JAL-3746 apply copyright to tests

author Jim Procter <j.procter@dundee.ac.uk>

Tue, 8 Mar 2022 21:58:37 +0000 (21:58 +0000)

committer Jim Procter <j.procter@dundee.ac.uk>

Tue, 8 Mar 2022 21:58:37 +0000 (21:58 +0000)
author Jim Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Tue, 8 Mar 2022 21:58:37 +0000 (21:58 +0000)
committer Jim Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Tue, 8 Mar 2022 21:58:37 +0000 (21:58 +0000)
diff --git a/test/jalview/analysis/AlignmentSorterTest.java b/test/jalview/analysis/AlignmentSorterTest.java

index 66aa016..b1f0edc 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/AlignmentSorterTest.java
+++ b/test/jalview/analysis/AlignmentSorterTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
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+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  package jalview.analysis;
  
  import static org.testng.Assert.assertSame;
diff --git a/test/jalview/analysis/GeneticCodesTest.java b/test/jalview/analysis/GeneticCodesTest.java

index 5f49092..7496459 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/GeneticCodesTest.java
+++ b/test/jalview/analysis/GeneticCodesTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
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+ */
  package jalview.analysis;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/analysis/scoremodels/PIDModelTest.java b/test/jalview/analysis/scoremodels/PIDModelTest.java

index 6f03f1d..24ddad4 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/scoremodels/PIDModelTest.java
+++ b/test/jalview/analysis/scoremodels/PIDModelTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
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+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ */
  package jalview.analysis.scoremodels;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreMatrixTest.java b/test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreMatrixTest.java

index ec3fab3..be8b45d 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreMatrixTest.java
+++ b/test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreMatrixTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ */
  package jalview.analysis.scoremodels;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java b/test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java

index 4e8575d..0a3af64 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java
+++ b/test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ */
  package jalview.analysis.scoremodels;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/bin/HiDPISettingTest1.java b/test/jalview/bin/HiDPISettingTest1.java

index fd27a34..137d3e1 100644 (file)
--- a/test/jalview/bin/HiDPISettingTest1.java
+++ b/test/jalview/bin/HiDPISettingTest1.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ */
  package jalview.bin;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/datamodel/ConcurrentModificationTest.java b/test/jalview/datamodel/ConcurrentModificationTest.java

index 5ae403e..6149549 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/ConcurrentModificationTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/ConcurrentModificationTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ */
  package jalview.datamodel;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/datamodel/MappedFeaturesTest.java b/test/jalview/datamodel/MappedFeaturesTest.java

index d4a49c6..f549ff4 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/MappedFeaturesTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/MappedFeaturesTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.datamodel;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/datamodel/SequenceGroupTest.java b/test/jalview/datamodel/SequenceGroupTest.java

index 2c53b4e..622ebb9 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/SequenceGroupTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/SequenceGroupTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.datamodel;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/datamodel/features/FeatureAttributesTest.java b/test/jalview/datamodel/features/FeatureAttributesTest.java

index efa004c..a172a8a 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/features/FeatureAttributesTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/features/FeatureAttributesTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.datamodel.features;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/datamodel/features/FeatureMatcherSetTest.java b/test/jalview/datamodel/features/FeatureMatcherSetTest.java

index 47c47a9..3bd125e 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/features/FeatureMatcherSetTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/features/FeatureMatcherSetTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.datamodel.features;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/datamodel/features/FeatureMatcherTest.java b/test/jalview/datamodel/features/FeatureMatcherTest.java

index 8339576..117b6e9 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/features/FeatureMatcherTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/features/FeatureMatcherTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.datamodel.features;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/datamodel/features/FeatureStoreTest.java b/test/jalview/datamodel/features/FeatureStoreTest.java

index 128a86e..b0a1ac8 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/features/FeatureStoreTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/features/FeatureStoreTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.datamodel.features;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/datamodel/features/SequenceFeaturesTest.java b/test/jalview/datamodel/features/SequenceFeaturesTest.java

index b51075e..7dde97b 100644 (file)
--- a/test/jalview/datamodel/features/SequenceFeaturesTest.java
+++ b/test/jalview/datamodel/features/SequenceFeaturesTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.datamodel.features;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/ext/android/SparseDoubleArrayTest.java b/test/jalview/ext/android/SparseDoubleArrayTest.java

index 7d64a28..32e344c 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/android/SparseDoubleArrayTest.java
+++ b/test/jalview/ext/android/SparseDoubleArrayTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
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+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.ext.android;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/ext/ensembl/SpeciesTest.java b/test/jalview/ext/ensembl/SpeciesTest.java

index 44658e7..0c9c987 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/ensembl/SpeciesTest.java
+++ b/test/jalview/ext/ensembl/SpeciesTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.ext.ensembl;
  
  import static org.testng.Assert.assertFalse;
diff --git a/test/jalview/ext/htsjdk/VCFReaderTest.java b/test/jalview/ext/htsjdk/VCFReaderTest.java

index e3bef41..befdab1 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/htsjdk/VCFReaderTest.java
+++ b/test/jalview/ext/htsjdk/VCFReaderTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.ext.htsjdk;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/ext/pymol/PymolManagerTest.java b/test/jalview/ext/pymol/PymolManagerTest.java

index e246b7c..bfaeacf 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/pymol/PymolManagerTest.java
+++ b/test/jalview/ext/pymol/PymolManagerTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.ext.pymol;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/fts/threedbeacons/TDBeaconsFTSRestClientTest.java b/test/jalview/fts/threedbeacons/TDBeaconsFTSRestClientTest.java

index bd2dbb0..a59bfcc 100644 (file)
--- a/test/jalview/fts/threedbeacons/TDBeaconsFTSRestClientTest.java
+++ b/test/jalview/fts/threedbeacons/TDBeaconsFTSRestClientTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.fts.threedbeacons;
  
  import static org.testng.Assert.assertNull;
diff --git a/test/jalview/fts/threedbeacons/TDBeaconsPanelTest.java b/test/jalview/fts/threedbeacons/TDBeaconsPanelTest.java

index 0001b7a..7992e3f 100644 (file)
--- a/test/jalview/fts/threedbeacons/TDBeaconsPanelTest.java
+++ b/test/jalview/fts/threedbeacons/TDBeaconsPanelTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.fts.threedbeacons;
  
  import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/gui/AnnotationLabelsTest.java b/test/jalview/gui/AnnotationLabelsTest.java

index a4fc1a1..2a6e5b9 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/AnnotationLabelsTest.java
+++ b/test/jalview/gui/AnnotationLabelsTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.gui;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/gui/AnnotationPanelTest.java b/test/jalview/gui/AnnotationPanelTest.java

index 5f7d5a7..297b368 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/AnnotationPanelTest.java
+++ b/test/jalview/gui/AnnotationPanelTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.gui;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/gui/AnnotationRowFilterTest.java b/test/jalview/gui/AnnotationRowFilterTest.java

index b575478..8e5c06b 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/AnnotationRowFilterTest.java
+++ b/test/jalview/gui/AnnotationRowFilterTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.gui;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/gui/CalculationChooserTest.java b/test/jalview/gui/CalculationChooserTest.java

index 6c2e777..9835189 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/CalculationChooserTest.java
+++ b/test/jalview/gui/CalculationChooserTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.gui;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/gui/ColourMenuHelperTest.java b/test/jalview/gui/ColourMenuHelperTest.java

index ccbd0ec..89e3ad8 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/ColourMenuHelperTest.java
+++ b/test/jalview/gui/ColourMenuHelperTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.gui;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/gui/FeatureSettingsTest.java b/test/jalview/gui/FeatureSettingsTest.java

index 55f2111..f0b3aef 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/FeatureSettingsTest.java
+++ b/test/jalview/gui/FeatureSettingsTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.gui;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/gui/FreeUpMemoryTest.java b/test/jalview/gui/FreeUpMemoryTest.java

index 3a5a9e4..81e37d8 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/FreeUpMemoryTest.java
+++ b/test/jalview/gui/FreeUpMemoryTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.gui;
  
  import static org.testng.Assert.assertNotNull;
diff --git a/test/jalview/gui/PairwiseAlignmentPanelTest.java b/test/jalview/gui/PairwiseAlignmentPanelTest.java

index 3322ee8..750698a 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/PairwiseAlignmentPanelTest.java
+++ b/test/jalview/gui/PairwiseAlignmentPanelTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.gui;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/gui/ScalePanelTest.java b/test/jalview/gui/ScalePanelTest.java

index a097c7a..446c6ad 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/ScalePanelTest.java
+++ b/test/jalview/gui/ScalePanelTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.gui;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/gui/StructureViewerTest.java b/test/jalview/gui/StructureViewerTest.java

index 86342d2..ace3c9d 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/StructureViewerTest.java
+++ b/test/jalview/gui/StructureViewerTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.gui;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/io/BackupFilesTest.java b/test/jalview/io/BackupFilesTest.java

index 8542f8f..a356621 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/BackupFilesTest.java
+++ b/test/jalview/io/BackupFilesTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.io;
  
  import java.io.File;
diff --git a/test/jalview/io/ClustalFileTest.java b/test/jalview/io/ClustalFileTest.java

index e7a80f4..0277ce6 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/ClustalFileTest.java
+++ b/test/jalview/io/ClustalFileTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.io;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/io/EmblFlatFileTest.java b/test/jalview/io/EmblFlatFileTest.java

index e05b03b..fdb8b9a 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/EmblFlatFileTest.java
+++ b/test/jalview/io/EmblFlatFileTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.io;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/io/FileFormatsTest.java b/test/jalview/io/FileFormatsTest.java

index 3ab3653..27cfa5e 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/FileFormatsTest.java
+++ b/test/jalview/io/FileFormatsTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.io;
  
  import java.util.Locale;
diff --git a/test/jalview/io/FileLoaderTest.java b/test/jalview/io/FileLoaderTest.java

index 968901f..7898ed5 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/FileLoaderTest.java
+++ b/test/jalview/io/FileLoaderTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.io;
  
  import org.junit.Assert;
diff --git a/test/jalview/io/GenBankFileTest.java b/test/jalview/io/GenBankFileTest.java

index 83d630f..85547e2 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/GenBankFileTest.java
+++ b/test/jalview/io/GenBankFileTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.io;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/io/JalviewFileViewTest.java b/test/jalview/io/JalviewFileViewTest.java

index 6436da6..806bafc 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/JalviewFileViewTest.java
+++ b/test/jalview/io/JalviewFileViewTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.io;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/io/ScoreMatrixFileTest.java b/test/jalview/io/ScoreMatrixFileTest.java

index 99ec9a6..c589082 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/ScoreMatrixFileTest.java
+++ b/test/jalview/io/ScoreMatrixFileTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.io;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/io/cache/AppCacheTest.java b/test/jalview/io/cache/AppCacheTest.java

index 41ac176..c5fb5df 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/cache/AppCacheTest.java
+++ b/test/jalview/io/cache/AppCacheTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.io.cache;
  
  import java.util.LinkedHashSet;
diff --git a/test/jalview/io/cache/JvCacheableInputBoxTest.java b/test/jalview/io/cache/JvCacheableInputBoxTest.java

index 84a8be6..13a9464 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/cache/JvCacheableInputBoxTest.java
+++ b/test/jalview/io/cache/JvCacheableInputBoxTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.io.cache;
  
  import java.util.LinkedHashSet;
diff --git a/test/jalview/io/gff/SequenceOntologyLiteTest.java b/test/jalview/io/gff/SequenceOntologyLiteTest.java

index 0766666..e480b45 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/gff/SequenceOntologyLiteTest.java
+++ b/test/jalview/io/gff/SequenceOntologyLiteTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.io.gff;
  
  import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
diff --git a/test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java b/test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java

index f512d0b..2b418de 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java
+++ b/test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.io.vcf;
  
  import static jalview.io.gff.SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT;
diff --git a/test/jalview/math/MatrixTest.java b/test/jalview/math/MatrixTest.java

index 71050c1..9baacd5 100644 (file)
--- a/test/jalview/math/MatrixTest.java
+++ b/test/jalview/math/MatrixTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.math;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/math/RotatableMatrixTest.java b/test/jalview/math/RotatableMatrixTest.java

index 31b47aa..e8a86de 100644 (file)
--- a/test/jalview/math/RotatableMatrixTest.java
+++ b/test/jalview/math/RotatableMatrixTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.math;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/math/SparseMatrixTest.java b/test/jalview/math/SparseMatrixTest.java

index 7295fad..321286c 100644 (file)
--- a/test/jalview/math/SparseMatrixTest.java
+++ b/test/jalview/math/SparseMatrixTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.math;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/renderer/ResidueShaderTest.java b/test/jalview/renderer/ResidueShaderTest.java

index df94d8c..78f00c8 100644 (file)
--- a/test/jalview/renderer/ResidueShaderTest.java
+++ b/test/jalview/renderer/ResidueShaderTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.renderer;
  
  import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/renderer/ScaleRendererTest.java b/test/jalview/renderer/ScaleRendererTest.java

index 0af67cd..ca69d37 100644 (file)
--- a/test/jalview/renderer/ScaleRendererTest.java
+++ b/test/jalview/renderer/ScaleRendererTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.renderer;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/renderer/seqfeatures/FeatureColourFinderTest.java b/test/jalview/renderer/seqfeatures/FeatureColourFinderTest.java

index fe77dd2..6b87dd4 100644 (file)
--- a/test/jalview/renderer/seqfeatures/FeatureColourFinderTest.java
+++ b/test/jalview/renderer/seqfeatures/FeatureColourFinderTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.renderer.seqfeatures;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/schemes/AnnotationColourGradientTest.java b/test/jalview/schemes/AnnotationColourGradientTest.java

index 3c49ec2..35e3c2f 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/AnnotationColourGradientTest.java
+++ b/test/jalview/schemes/AnnotationColourGradientTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.schemes;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/schemes/Blosum62ColourSchemeTest.java b/test/jalview/schemes/Blosum62ColourSchemeTest.java

index 1696bf6..69bde42 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/Blosum62ColourSchemeTest.java
+++ b/test/jalview/schemes/Blosum62ColourSchemeTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.schemes;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/schemes/BuriedColourSchemeTest.java b/test/jalview/schemes/BuriedColourSchemeTest.java

index cdb0e80..d19be53 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/BuriedColourSchemeTest.java
+++ b/test/jalview/schemes/BuriedColourSchemeTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.schemes;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/schemes/ClustalxColourSchemeTest.java b/test/jalview/schemes/ClustalxColourSchemeTest.java

index a4c2613..6731465 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/ClustalxColourSchemeTest.java
+++ b/test/jalview/schemes/ClustalxColourSchemeTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.schemes;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/schemes/ColourSchemePropertyTest.java b/test/jalview/schemes/ColourSchemePropertyTest.java

index 764da91..ee65819 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/ColourSchemePropertyTest.java
+++ b/test/jalview/schemes/ColourSchemePropertyTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.schemes;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/schemes/ColourSchemesTest.java b/test/jalview/schemes/ColourSchemesTest.java

index 26df9b7..58e272d 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/ColourSchemesTest.java
+++ b/test/jalview/schemes/ColourSchemesTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.schemes;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/schemes/HelixColourSchemeTest.java b/test/jalview/schemes/HelixColourSchemeTest.java

index ed46419..b729fbe 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/HelixColourSchemeTest.java
+++ b/test/jalview/schemes/HelixColourSchemeTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.schemes;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/schemes/HydrophobicColourSchemeTest.java b/test/jalview/schemes/HydrophobicColourSchemeTest.java

index 0a83a19..aa7a726 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/HydrophobicColourSchemeTest.java
+++ b/test/jalview/schemes/HydrophobicColourSchemeTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.schemes;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/schemes/JalviewColourSchemeTest.java b/test/jalview/schemes/JalviewColourSchemeTest.java

index 755ecba..6c8eb3b 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/JalviewColourSchemeTest.java
+++ b/test/jalview/schemes/JalviewColourSchemeTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.schemes;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/schemes/PIDColourSchemeTest.java b/test/jalview/schemes/PIDColourSchemeTest.java

index 59e626d..dff19cd 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/PIDColourSchemeTest.java
+++ b/test/jalview/schemes/PIDColourSchemeTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.schemes;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/schemes/StrandColourSchemeTest.java b/test/jalview/schemes/StrandColourSchemeTest.java

index 97c47be..960b1c3 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/StrandColourSchemeTest.java
+++ b/test/jalview/schemes/StrandColourSchemeTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.schemes;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/schemes/TurnColourSchemeTest.java b/test/jalview/schemes/TurnColourSchemeTest.java

index 5e6baf0..df1d6c5 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/TurnColourSchemeTest.java
+++ b/test/jalview/schemes/TurnColourSchemeTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.schemes;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/structure/AtomSpecModelTest.java b/test/jalview/structure/AtomSpecModelTest.java

index 81dd030..f46fdcf 100644 (file)
--- a/test/jalview/structure/AtomSpecModelTest.java
+++ b/test/jalview/structure/AtomSpecModelTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.structure;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/structure/AtomSpecTest.java b/test/jalview/structure/AtomSpecTest.java

index 7c13c0f..39d10ae 100644 (file)
--- a/test/jalview/structure/AtomSpecTest.java
+++ b/test/jalview/structure/AtomSpecTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.structure;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/structure/StructureCommandTest.java b/test/jalview/structure/StructureCommandTest.java

index fb4b4c2..10ca49a 100644 (file)
--- a/test/jalview/structure/StructureCommandTest.java
+++ b/test/jalview/structure/StructureCommandTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.structure;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/urls/UrlLinkDisplayTest.java b/test/jalview/urls/UrlLinkDisplayTest.java

index 46ec42e..efa6457 100644 (file)
--- a/test/jalview/urls/UrlLinkDisplayTest.java
+++ b/test/jalview/urls/UrlLinkDisplayTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.urls;
  
  import jalview.util.UrlLink;
diff --git a/test/jalview/urls/UrlProviderTest.java b/test/jalview/urls/UrlProviderTest.java

index be0b492..1b77d4a 100644 (file)
--- a/test/jalview/urls/UrlProviderTest.java
+++ b/test/jalview/urls/UrlProviderTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.urls;
  
  import jalview.urls.api.UrlProviderI;
diff --git a/test/jalview/util/JSONUtilsTest.java b/test/jalview/util/JSONUtilsTest.java

index d898a88..8f950fb 100644 (file)
--- a/test/jalview/util/JSONUtilsTest.java
+++ b/test/jalview/util/JSONUtilsTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.util;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/util/MathUtilsTest.java b/test/jalview/util/MathUtilsTest.java

index dc23472..54f41df 100644 (file)
--- a/test/jalview/util/MathUtilsTest.java
+++ b/test/jalview/util/MathUtilsTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.util;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/util/MessageManagerTest.java b/test/jalview/util/MessageManagerTest.java

index 68fd51b..965d936 100644 (file)
--- a/test/jalview/util/MessageManagerTest.java
+++ b/test/jalview/util/MessageManagerTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.util;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/util/SetUtilsTest.java b/test/jalview/util/SetUtilsTest.java

index ad17d4f..866d9bf 100644 (file)
--- a/test/jalview/util/SetUtilsTest.java
+++ b/test/jalview/util/SetUtilsTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.util;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/util/dialogrunner/DialogRunnerTest.java b/test/jalview/util/dialogrunner/DialogRunnerTest.java

index b6e99b0..702601c 100644 (file)
--- a/test/jalview/util/dialogrunner/DialogRunnerTest.java
+++ b/test/jalview/util/dialogrunner/DialogRunnerTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.util.dialogrunner;
  
  public class DialogRunnerTest
diff --git a/test/jalview/util/matcher/ConditionTest.java b/test/jalview/util/matcher/ConditionTest.java

index 2a12534..227c925 100644 (file)
--- a/test/jalview/util/matcher/ConditionTest.java
+++ b/test/jalview/util/matcher/ConditionTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.util.matcher;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/util/matcher/MatcherTest.java b/test/jalview/util/matcher/MatcherTest.java

index cd444ce..82abc52 100644 (file)
--- a/test/jalview/util/matcher/MatcherTest.java
+++ b/test/jalview/util/matcher/MatcherTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.util.matcher;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/viewmodel/ViewportRangesTest.java b/test/jalview/viewmodel/ViewportRangesTest.java

index c443df9..67ca6ae 100644 (file)
--- a/test/jalview/viewmodel/ViewportRangesTest.java
+++ b/test/jalview/viewmodel/ViewportRangesTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.viewmodel;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
diff --git a/test/jalview/ws/dbsources/RemoteFormatTest.java b/test/jalview/ws/dbsources/RemoteFormatTest.java

index 3f2c516..d48ff91 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/dbsources/RemoteFormatTest.java
+++ b/test/jalview/ws/dbsources/RemoteFormatTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ *  
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+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.ws.dbsources;
  
  import static org.testng.Assert.assertEquals;
author	Jim Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
	Tue, 8 Mar 2022 21:58:37 +0000 (21:58 +0000)
committer	Jim Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
	Tue, 8 Mar 2022 21:58:37 +0000 (21:58 +0000)
test/jalview/analysis/AlignmentSorterTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/analysis/GeneticCodesTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/analysis/scoremodels/PIDModelTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreMatrixTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/bin/HiDPISettingTest1.java		patch \| blob \| history
test/jalview/datamodel/ConcurrentModificationTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/datamodel/MappedFeaturesTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/datamodel/SequenceGroupTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/datamodel/features/FeatureAttributesTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/datamodel/features/FeatureMatcherSetTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/datamodel/features/FeatureMatcherTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/datamodel/features/FeatureStoreTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/datamodel/features/SequenceFeaturesTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/ext/android/SparseDoubleArrayTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/ext/ensembl/SpeciesTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/ext/htsjdk/VCFReaderTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/ext/pymol/PymolManagerTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/fts/threedbeacons/TDBeaconsFTSRestClientTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/fts/threedbeacons/TDBeaconsPanelTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/gui/AnnotationLabelsTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/gui/AnnotationPanelTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/gui/AnnotationRowFilterTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/gui/CalculationChooserTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/gui/ColourMenuHelperTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/gui/FeatureSettingsTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/gui/FreeUpMemoryTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/gui/PairwiseAlignmentPanelTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/gui/ScalePanelTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/gui/StructureViewerTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/io/BackupFilesTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/io/ClustalFileTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/io/EmblFlatFileTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/io/FileFormatsTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/io/FileLoaderTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/io/GenBankFileTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/io/JalviewFileViewTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/io/ScoreMatrixFileTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/io/cache/AppCacheTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/io/cache/JvCacheableInputBoxTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/io/gff/SequenceOntologyLiteTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/math/MatrixTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/math/RotatableMatrixTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/math/SparseMatrixTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/renderer/ResidueShaderTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/renderer/ScaleRendererTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/renderer/seqfeatures/FeatureColourFinderTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/schemes/AnnotationColourGradientTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/schemes/Blosum62ColourSchemeTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/schemes/BuriedColourSchemeTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/schemes/ClustalxColourSchemeTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/schemes/ColourSchemePropertyTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/schemes/ColourSchemesTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/schemes/HelixColourSchemeTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/schemes/HydrophobicColourSchemeTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/schemes/JalviewColourSchemeTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/schemes/PIDColourSchemeTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/schemes/StrandColourSchemeTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/schemes/TurnColourSchemeTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/structure/AtomSpecModelTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/structure/AtomSpecTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/structure/StructureCommandTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/urls/UrlLinkDisplayTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/urls/UrlProviderTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/util/JSONUtilsTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/util/MathUtilsTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/util/MessageManagerTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/util/SetUtilsTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/util/dialogrunner/DialogRunnerTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/util/matcher/ConditionTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/util/matcher/MatcherTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/viewmodel/ViewportRangesTest.java		patch \| blob \| history
test/jalview/ws/dbsources/RemoteFormatTest.java		patch \| blob \| history