/BLCFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/BioJsHTMLOutput.java b/src/jalview/io/BioJsHTMLOutput.java

index a1679c3..8f16566 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/BioJsHTMLOutput.java
+++ b/src/jalview/io/BioJsHTMLOutput.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/ClansFile.java b/src/jalview/io/ClansFile.java

index bd2f4bf..3f10773 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/ClansFile.java
+++ b/src/jalview/io/ClansFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 41fe12b..aec1a5d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/ClustalFile.java
+++ b/src/jalview/io/ClustalFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 909e552..bc0105a 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/DBRefFile.java
+++ b/src/jalview/io/DBRefFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 7585758..e36fcbd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FastaFile.java
+++ b/src/jalview/io/FastaFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 2fef2ae..788cad8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FeaturesFile.java
+++ b/src/jalview/io/FeaturesFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index ce01843..c387186 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FileLoader.java
+++ b/src/jalview/io/FileLoader.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index a630490..0675bad 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FileParse.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8e5e706..182f2f4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FormatAdapter.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8896873..1085fc9 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/Gff3File.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 653adb5..ee1243e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/HTMLOutput.java
+++ b/src/jalview/io/HTMLOutput.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 73d30dc..6673446 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/HtmlFile.java
+++ b/src/jalview/io/HtmlFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 9f5f511..6058cf5 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/HtmlSvgOutput.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index b062e5d..9e2a4e6 100755 (executable)
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index 9bd98a7..4f05f07 100644 (file)
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index 591c37c..3908bc4 100755 (executable)
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index 9402562..7fdd827 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java b/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java

index 0bdd705..d5a205e 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index add280e..3b73ba3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileView.java b/src/jalview/io/JalviewFileView.java

index 5d4c224..ae7612b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileView.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileView.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index a6779a6..d15e733 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java
+++ b/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 47a1151..b3cdfe8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/MSFfile.java
+++ b/src/jalview/io/MSFfile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index ae922e9..a7ad1f3 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/MatrixFile.java
+++ b/src/jalview/io/MatrixFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index a24afff..42c51c3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/ModellerDescription.java
+++ b/src/jalview/io/ModellerDescription.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/NewickFile.java b/src/jalview/io/NewickFile.java

index 93bd27d..f5e20a3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/NewickFile.java
+++ b/src/jalview/io/NewickFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/PIRFile.java b/src/jalview/io/PIRFile.java

index 449a3c2..1a70a36 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PIRFile.java
+++ b/src/jalview/io/PIRFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/PfamFile.java b/src/jalview/io/PfamFile.java

index f0946df..1f92d57 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PfamFile.java
+++ b/src/jalview/io/PfamFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/PhylipFile.java b/src/jalview/io/PhylipFile.java

index f48f1c6..fcab79d 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/PhylipFile.java
+++ b/src/jalview/io/PhylipFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/PileUpfile.java b/src/jalview/io/PileUpfile.java

index c8ad2fa..6f7ccc2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PileUpfile.java
+++ b/src/jalview/io/PileUpfile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/RnamlFile.java b/src/jalview/io/RnamlFile.java

index 0cd51fc..fb72bca 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/RnamlFile.java
+++ b/src/jalview/io/RnamlFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java b/src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java

index ffc0be3..e41b386 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
+++ b/src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java b/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java

index 4fa0972..b59a4b5 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java
+++ b/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/StockholmFile.java b/src/jalview/io/StockholmFile.java

index 2f5263b..733879e 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/StockholmFile.java
+++ b/src/jalview/io/StockholmFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java b/src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java

index ae023dc..97de459 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java
+++ b/src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java b/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java

index 4e22498..9d99084 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java
+++ b/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java b/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

index d94d021..abfd1b2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java
+++ b/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/packed/DataProvider.java b/src/jalview/io/packed/DataProvider.java

index 3902b0e..fdf5dc6 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/packed/DataProvider.java
+++ b/src/jalview/io/packed/DataProvider.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java b/src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java

index ad5bb24..013fb35 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java
+++ b/src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java b/src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java

index 1141b71..6d7e903 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java
+++ b/src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java b/src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java

index 38a5be9..2003b08 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java
+++ b/src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java b/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java

index 0b36610..1aae4b4 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java

index de82beb..786b2bc 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java

index b68a726..bea38a1 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java b/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java

index 1d82760..2a95ca1 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java b/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java

index 0290abf..4994ff5 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 39359d4..21c2902 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8888c1c..b613aa1 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 92306ea..07d6141 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Tree.java b/src/jalview/io/vamsas/Tree.java

index c321ad1..cd382f3 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Tree.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Tree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/javascript/JSFunctionExec.java b/src/jalview/javascript/JSFunctionExec.java

index 26c7d39..1b8a176 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/JSFunctionExec.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 6d8ad0a..44b1bc6 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/JalviewLiteJsApi.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/javascript/JsCallBack.java b/src/jalview/javascript/JsCallBack.java

index a723ec2..d2c4aa8 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/JsCallBack.java
+++ b/src/jalview/javascript/JsCallBack.java
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diff --git a/src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java b/src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java

index 57da5b4..497a6b9 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java
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diff --git a/src/jalview/javascript/MouseOverListener.java b/src/jalview/javascript/MouseOverListener.java

index 2b228da..5b6eeb8 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/MouseOverListener.java
+++ b/src/jalview/javascript/MouseOverListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index e25f47c..9104ac1 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java
+++ b/src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 282055b..203e1c9 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignExportSettings.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GAlignExportSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 2a77a57..c99d894 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index a6217b9..5cbdeb7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 14f5c73..5a0a698 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteHtmlTransfer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteHtmlTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index f1c8e12..6a25653 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index c2b1421..765a09c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GDesktop.java b/src/jalview/jbgui/GDesktop.java

index 9602b64..ae731f2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GDesktop.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GDesktop.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GFinder.java b/src/jalview/jbgui/GFinder.java

index 8e025ea..92f5055 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GFinder.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GFinder.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java b/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java

index fe55c96..b3f4242 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java b/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java

index e52635c..67eb3c1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java

index e658c19..ce77f34 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GPreferences.java b/src/jalview/jbgui/GPreferences.java

index b3939f6..e0fda82 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPreferences.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPreferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java b/src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java

index dbf1224..972c485 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java b/src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java

index 7651b73..3127827 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java b/src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java

index f4595a8..986bc43 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java b/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java

index 86a3a48..473d723 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java b/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java

index eedf92b..94df81c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 26a404b..2ae335c 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GSplitFrame.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GSplitFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java b/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java

index 8c1bcb0..56481ac 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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index 9b6e6a5..8656a7d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 7947fcc..d60ee77 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 5f78579..d215307 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index de2bb5e..6e8ad6a 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/jbgui/PDBDocFieldPreferences.java b/src/jalview/jbgui/PDBDocFieldPreferences.java

index e65f1ad..5861780 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/PDBDocFieldPreferences.java
+++ b/src/jalview/jbgui/PDBDocFieldPreferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/json/binding/biojs/BioJSReleasePojo.java b/src/jalview/json/binding/biojs/BioJSReleasePojo.java

index 56098c7..257b923 100644 (file)
--- a/src/jalview/json/binding/biojs/BioJSReleasePojo.java
+++ b/src/jalview/json/binding/biojs/BioJSReleasePojo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 3b2fe9a..68440f1 100644 (file)
--- a/src/jalview/json/binding/biojs/BioJSRepositoryPojo.java
+++ b/src/jalview/json/binding/biojs/BioJSRepositoryPojo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 9435265..af4a976 100644 (file)
--- a/src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentAnnotationPojo.java
+++ b/src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentAnnotationPojo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index ccf529e..5197064 100644 (file)
--- a/src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentPojo.java
+++ b/src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentPojo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 77b4b53..75cd737 100644 (file)
--- a/src/jalview/json/binding/biojson/v1/AnnotationPojo.java
+++ b/src/jalview/json/binding/biojson/v1/AnnotationPojo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index a87356e..15f6571 100644 (file)
--- a/src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceFeaturesPojo.java
+++ b/src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceFeaturesPojo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 3861adb..c321186 100644 (file)
--- a/src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceGrpPojo.java
+++ b/src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceGrpPojo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index bc1d118..69943e5 100644 (file)
--- a/src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.java
+++ b/src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/math/AlignmentDimension.java b/src/jalview/math/AlignmentDimension.java

index 894c4bb..a001d7a 100644 (file)
--- a/src/jalview/math/AlignmentDimension.java
+++ b/src/jalview/math/AlignmentDimension.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/math/Matrix.java b/src/jalview/math/Matrix.java

index 4a1571b..b9c514a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/math/Matrix.java
+++ b/src/jalview/math/Matrix.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/math/RotatableMatrix.java b/src/jalview/math/RotatableMatrix.java

index 99f0c87..358c865 100755 (executable)
--- a/src/jalview/math/RotatableMatrix.java
+++ b/src/jalview/math/RotatableMatrix.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java b/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

index bc47fc6..c1b1ab2 100644 (file)
--- a/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
+++ b/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java b/src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java

index 3e83b37..02a44f6 100644 (file)
--- a/src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java
+++ b/src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 56c5c07..4d00014 100644 (file)
--- a/src/jalview/renderer/seqfeatures/FeatureRenderer.java
+++ b/src/jalview/renderer/seqfeatures/FeatureRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/rest/RestHandler.java b/src/jalview/rest/RestHandler.java

index 0e84b9a..70b1edf 100644 (file)
--- a/src/jalview/rest/RestHandler.java
+++ b/src/jalview/rest/RestHandler.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 4f92d18..5f1c886 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
+++ b/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index fda5647..0172701 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8e610cc..758618e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 71e30fb..c2264f1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java b/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java

index 44a1974..e4b40a8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java
+++ b/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java b/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

index 4f7f12d..c3fb674 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
+++ b/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/Consensus.java b/src/jalview/schemes/Consensus.java

index 1dc541e..e225eca 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/Consensus.java
+++ b/src/jalview/schemes/Consensus.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java b/src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java

index 6a81abe..cae3be3 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/FollowerColourScheme.java b/src/jalview/schemes/FollowerColourScheme.java

index cdcc6e0..d9fed3c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/FollowerColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/FollowerColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java b/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java

index 367e989..f0a98a7 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java
+++ b/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java b/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java

index 323c05b..d767659 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java b/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java

index 5e3dd44..7b7ef62 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java b/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

index 1bd3132..67c939e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java b/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

index 47358da..18d7b21 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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diff --git a/src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java b/src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java

index bda6123..877afad 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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diff --git a/src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java b/src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java

index 85cbb42..cc7f5ca 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java
+++ b/src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java b/src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java

index e5e551b..ce9d9e6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java
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diff --git a/src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java b/src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java

index ee8fa54..491d3ea 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java
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diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

index c2cd8d7..a908cfa 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

index a6a7e09..aee524c 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

index a99bc1c..919335d 100755 (executable)
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index 20b4b77..e5f1d12 100644 (file)
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index 14320aa..a3cbecf 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.java

index 31d2b35..c9e1889 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java

index 11742d7..6ce391f 100755 (executable)
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index 0983d52..7ac8bc6 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java b/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java

index edde29b..c7cb536 100755 (executable)
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index 24bebfd..5e14c6d 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/structure/AlignmentViewPanelListener.java b/src/jalview/structure/AlignmentViewPanelListener.java

index 9b03d15..9f6ee7c 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/AlignmentViewPanelListener.java
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diff --git a/src/jalview/structure/AtomSpec.java b/src/jalview/structure/AtomSpec.java

index bdb83e2..54c57da 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/structure/CommandListener.java b/src/jalview/structure/CommandListener.java

index 2a0a6bc..bdbe7b0 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/structure/SecondaryStructureListener.java b/src/jalview/structure/SecondaryStructureListener.java

index b8edb21..df1a2e1 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/structure/SelectionListener.java b/src/jalview/structure/SelectionListener.java

index b3b656c..286969e 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/structure/SelectionSource.java b/src/jalview/structure/SelectionSource.java

index 88c731f..45a938b 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SelectionSource.java
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diff --git a/src/jalview/structure/SequenceListener.java b/src/jalview/structure/SequenceListener.java

index d895598..6f670b8 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SequenceListener.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/structure/StructureListener.java b/src/jalview/structure/StructureListener.java

index 6b6a185..8055d24 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureListener.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/structure/StructureMapping.java b/src/jalview/structure/StructureMapping.java

index 06a67ff..c8e04a8 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureMapping.java
+++ b/src/jalview/structure/StructureMapping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/structure/StructureMappingcommandSet.java b/src/jalview/structure/StructureMappingcommandSet.java

index 4aeb55e..64a7ed0 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureMappingcommandSet.java
+++ b/src/jalview/structure/StructureMappingcommandSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java b/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java

index 74cab59..688762f 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java
+++ b/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/structure/VamsasListener.java b/src/jalview/structure/VamsasListener.java

index eabd2b9..41aa824 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/VamsasListener.java
+++ b/src/jalview/structure/VamsasListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/structure/VamsasSource.java b/src/jalview/structure/VamsasSource.java

index 52096b8..73cb056 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/VamsasSource.java
+++ b/src/jalview/structure/VamsasSource.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/structures/models/AAStructureBindingModel.java b/src/jalview/structures/models/AAStructureBindingModel.java

index aa3d778..cea6b0e 100644 (file)
--- a/src/jalview/structures/models/AAStructureBindingModel.java
+++ b/src/jalview/structures/models/AAStructureBindingModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 2e53873..83c4f60 100644 (file)
--- a/src/jalview/structures/models/SequenceStructureBindingModel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/AWTConsole.java b/src/jalview/util/AWTConsole.java

index 7089c0f..5f6ece1 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/AWTConsole.java
+++ b/src/jalview/util/AWTConsole.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/BrowserLauncher.java b/src/jalview/util/BrowserLauncher.java

index 1da860b..2404cb6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/BrowserLauncher.java
+++ b/src/jalview/util/BrowserLauncher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/ColorUtils.java b/src/jalview/util/ColorUtils.java

index a39ae7c..586be6e 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/ColorUtils.java
+++ b/src/jalview/util/ColorUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/Comparison.java b/src/jalview/util/Comparison.java

index 8c643cd..997fb1f 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/Comparison.java
+++ b/src/jalview/util/Comparison.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/DBRefUtils.java b/src/jalview/util/DBRefUtils.java

index da836ad..94bc5da 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/DBRefUtils.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/Format.java b/src/jalview/util/Format.java

index f8eb389..1cb57f0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/Format.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/GroupUrlLink.java b/src/jalview/util/GroupUrlLink.java

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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/ImageMaker.java b/src/jalview/util/ImageMaker.java

index 3fdc3c1..731de63 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/ImageMaker.java
+++ b/src/jalview/util/ImageMaker.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/MapList.java b/src/jalview/util/MapList.java

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index 216f864..e99ddb0 100755 (executable)
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index 34941e4..9b050ef 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/viewmodel/annotationfilter/AnnotationFilterParameter.java b/src/jalview/viewmodel/annotationfilter/AnnotationFilterParameter.java

index fa56cb5..b93d133 100644 (file)
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index 2e79577..698c31e 100644 (file)
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index ed867f3..7a2ffe3 100644 (file)
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index 7d923dd..944f88e 100644 (file)
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index f54d91c..c15dba7 100644 (file)
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index 475da30..8a1c4f5 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java b/src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java

index 570af09..5dd656a 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/workers/ComplementConsensusThread.java b/src/jalview/workers/ComplementConsensusThread.java

index fef76ed..81983b2 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/workers/ConsensusThread.java b/src/jalview/workers/ConsensusThread.java

index dd0f228..4539cce 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/ConsensusThread.java
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diff --git a/src/jalview/workers/ConservationThread.java b/src/jalview/workers/ConservationThread.java

index c0b901e..20568bf 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/ConservationThread.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java b/src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java

index cc4172f..9694b37 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java
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diff --git a/src/jalview/ws/AWSThread.java b/src/jalview/ws/AWSThread.java

index 2074f9f..4f3b575 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/AWSThread.java
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diff --git a/src/jalview/ws/AWsJob.java b/src/jalview/ws/AWsJob.java

index e461d16..0b560bf 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/AWsJob.java
+++ b/src/jalview/ws/AWsJob.java
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diff --git a/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java b/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java

index 353f40e..a2526a9 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java
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diff --git a/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java b/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java

index c1db0b1..f76a42e 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/HttpClientUtils.java b/src/jalview/ws/HttpClientUtils.java

index 421f000..4f25e39 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/JobStateSummary.java b/src/jalview/ws/JobStateSummary.java

index 11008c2..3166068 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/JobStateSummary.java
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diff --git a/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java b/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

index 34e1fb4..cb44a37 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/WSClient.java b/src/jalview/ws/WSClient.java

index bf4b9b9..80a917d 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/ws/WSClientI.java b/src/jalview/ws/WSClientI.java

index bc609dd..283c055 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/WSClientI.java
+++ b/src/jalview/ws/WSClientI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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diff --git a/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java b/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java

index 09b3ccf..134a63d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java
+++ b/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java b/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java

index 4b5a386..d89a3b7 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

index 383f2ae..1321de1 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

index b8ff08f..525622b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java

index 997cc20..e99206f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

index 22930a6..ba5450f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index d21aacb..16b3f55 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/PDBRestClient.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index dcea063..e783950 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java
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index 4cc7120..f79274a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java
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index a0b480f..a07c90e 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java
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index f1394ad..e39fe31 100644 (file)
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index 48877cc..35d8c7c 100644 (file)
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index bddcc0c..a214d51 100644 (file)
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index ff8d26f..e1993dd 100644 (file)
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index c2efee7..f3c821d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8863e81..10f4a8d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 344f548..a45fbeb 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Xfam.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/api/DasSourceRegistryI.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/api/DasSourceRegistryI.java

index 06e1d78..742b51e 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/api/DasSourceRegistryI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 378a6ab..5392dea 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/api/jalviewSourceI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 168082e..c0ec972 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSequenceSource.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSequenceSource.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 9e0a2bb..8d5579f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSourceRegistry.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSourceRegistry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index c30b688..64a1095 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 3c9e6b4..7b78028 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java
+++ b/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 6015362..5d970f7 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/io/mime/HttpContentHandler.java
+++ b/src/jalview/ws/io/mime/HttpContentHandler.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java b/src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java

index b13ab5b..5306a50 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java
+++ b/src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java b/src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java

index de9b24a..3e7407f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java
+++ b/src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java b/src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java

index cf228d6..a17fe63 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java b/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java

index 13d3cd1..8aeaa33 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java
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diff --git a/src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java b/src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java

index 9190db3..38226dc 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java b/src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java

index 30f9272..1e48c06 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java b/src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java

index 6d471fc..64df82e 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java b/src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java

index 17fccca..91c69c2 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java b/src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java

index 1f3495e..c7897d6 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 0ff2913..9fd2be0 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 600eafd..ebd08c3 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index e729f58..d4a91f9 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index c3cff59..cb31dc1 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/WSJob.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/WSJob.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java b/src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java

index ef810de..b025a80 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 65620cc..d4581de 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/AADisorderClient.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java b/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java

index b4b103a..5facce2 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 1cc6361..b726f66 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/AbstractJabaCalcWorker.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/AbstractJabaCalcWorker.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 0189cf9..a6be4f8 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JPred301Client.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JPred301Client.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 558d891..1cd5204 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index e3ac85a..3ee070c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java b/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java

index 7dc5c2e..a4ae7ca 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java
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index b47f9b0..1fdb3ac 100644 (file)
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index 1fc85ad..484eae6 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabawsCalcWorker.java
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index 6d29f40..94531ef 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabawsMsaInterfaceAlignCalcWorker.java
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index 724dc26..e55c473 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 76f9689..8002e88 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java
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index 152adad..eee55ad 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java
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index d72ea5f..0ab38c7 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java
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index b55a28c..c5df94b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index b613a5b..65ec0c3 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/RNAalifoldClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/RNAalifoldClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index c51cea9..e7e5a6f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index fd89a4c..96dc122 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 9d63444..3e9e6bc 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java

index 8bd3805..1c51620 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java

index a752b7a..919730f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java

index 3cab582..8d47f6f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java b/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java

index b5fdf3b..60edfe6 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java b/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java

index 1bc1d63..abe3bde 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java b/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java

index 9bf60b5..29c7de6 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java b/src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java

index 296db95..c9fbc2e 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java
+++ b/src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java b/src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java

index 7b3d20c..fc1ae47 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java
+++ b/src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/params/OptionI.java b/src/jalview/ws/params/OptionI.java

index 6492702..414b4ee 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/OptionI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/OptionI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java b/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java

index c481f44..2e499ef 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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diff --git a/src/jalview/ws/params/ParamManager.java b/src/jalview/ws/params/ParamManager.java

index 0000f60..20905de 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ParamManager.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ParamManager.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/params/ParameterI.java b/src/jalview/ws/params/ParameterI.java

index 044d3ef..3e92886 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ParameterI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ParameterI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java b/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java

index 2c855ed..a0e0ef3 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java b/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java

index b7b40c0..b9c8685 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java b/src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java

index db43eb8..d6078d9 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java b/src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java

index e014732..c446b64 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/Option.java b/src/jalview/ws/params/simple/Option.java

index 74c3d04..2dd319a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/Option.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/Option.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java b/src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java

index 06cae9a..b934d21 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java b/src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java

index 91d24e0..8103b2e 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java b/src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java

index 2ff5022..8b4117e 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java b/src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java

index 6e7fe00..8fdbcda 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/rest/InputType.java b/src/jalview/ws/rest/InputType.java

index 59b4cfc..fff318e 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/InputType.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/InputType.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java b/src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java

index ef16bb2..e1c21d4 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/rest/RestClient.java b/src/jalview/ws/rest/RestClient.java

index 03918a8..3235e76 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/RestClient.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/RestClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/rest/RestJob.java b/src/jalview/ws/rest/RestJob.java

index bb8fb72..b77f216 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/RestJob.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/RestJob.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java b/src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java

index cbbfd07..dafb701 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java b/src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java

index 311a922..eab718a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java b/src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java

index f8319fc..0aee4cd 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index a8bf2d1..ad62e45 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 9a7e610..b772ce0 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/JobConstant.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/JobConstant.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index af96fea..823b907 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index c125b64..e738516 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java b/src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java

index e9842ef..5cf15e1 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/Tree.java b/src/jalview/ws/rest/params/Tree.java

index 8f33db8..13007f7 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/Tree.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/Tree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java

index ba94139..4798e49 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java

index ee6bb2a..a18739d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java

index 10aa578..47cf1ff 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/uimodel/AlignAnalysisUIText.java b/src/jalview/ws/uimodel/AlignAnalysisUIText.java

index 4cc8375..0b9c9a3 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/uimodel/AlignAnalysisUIText.java
+++ b/src/jalview/ws/uimodel/AlignAnalysisUIText.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/org/jibble/epsgraphics/EpsDocument.java b/src/org/jibble/epsgraphics/EpsDocument.java

index d137bcf..ccfbcca 100755 (executable)
--- a/src/org/jibble/epsgraphics/EpsDocument.java
+++ b/src/org/jibble/epsgraphics/EpsDocument.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/org/jibble/epsgraphics/EpsException.java b/src/org/jibble/epsgraphics/EpsException.java

index a708909..71e3fbd 100755 (executable)
--- a/src/org/jibble/epsgraphics/EpsException.java
+++ b/src/org/jibble/epsgraphics/EpsException.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/org/jibble/epsgraphics/EpsGraphics2D.java b/src/org/jibble/epsgraphics/EpsGraphics2D.java

index 1f297b0..541cb54 100755 (executable)
--- a/src/org/jibble/epsgraphics/EpsGraphics2D.java
+++ b/src/org/jibble/epsgraphics/EpsGraphics2D.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java

index d041c43..1d1f78a 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java

index d37aea9..aa11d79 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java

index 679e869..b40ee17 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 4aefb6f..2e26cfd 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 257ca66..104c0a6 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/Data.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/Data.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index c7bcc6b..965f90d 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index a29822a..e9cffd7 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index a724a70..750f522 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 56f9826..9bc5dba 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 70a14e6..4f61f04 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 3199e97..dd8334a 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index aa13d25..0b4a0f2 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 21bc5f9..5696de8 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index dc6abe7..5ce0914 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 5629529..3f624f8 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 97c88b3..a3b2e59 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/IMsaWS.java
+++ b/src/vamsas/IMsaWS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 1ed69a4..207ec00 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index caf0d3f..967bf03 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index dccbc3b..5201e48 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index b47f44e..4f1701d 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index ebb4449..9e8b389 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 128cd25..4db5406 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 1f153d4..9502a09 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8022645..e4a0e4d 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index f7b6234..413cb2f 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Object.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Object.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 065bb04..4d8c701 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index ced280e..2434716 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Result.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Result.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 0cd1f19..5829b69 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index f72dcb7..95fc7bf 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 37c393b..1327308 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java

index 3cecb44..d1c8527 100644 (file)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 09afa5b..a17aea8 100644 (file)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index abf5af4..66fc2c5 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java

index 311e7fb..322ee75 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java

index e0f2698..f1ad6f2 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index a5bba17..f8a0e74 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java

index 22fa555..e067409 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java

index bed2a48..e4f5559 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/test/MCview/AtomTest.java b/test/MCview/AtomTest.java

index 560b1a1..9028e9e 100644 (file)
--- a/test/MCview/AtomTest.java
+++ b/test/MCview/AtomTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/test/MCview/BondTest.java b/test/MCview/BondTest.java

index 1f5ae81..eea58a7 100644 (file)
--- a/test/MCview/BondTest.java
+++ b/test/MCview/BondTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/test/MCview/PDBChainTest.java b/test/MCview/PDBChainTest.java

index ce020c9..58b1704 100644 (file)
--- a/test/MCview/PDBChainTest.java
+++ b/test/MCview/PDBChainTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/MCview/PDBfileTest.java b/test/MCview/PDBfileTest.java

index 9427cd2..2ac1c6e 100644 (file)
--- a/test/MCview/PDBfileTest.java
+++ b/test/MCview/PDBfileTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/test/MCview/ResidueTest.java b/test/MCview/ResidueTest.java

index a7a7ce1..e50267f 100644 (file)
--- a/test/MCview/ResidueTest.java
+++ b/test/MCview/ResidueTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/analysis/AAFrequencyTest.java b/test/jalview/analysis/AAFrequencyTest.java

index 94a04a6..b3e02ee 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/AAFrequencyTest.java
+++ b/test/jalview/analysis/AAFrequencyTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 5c4cb08..127f514 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/AlignSeqTest.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 4692fe4..b85138b 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/AlignmentAnnotationUtilsTest.java
+++ b/test/jalview/analysis/AlignmentAnnotationUtilsTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java b/test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java

index 4b74032..b13f991 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java
+++ b/test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 243b0e4..01513c2 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/AnnotationSorterTest.java
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diff --git a/test/jalview/analysis/CodingUtilsTest.java b/test/jalview/analysis/CodingUtilsTest.java

index a4ac65a..16f48de 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/CodingUtilsTest.java
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diff --git a/test/jalview/analysis/CrossRefTest.java b/test/jalview/analysis/CrossRefTest.java

index 38fc59f..35c2927 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/analysis/DnaAlignmentGenerator.java b/test/jalview/analysis/DnaAlignmentGenerator.java

index 7290b43..e83d5d3 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/DnaAlignmentGenerator.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/analysis/DnaTest.java b/test/jalview/analysis/DnaTest.java

index ae4d461..17617db 100644 (file)
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diff --git a/test/jalview/analysis/GroupingTest.java b/test/jalview/analysis/GroupingTest.java

index 6e1a620..7e5b92f 100644 (file)
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diff --git a/test/jalview/analysis/ParsePropertiesTest.java b/test/jalview/analysis/ParsePropertiesTest.java

index 2d7d54c..69b88a9 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/analysis/RnaTest.java b/test/jalview/analysis/RnaTest.java

index dc738b3..a2db5e2 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java b/test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java

index 07aff4b..54a5757 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModelTest.java b/test/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModelTest.java

index df5502e..3b8277b 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModelTest.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/bin/CommandLineOperations.java b/test/jalview/bin/CommandLineOperations.java

index 0670327..70a70de 100644 (file)
--- a/test/jalview/bin/CommandLineOperations.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/commands/EditCommandTest.java b/test/jalview/commands/EditCommandTest.java

index fe67e5f..00a759e 100644 (file)
--- a/test/jalview/commands/EditCommandTest.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/datamodel/AlignedCodonFrameTest.java b/test/jalview/datamodel/AlignedCodonFrameTest.java

index 0b1a7f5..2baf03a 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/AlignedCodonFrameTest.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index d2cebaa..113cb2a 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/AlignedCodonIteratorTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/AlignedCodonIteratorTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 898bab3..fbd6116 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/AlignedCodonTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/AlignedCodonTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index d5e9d03..4981db6 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/AlignmentAnnotationTests.java
+++ b/test/jalview/datamodel/AlignmentAnnotationTests.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/datamodel/AlignmentTest.java b/test/jalview/datamodel/AlignmentTest.java

index da73c50..6db6def 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/AlignmentTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/AlignmentTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/datamodel/AlignmentViewTest.java b/test/jalview/datamodel/AlignmentViewTest.java

index 7cb502c..4cd3b38 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/AlignmentViewTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/AlignmentViewTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/datamodel/ColumnSelectionTest.java b/test/jalview/datamodel/ColumnSelectionTest.java

index bf2df26..568a2e6 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/ColumnSelectionTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/ColumnSelectionTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/datamodel/DBRefEntryTest.java b/test/jalview/datamodel/DBRefEntryTest.java

index cca6bcf..3a19075 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/DBRefEntryTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/DBRefEntryTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/datamodel/MappingTest.java b/test/jalview/datamodel/MappingTest.java

index a295017..722cffc 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/MappingTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/MappingTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/datamodel/MatchTest.java b/test/jalview/datamodel/MatchTest.java

index 48cbb11..de27256 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/MatchTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/MatchTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/datamodel/PDBEntryTest.java b/test/jalview/datamodel/PDBEntryTest.java

index 0f32fbb..f09703d 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/PDBEntryTest.java
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diff --git a/test/jalview/datamodel/SearchResultsTest.java b/test/jalview/datamodel/SearchResultsTest.java

index e21fe69..72f78f5 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/SearchResultsTest.java
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diff --git a/test/jalview/datamodel/SeqCigarTest.java b/test/jalview/datamodel/SeqCigarTest.java

index c51a080..535a308 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/SeqCigarTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/SeqCigarTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/datamodel/SequenceDummyTest.java b/test/jalview/datamodel/SequenceDummyTest.java

index ab0e55a..f3961ce 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/SequenceDummyTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/SequenceDummyTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/test/jalview/datamodel/SequenceTest.java b/test/jalview/datamodel/SequenceTest.java

index e3d3fc0..24d9193 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/SequenceTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/SequenceTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index ca61c9c..fa0c5b6 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFileTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFileTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 22d2e72..0a7713a 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/jmol/JmolViewerTest.java
+++ b/test/jalview/ext/jmol/JmolViewerTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 76f617f..3e602df 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java
+++ b/test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index e2b6e0f..1c7761b 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java
+++ b/test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 8269a47..43600db 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/rbvi/chimera/AllTests.java
+++ b/test/jalview/ext/rbvi/chimera/AllTests.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index c3ac7e4..505dbad 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommandsTest.java
+++ b/test/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommandsTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 6040757..8527523 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraConnect.java
+++ b/test/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraConnect.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 2e6b35d..5c67d62 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraView.java
+++ b/test/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraView.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 2052dfa..da3e5fc 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/AlignViewportTest.java
+++ b/test/jalview/gui/AlignViewportTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/gui/AnnotationChooserTest.java b/test/jalview/gui/AnnotationChooserTest.java

index 371252f..87b27a2 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/AnnotationChooserTest.java
+++ b/test/jalview/gui/AnnotationChooserTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/gui/AppVarnaTest.java b/test/jalview/gui/AppVarnaTest.java

index a326b6a..b803161 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/AppVarnaTest.java
+++ b/test/jalview/gui/AppVarnaTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/gui/FontChooserTest.java b/test/jalview/gui/FontChooserTest.java

index 4bfa7ea..873ead5 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/FontChooserTest.java
+++ b/test/jalview/gui/FontChooserTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/gui/HelpTest.java b/test/jalview/gui/HelpTest.java

index bfc3c5a..c3ae0e4 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/HelpTest.java
+++ b/test/jalview/gui/HelpTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/gui/JAL1353bugdemo.java b/test/jalview/gui/JAL1353bugdemo.java

index f325f81..4e73c71 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/JAL1353bugdemo.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/gui/JvSwingUtilsTest.java b/test/jalview/gui/JvSwingUtilsTest.java

index fc186e5..8a8cba2 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/JvSwingUtilsTest.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/gui/PDBSearchPanelTest.java b/test/jalview/gui/PDBSearchPanelTest.java

index 8a48dd5..86abd08 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/PDBSearchPanelTest.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 6c22aa1..fc7cbd7 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/PaintRefresherTest.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/gui/PopupMenuTest.java b/test/jalview/gui/PopupMenuTest.java

index 073d398..3fbb67a 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/PopupMenuTest.java
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index b9eaf19..ae531fc 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/ProgressBarTest.java
+++ b/test/jalview/gui/ProgressBarTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 0c2009d..8aafd6e 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/SequenceRendererTest.java
+++ b/test/jalview/gui/SequenceRendererTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/gui/StructureChooserTest.java b/test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

index 121765e..8080195 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/StructureChooserTest.java
+++ b/test/jalview/gui/StructureChooserTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/AnnotatedPDBFileInputTest.java b/test/jalview/io/AnnotatedPDBFileInputTest.java

index 899a990..c0251b6 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/AnnotatedPDBFileInputTest.java
+++ b/test/jalview/io/AnnotatedPDBFileInputTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java b/test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java

index d457fdc..b156c9c 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java
+++ b/test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java b/test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java

index 45519bc..5c776f6 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java
+++ b/test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/FileIOTester.java b/test/jalview/io/FileIOTester.java

index c1488e8..349606c 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/FileIOTester.java
+++ b/test/jalview/io/FileIOTester.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/Gff3tests.java b/test/jalview/io/Gff3tests.java

index 0011d34..486e0d2 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/Gff3tests.java
+++ b/test/jalview/io/Gff3tests.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/HtmlFileTest.java b/test/jalview/io/HtmlFileTest.java

index 2f70410..bffed21 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/HtmlFileTest.java
+++ b/test/jalview/io/HtmlFileTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/IdentifyFileTest.java b/test/jalview/io/IdentifyFileTest.java

index 801d205..22284a4 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/IdentifyFileTest.java
+++ b/test/jalview/io/IdentifyFileTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/JSONFileTest.java b/test/jalview/io/JSONFileTest.java

index 6e4458e..6099e68 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/JSONFileTest.java
+++ b/test/jalview/io/JSONFileTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java b/test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

index 77d497f..4ed4269 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java
+++ b/test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/JalviewExportPropertiesTests.java b/test/jalview/io/JalviewExportPropertiesTests.java

index 4ea85f4..5088821 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/JalviewExportPropertiesTests.java
+++ b/test/jalview/io/JalviewExportPropertiesTests.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/NewickFileTests.java b/test/jalview/io/NewickFileTests.java

index b73897f..9e7db07 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/NewickFileTests.java
+++ b/test/jalview/io/NewickFileTests.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/PhylipFileTests.java b/test/jalview/io/PhylipFileTests.java

index 8c58382..e63bca7 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/PhylipFileTests.java
+++ b/test/jalview/io/PhylipFileTests.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java b/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java

index 7663250..2d43b9a 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java
+++ b/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/test/jalview/io/StockholmFileTest.java b/test/jalview/io/StockholmFileTest.java

index 2f62110..5ab4297 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/StockholmFileTest.java
+++ b/test/jalview/io/StockholmFileTest.java
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diff --git a/test/jalview/io/TCoffeeScoreFileTest.java b/test/jalview/io/TCoffeeScoreFileTest.java

index dfe48ab..6a47af0 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/TCoffeeScoreFileTest.java
+++ b/test/jalview/io/TCoffeeScoreFileTest.java
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diff --git a/test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java b/test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java

index 0dcebc2..b3edf49 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java
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index 2b21e92..1be7e24 100644 (file)
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index a1bf977..f0265c9 100644 (file)
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index 5397c48..1615ec7 100644 (file)
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index 6d66f7c..52b1323 100644 (file)
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index 63b7e6c..cb9e656 100644 (file)
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diff --git a/test/jalview/util/ColorUtilsTest.java b/test/jalview/util/ColorUtilsTest.java

index 6474f26..42a4716 100644 (file)
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index 2426a72..c52d524 100644 (file)
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diff --git a/test/jalview/util/DBRefUtilsTest.java b/test/jalview/util/DBRefUtilsTest.java

index c998fa0..933fe0f 100644 (file)
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diff --git a/test/jalview/util/MapListTest.java b/test/jalview/util/MapListTest.java

index 52a16e2..bc3bd24 100644 (file)
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index 22fe568..0511041 100644 (file)
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index 3bac7e9..300a913 100644 (file)
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index 544d079..4fad2b0 100644 (file)
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diff --git a/test/jalview/util/StringUtilsTest.java b/test/jalview/util/StringUtilsTest.java

index 5956324..dedca23 100644 (file)
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diff --git a/test/jalview/viewmodel/styles/ViewStyleTest.java b/test/jalview/viewmodel/styles/ViewStyleTest.java

index c758082..bcc6f78 100644 (file)
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diff --git a/test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java b/test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

index a672ee4..715b15d 100644 (file)
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index 679cfe4..f3cd9ef 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/dbsources/PDBRestClientTest.java
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diff --git a/test/jalview/ws/dbsources/UniprotTest.java b/test/jalview/ws/dbsources/UniprotTest.java

index a3c6105..d5c2411 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/dbsources/UniprotTest.java
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diff --git a/test/jalview/ws/gui/Jws2ParamView.java b/test/jalview/ws/gui/Jws2ParamView.java

index 5f1132c..cd0af92 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/gui/Jws2ParamView.java
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index 71fc829..9797ede 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/jabaws/DisorderAnnotExportImport.java
+++ b/test/jalview/ws/jabaws/DisorderAnnotExportImport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/ws/jabaws/JalviewJabawsTestUtils.java b/test/jalview/ws/jabaws/JalviewJabawsTestUtils.java

index 6ea3339..047d78c 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/jabaws/JalviewJabawsTestUtils.java
+++ b/test/jalview/ws/jabaws/JalviewJabawsTestUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/ws/jabaws/JpredJabaStructExportImport.java b/test/jalview/ws/jabaws/JpredJabaStructExportImport.java

index d5bca58..a347286 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/jabaws/JpredJabaStructExportImport.java
+++ b/test/jalview/ws/jabaws/JpredJabaStructExportImport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/test/jalview/ws/jabaws/MinJabawsClientTests.java b/test/jalview/ws/jabaws/MinJabawsClientTests.java

index e1d1478..9034370 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/jabaws/MinJabawsClientTests.java
+++ b/test/jalview/ws/jabaws/MinJabawsClientTests.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java b/test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java

index 58bcb44..ea05b6b 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java
+++ b/test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/test/jalview/ws/jws2/ParameterUtilsTest.java b/test/jalview/ws/jws2/ParameterUtilsTest.java

index efb2d37..b92f1a2 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/jws2/ParameterUtilsTest.java
+++ b/test/jalview/ws/jws2/ParameterUtilsTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/test/jalview/ws/rest/RestClientTest.java b/test/jalview/ws/rest/RestClientTest.java

index 519f55c..279a165 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/rest/RestClientTest.java
+++ b/test/jalview/ws/rest/RestClientTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java b/test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java

index f0f44d1..1971e0b 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java
+++ b/test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/test/jalview/ws/seqfetcher/DasSequenceFetcher.java b/test/jalview/ws/seqfetcher/DasSequenceFetcher.java

index b128f53..b2e7569 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/seqfetcher/DasSequenceFetcher.java
+++ b/test/jalview/ws/seqfetcher/DasSequenceFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 2927207..e7423a1 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java
+++ b/test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml b/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml

index b8b0ba4..b6ad688 100644 (file)
--- a/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml
+++ b/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0"?>
  <!--
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diff --git a/utils/eclipse/JalviewCodeStyle.xml b/utils/eclipse/JalviewCodeStyle.xml

index 9965830..48bb7ac 100644 (file)
--- a/utils/eclipse/JalviewCodeStyle.xml
+++ b/utils/eclipse/JalviewCodeStyle.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?>
  <!--
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diff --git a/utils/getJavaVersion.java b/utils/getJavaVersion.java

index d7877c1..9c3831c 100644 (file)
--- a/utils/getJavaVersion.java
+++ b/utils/getJavaVersion.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
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diff --git a/utils/gff2annot.pl b/utils/gff2annot.pl

index 2326573..4644e46 100755 (executable)
--- a/utils/gff2annot.pl
+++ b/utils/gff2annot.pl
@@ -1,6 +1,6 @@
  #!/usr/bin/perl
  ##
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
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diff --git a/utils/help2Website.java b/utils/help2Website.java

index a57df1a..cbe3bb0 100755 (executable)
--- a/utils/help2Website.java
+++ b/utils/help2Website.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
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diff --git a/utils/jarunsigner.pl b/utils/jarunsigner.pl

index 86b2e29..defe7bb 100755 (executable)
--- a/utils/jarunsigner.pl
+++ b/utils/jarunsigner.pl
@@ -1,6 +1,6 @@
  #!/usr/bin/perl
  ##
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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diff --git a/utils/patchGt.pl b/utils/patchGt.pl

index 503b909..9599519 100644 (file)
--- a/utils/patchGt.pl
+++ b/utils/patchGt.pl
@@ -1,6 +1,6 @@
  #!/bin/perl
  ##
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
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diff --git a/utils/splitstockholm.pl b/utils/splitstockholm.pl

index 99a8dc2..25dbc86 100644 (file)
--- a/utils/splitstockholm.pl
+++ b/utils/splitstockholm.pl
@@ -1,6 +1,6 @@
  #!/usr/bin/perl
  ##
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
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author	Jim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
	Fri, 16 Oct 2015 06:51:20 +0000 (07:51 +0100)
committer	Jim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
	Fri, 16 Oct 2015 06:51:20 +0000 (07:51 +0100)