2.5.1 release branding

author jprocter <Jim Procter>

Mon, 14 Jun 2010 11:05:05 +0000 (11:05 +0000)

committer jprocter <Jim Procter>

Mon, 14 Jun 2010 11:05:05 +0000 (11:05 +0000)
author jprocter <Jim Procter>
Mon, 14 Jun 2010 11:05:05 +0000 (11:05 +0000)
committer jprocter <Jim Procter>
Mon, 14 Jun 2010 11:05:05 +0000 (11:05 +0000)
diff --git a/RELEASE b/RELEASE

index cae80a1..46543ed 100644 (file)
--- a/RELEASE
+++ b/RELEASE
@@ -1,3 +1,3 @@
  jalview.release=-r Release_2_5_Branch\r
-jalview.version=2.5\r
+jalview.version=2.5.1\r
  \r
diff --git a/build.xml b/build.xml

index b73c910..dd08033 100755 (executable)
--- a/build.xml
+++ b/build.xml
@@ -1,20 +1,20 @@
  <?xml version="1.0"?>
  <!--
-   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
-   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
-   * 
-   * This file is part of Jalview.
-   * 
-   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
-   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
-   * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
-   * 
-   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
-   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
-   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
-   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
-   * 
-   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  -->
  <project name="jalviewX" default="usage" basedir=".">
         <!-- we use jalopy to format our sources -->
diff --git a/doc/AddingGroovySupport.html b/doc/AddingGroovySupport.html

index 275ddb0..becc431 100644 (file)
--- a/doc/AddingGroovySupport.html
+++ b/doc/AddingGroovySupport.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/doc/building.html b/doc/building.html

index 455251f..891731c 100755 (executable)
--- a/doc/building.html
+++ b/doc/building.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/doc/developing.html b/doc/developing.html

index 4008a98..ef6f3f0 100644 (file)
--- a/doc/developing.html
+++ b/doc/developing.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------\r
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+# \r
+# This file is part of Jalview.\r
+# \r
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
+# modify it under the terms of the GNU General Public License \r
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
+# \r
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
+# \r
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+#-------------------------------------------------------------------------------\r
  <!DOCTYPE html SYSTEM "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">\r
  <!--\r
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
@@ -15,7 +32,7 @@
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
   * \r
   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
--->
+-->\r
  <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
    <head>Developing Jalview</head>\r
    <body>\r
diff --git a/doc/index.html b/doc/index.html

index c1e3718..f1e3484 100644 (file)
--- a/doc/index.html
+++ b/doc/index.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------\r
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+# \r
+# This file is part of Jalview.\r
+# \r
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
+# modify it under the terms of the GNU General Public License \r
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
+# \r
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+#-------------------------------------------------------------------------------\r
  <!DOCTYPE html SYSTEM "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">\r
  <!--\r
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
@@ -15,7 +32,7 @@
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   * \r
   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
--->
+-->\r
  <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
  <head>\r
  Jalview Source Documentation\r
diff --git a/doc/newdmobj.html b/doc/newdmobj.html

index 9c17f9c..2561b19 100644 (file)
--- a/doc/newdmobj.html
+++ b/doc/newdmobj.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------\r
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+# \r
+# This file is part of Jalview.\r
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+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
+# modify it under the terms of the GNU General Public License \r
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
+# \r
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+#-------------------------------------------------------------------------------\r
  <html>\r
  <!--\r
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
@@ -15,7 +32,7 @@
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
   * \r
   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
--->
+-->\r
  <head>\r
  <title>Adding New Datamodel Objects To Jalview</title>\r
  </head>\r
diff --git a/help/helpTOC.xml b/help/helpTOC.xml

index f0403e7..44c21b9 100755 (executable)
--- a/help/helpTOC.xml
+++ b/help/helpTOC.xml
@@ -1,20 +1,20 @@
  <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"  ?>
  <!--
-   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
-   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
-   * 
-   * This file is part of Jalview.
-   * 
-   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
-   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
-   * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
-   * 
-   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
-   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
-   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
-   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
-   * 
-   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  -->
  <!DOCTYPE toc PUBLIC "-//Sun Microsystems Inc.//DTD JavaHelp TOC Version 1.0//EN" "http://java.sun.com/products/javahelp/toc_1_0.dtd">
  <toc version="1.0">
diff --git a/help/html/calculations/consensus.html b/help/html/calculations/consensus.html

index dfb568e..fb0aae8 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/consensus.html
+++ b/help/html/calculations/consensus.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/calculations/conservation.html b/help/html/calculations/conservation.html

index 904c323..b3b2177 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/conservation.html
+++ b/help/html/calculations/conservation.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/calculations/pairwise.html b/help/html/calculations/pairwise.html

index 1b7aaf5..e6d1e04 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/pairwise.html
+++ b/help/html/calculations/pairwise.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/calculations/pca.html b/help/html/calculations/pca.html

index d9b4b45..616630c 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/pca.html
+++ b/help/html/calculations/pca.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/calculations/quality.html b/help/html/calculations/quality.html

index 28841b2..17fc720 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/quality.html
+++ b/help/html/calculations/quality.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/calculations/recoverInputdata.html b/help/html/calculations/recoverInputdata.html

index 71ecd09..c0e9eb6 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/recoverInputdata.html
+++ b/help/html/calculations/recoverInputdata.html
@@ -1,3 +1,20 @@
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/calculations/redundancy.html b/help/html/calculations/redundancy.html

index 1c39419..3e55c19 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/redundancy.html
+++ b/help/html/calculations/redundancy.html
@@ -1,3 +1,20 @@
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/calculations/sorting.html b/help/html/calculations/sorting.html

index d11976f..4bfbdea 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/sorting.html
+++ b/help/html/calculations/sorting.html
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/calculations/tree.html b/help/html/calculations/tree.html

index e2629bc..9e74839 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/tree.html
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@@ -1,3 +1,20 @@
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/calculations/treeviewer.html b/help/html/calculations/treeviewer.html

index b0cbb46..af1664f 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/treeviewer.html
+++ b/help/html/calculations/treeviewer.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/abovePID.html b/help/html/colourSchemes/abovePID.html

index ed9c840..4586466 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/abovePID.html
+++ b/help/html/colourSchemes/abovePID.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

index 9275a09..2c5c601 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
+++ b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/blosum.html b/help/html/colourSchemes/blosum.html

index fc840ce..a0e24ed 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/blosum.html
+++ b/help/html/colourSchemes/blosum.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/buried.html b/help/html/colourSchemes/buried.html

index f3aa716..36ce995 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/buried.html
+++ b/help/html/colourSchemes/buried.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/clustal.html b/help/html/colourSchemes/clustal.html

index 1635b74..5393283 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/clustal.html
+++ b/help/html/colourSchemes/clustal.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/conservation.html b/help/html/colourSchemes/conservation.html

index 37804bc..7eae0fb 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/conservation.html
+++ b/help/html/colourSchemes/conservation.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/helix.html b/help/html/colourSchemes/helix.html

index fc5be4a..e0db6b2 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/helix.html
+++ b/help/html/colourSchemes/helix.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html b/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html

index f4a3af4..97cd620 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html
+++ b/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/index.html b/help/html/colourSchemes/index.html

index f7e2050..5f6a507 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/index.html
+++ b/help/html/colourSchemes/index.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/nucleotide.html b/help/html/colourSchemes/nucleotide.html

index 9d68fd5..6d780dc 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/nucleotide.html
+++ b/help/html/colourSchemes/nucleotide.html
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+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/pid.html b/help/html/colourSchemes/pid.html

index c956c29..a5d9b8f 100755 (executable)
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+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/strand.html b/help/html/colourSchemes/strand.html

index e7a15ed..c78feba 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/strand.html
+++ b/help/html/colourSchemes/strand.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/taylor.html b/help/html/colourSchemes/taylor.html

index 14a809a..e6d2c9d 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/taylor.html
+++ b/help/html/colourSchemes/taylor.html
@@ -1,3 +1,20 @@
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/textcolour.html b/help/html/colourSchemes/textcolour.html

index 054b26c..281b559 100644 (file)
--- a/help/html/colourSchemes/textcolour.html
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/turn.html b/help/html/colourSchemes/turn.html

index 8a3d10f..ed2a392 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/turn.html
+++ b/help/html/colourSchemes/turn.html
@@ -1,3 +1,20 @@
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+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/user.html b/help/html/colourSchemes/user.html

index 066ea17..eb5a1f7 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/user.html
+++ b/help/html/colourSchemes/user.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
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+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/colourSchemes/zappo.html b/help/html/colourSchemes/zappo.html

index 3c29caa..43d9b41 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/zappo.html
+++ b/help/html/colourSchemes/zappo.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
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+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/editing/index.html b/help/html/editing/index.html

index eaa5971..45949fc 100755 (executable)
--- a/help/html/editing/index.html
+++ b/help/html/editing/index.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
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+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/annotation.html b/help/html/features/annotation.html

index 00beb2f..ccf7be7 100755 (executable)
--- a/help/html/features/annotation.html
+++ b/help/html/features/annotation.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
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+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/annotationsFormat.html b/help/html/features/annotationsFormat.html

index 7abe66a..4cd7750 100755 (executable)
--- a/help/html/features/annotationsFormat.html
+++ b/help/html/features/annotationsFormat.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/clarguments.html b/help/html/features/clarguments.html

index 9b527d6..77a562d 100644 (file)
--- a/help/html/features/clarguments.html
+++ b/help/html/features/clarguments.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/codingfeatures.html b/help/html/features/codingfeatures.html

index d428c10..2b37cad 100644 (file)
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  <html>\r
  <!--\r
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
@@ -15,7 +32,7 @@
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
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   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
--->
+-->\r
  <head>\r
  <title>DNA Sequence Coding Region Definition</title>\r
  </head>\r
diff --git a/help/html/features/commandline.html b/help/html/features/commandline.html

index 6c6f3eb..4f14ff4 100644 (file)
--- a/help/html/features/commandline.html
+++ b/help/html/features/commandline.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/creatinFeatures.html b/help/html/features/creatinFeatures.html

index 824991d..d501b01 100644 (file)
--- a/help/html/features/creatinFeatures.html
+++ b/help/html/features/creatinFeatures.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/cursorMode.html b/help/html/features/cursorMode.html

index 380c32a..c2bc92b 100755 (executable)
--- a/help/html/features/cursorMode.html
+++ b/help/html/features/cursorMode.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/dasfeatures.html b/help/html/features/dasfeatures.html

index 571343c..0cf5ca1 100644 (file)
--- a/help/html/features/dasfeatures.html
+++ b/help/html/features/dasfeatures.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/dassettings.html b/help/html/features/dassettings.html

index 7ccbbda..7dc027f 100644 (file)
--- a/help/html/features/dassettings.html
+++ b/help/html/features/dassettings.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/editingFeatures.html b/help/html/features/editingFeatures.html

index d30f48f..48a649d 100644 (file)
--- a/help/html/features/editingFeatures.html
+++ b/help/html/features/editingFeatures.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/featuresFormat.html b/help/html/features/featuresFormat.html

index 93ce408..185b874 100755 (executable)
--- a/help/html/features/featuresFormat.html
+++ b/help/html/features/featuresFormat.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/featureschemes.html b/help/html/features/featureschemes.html

index 9f3d81d..a39bd05 100644 (file)
--- a/help/html/features/featureschemes.html
+++ b/help/html/features/featureschemes.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
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+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/featuresettings.html b/help/html/features/featuresettings.html

index 390ad78..d07156f 100755 (executable)
--- a/help/html/features/featuresettings.html
+++ b/help/html/features/featuresettings.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/groovy.html b/help/html/features/groovy.html

index 4b63c61..23b72a3 100644 (file)
--- a/help/html/features/groovy.html
+++ b/help/html/features/groovy.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------\r
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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+# This file is part of Jalview.\r
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+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
+# modify it under the terms of the GNU General Public License \r
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
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+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
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  <html>\r
  <!--\r
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
@@ -15,7 +32,7 @@
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
   * \r
   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
--->
+-->\r
  <head><title>Groovy Shell</title></head>\r
  <body>\r
  <p><strong>The Groovy Shell</strong></p>\r
diff --git a/help/html/features/hiddenRegions.html b/help/html/features/hiddenRegions.html

index ed8c39d..3aad2ab 100644 (file)
--- a/help/html/features/hiddenRegions.html
+++ b/help/html/features/hiddenRegions.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/jalarchive.html b/help/html/features/jalarchive.html

index d32bbc0..9b8906c 100755 (executable)
--- a/help/html/features/jalarchive.html
+++ b/help/html/features/jalarchive.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/jmol.html b/help/html/features/jmol.html

index e7f963b..5a73c2e 100644 (file)
--- a/help/html/features/jmol.html
+++ b/help/html/features/jmol.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------\r
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+# \r
+# This file is part of Jalview.\r
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+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
+# modify it under the terms of the GNU General Public License \r
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
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  <html>\r
  <!--\r
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
@@ -15,7 +32,7 @@
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
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   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
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  <head>\r
  <title>The Jmol PDB Viewer</title>\r
  </head>\r
diff --git a/help/html/features/multipleViews.html b/help/html/features/multipleViews.html

index 0191396..31c755d 100644 (file)
--- a/help/html/features/multipleViews.html
+++ b/help/html/features/multipleViews.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/newkeystrokes.html b/help/html/features/newkeystrokes.html

index 46cbc94..078f507 100644 (file)
--- a/help/html/features/newkeystrokes.html
+++ b/help/html/features/newkeystrokes.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/overview.html b/help/html/features/overview.html

index 7181e36..0dd871d 100755 (executable)
--- a/help/html/features/overview.html
+++ b/help/html/features/overview.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/pdbviewer.html b/help/html/features/pdbviewer.html

index f22424a..6d83d7f 100755 (executable)
--- a/help/html/features/pdbviewer.html
+++ b/help/html/features/pdbviewer.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/preferences.html b/help/html/features/preferences.html

index e0aadf3..0093b7d 100755 (executable)
--- a/help/html/features/preferences.html
+++ b/help/html/features/preferences.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/search.html b/help/html/features/search.html

index 6afbcdb..85efc2e 100755 (executable)
--- a/help/html/features/search.html
+++ b/help/html/features/search.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
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+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/seqfeatures.html b/help/html/features/seqfeatures.html

index 0c9313e..5ab4e2f 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfeatures.html
+++ b/help/html/features/seqfeatures.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
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+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/seqfetch.html b/help/html/features/seqfetch.html

index d8415c7..79eb366 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfetch.html
+++ b/help/html/features/seqfetch.html
@@ -1,3 +1,20 @@
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+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+# This file is part of Jalview.
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+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/seqmappings.html b/help/html/features/seqmappings.html

index f2a9dbd..0168ac7 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,20 @@
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+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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+# This file is part of Jalview.\r
+# \r
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
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+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
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+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
+# \r
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
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  <html>\r
  <!--\r
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
@@ -15,7 +32,7 @@
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
   * \r
   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
--->
+-->\r
  <head>\r
  <title>Mapping Between Different Sequences</title>\r
  </head>\r
diff --git a/help/html/features/viewingpdbs.html b/help/html/features/viewingpdbs.html

index d979254..ed49781 100755 (executable)
--- a/help/html/features/viewingpdbs.html
+++ b/help/html/features/viewingpdbs.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
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+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/features/wrap.html b/help/html/features/wrap.html

index be160db..888f988 100755 (executable)
--- a/help/html/features/wrap.html
+++ b/help/html/features/wrap.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/index.html b/help/html/index.html

index 293790e..0e24b8a 100755 (executable)
--- a/help/html/index.html
+++ b/help/html/index.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
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+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/io/export.html b/help/html/io/export.html

index 0b4b721..480ef33 100755 (executable)
--- a/help/html/io/export.html
+++ b/help/html/io/export.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
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+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/io/fileformats.html b/help/html/io/fileformats.html

index c62c077..7a6e342 100755 (executable)
--- a/help/html/io/fileformats.html
+++ b/help/html/io/fileformats.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/io/index.html b/help/html/io/index.html

index b149bfc..c00e06f 100755 (executable)
--- a/help/html/io/index.html
+++ b/help/html/io/index.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/io/modellerpir.html b/help/html/io/modellerpir.html

index 65e41bc..1dded28 100755 (executable)
--- a/help/html/io/modellerpir.html
+++ b/help/html/io/modellerpir.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/jalviewjnlp.html b/help/html/jalviewjnlp.html

index 0c68bfb..e25f534 100755 (executable)
--- a/help/html/jalviewjnlp.html
+++ b/help/html/jalviewjnlp.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/keys.html b/help/html/keys.html

index 161f709..322d250 100755 (executable)
--- a/help/html/keys.html
+++ b/help/html/keys.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/memory.html b/help/html/memory.html

index 30a038c..1583058 100755 (executable)
--- a/help/html/memory.html
+++ b/help/html/memory.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/alignmentMenu.html b/help/html/menus/alignmentMenu.html

index f23c1b7..7b937c5 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alignmentMenu.html
+++ b/help/html/menus/alignmentMenu.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/alwannotations.html b/help/html/menus/alwannotations.html

index 93b6336..6f71176 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwannotations.html
+++ b/help/html/menus/alwannotations.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/alwcalculate.html b/help/html/menus/alwcalculate.html

index eae9c92..911028f 100755 (executable)
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@@ -1,3 +1,20 @@
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+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/alwcolour.html b/help/html/menus/alwcolour.html

index f00487f..6908fb8 100755 (executable)
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+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/alwedit.html b/help/html/menus/alwedit.html

index ae97618..43f679f 100755 (executable)
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+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/alwfile.html b/help/html/menus/alwfile.html

index 93c7711..c1c1107 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwfile.html
+++ b/help/html/menus/alwfile.html
@@ -1,3 +1,20 @@
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/alwformat.html b/help/html/menus/alwformat.html

index 7c015db..c70939a 100644 (file)
--- a/help/html/menus/alwformat.html
+++ b/help/html/menus/alwformat.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
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+# 
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+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/alwselect.html b/help/html/menus/alwselect.html

index c0074bc..cd8c4b5 100644 (file)
--- a/help/html/menus/alwselect.html
+++ b/help/html/menus/alwselect.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/alwview.html b/help/html/menus/alwview.html

index e068a45..0b71d3f 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwview.html
+++ b/help/html/menus/alwview.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
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+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/desktopMenu.html b/help/html/menus/desktopMenu.html

index 184733d..f395b1d 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/desktopMenu.html
+++ b/help/html/menus/desktopMenu.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/index.html b/help/html/menus/index.html

index e6e641c..aec3445 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/index.html
+++ b/help/html/menus/index.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
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+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/popupMenu.html b/help/html/menus/popupMenu.html

index 30d9033..80cff88 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/popupMenu.html
+++ b/help/html/menus/popupMenu.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
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+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/menus/wsmenu.html b/help/html/menus/wsmenu.html

index 86acf93..2f7e345 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/wsmenu.html
+++ b/help/html/menus/wsmenu.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/misc/aaproperties.html b/help/html/misc/aaproperties.html

index 0d99405..63768af 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/aaproperties.html
+++ b/help/html/misc/aaproperties.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/misc/aminoAcids.html b/help/html/misc/aminoAcids.html

index 9acb9da..3a839d0 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/aminoAcids.html
+++ b/help/html/misc/aminoAcids.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/misc/geneticCode.html b/help/html/misc/geneticCode.html

index 9bde5d7..03d4132 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/geneticCode.html
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@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/privacy.html b/help/html/privacy.html

index b2f5a67..97dc2d0 100644 (file)
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@@ -1,3 +1,20 @@
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+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+# This file is part of Jalview.
+# 
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+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/releases.html b/help/html/releases.html

index 802910a..70cb190 100755 (executable)
--- a/help/html/releases.html
+++ b/help/html/releases.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/vamsas/index.html b/help/html/vamsas/index.html

index ef7ec3a..b51e072 100644 (file)
--- a/help/html/vamsas/index.html
+++ b/help/html/vamsas/index.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/webServices/clustalw.html b/help/html/webServices/clustalw.html

index cbfc115..9cc77df 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/clustalw.html
+++ b/help/html/webServices/clustalw.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/webServices/dbreffetcher.html b/help/html/webServices/dbreffetcher.html

index ef6fcac..7992d44 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/dbreffetcher.html
+++ b/help/html/webServices/dbreffetcher.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------\r
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+# \r
+# This file is part of Jalview.\r
+# \r
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
+# modify it under the terms of the GNU General Public License \r
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
+# \r
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
+# \r
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+#-------------------------------------------------------------------------------\r
  <!DOCTYPE html SYSTEM "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">\r
  <!--\r
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
@@ -15,7 +32,7 @@
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
   * \r
   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
--->
+-->\r
  <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
  <head>\r
  Database Reference Fetching\r
diff --git a/help/html/webServices/index.html b/help/html/webServices/index.html

index 8e785dc..96ab57a 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/index.html
+++ b/help/html/webServices/index.html
@@ -1,4 +1,20 @@
-
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
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+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
diff --git a/help/html/webServices/jnet.html b/help/html/webServices/jnet.html

index 9bb6bd1..ac0c906 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/jnet.html
+++ b/help/html/webServices/jnet.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
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+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/webServices/mafft.html b/help/html/webServices/mafft.html

index e777fd4..f462924 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/mafft.html
+++ b/help/html/webServices/mafft.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
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+# 
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+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/webServices/msaclient.html b/help/html/webServices/msaclient.html

index 7f4bac9..d78094e 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/msaclient.html
+++ b/help/html/webServices/msaclient.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/webServices/muscle.html b/help/html/webServices/muscle.html

index 2af44a6..7a525c7 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/muscle.html
+++ b/help/html/webServices/muscle.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/webServices/urllinks.html b/help/html/webServices/urllinks.html

index 56374f6..a6c8dce 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/urllinks.html
+++ b/help/html/webServices/urllinks.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/help/html/whatsNew.html b/help/html/whatsNew.html

index 1173c61..a57573d 100755 (executable)
--- a/help/html/whatsNew.html
+++ b/help/html/whatsNew.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
  <html>
  <!--
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
diff --git a/resources/embl_mapping.xml b/resources/embl_mapping.xml

index 68fc065..df56d49 100644 (file)
--- a/resources/embl_mapping.xml
+++ b/resources/embl_mapping.xml
@@ -1,20 +1,20 @@
  <?xml version="1.0"?>\r
  <!--\r
-   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
-   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
-   * \r
-   * This file is part of Jalview.\r
-   * \r
-   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
-   * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
-   * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
-   * \r
-   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
-   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
-   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
-   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
-   * \r
-   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
+ * This file is part of Jalview.\r
+ * \r
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  -->\r
  <mapping xmlns="http://castor.exolab.org/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"\r
         xsi:schemaLocation="http://castor.exolab.org/ ../schemas/castor-mapping.xsd">\r
diff --git a/resources/uniprot_mapping.xml b/resources/uniprot_mapping.xml

index 2bf79ab..f7d9bfb 100755 (executable)
--- a/resources/uniprot_mapping.xml
+++ b/resources/uniprot_mapping.xml
@@ -1,20 +1,20 @@
  <?xml version="1.0"?>
  <!--
-   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
-   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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-   * This file is part of Jalview.
-   * 
-   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
-   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
-   * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
-   * 
-   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
-   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
-   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
-   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
-   * 
-   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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+ * 
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+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  -->
  <mapping>
         <class name="jalview.datamodel.UniprotFile">
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index 08c2c49..dc69fe9 100755 (executable)
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+++ b/schemas/JalviewUserColours.xsd
@@ -1,20 +1,20 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
  <!--
-   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
-   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
-   * 
-   * This file is part of Jalview.
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-   * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
-   * 
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-   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
-   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
-   * 
-   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
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+ * 
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * 
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" targetNamespace="www.jalview.org/colours">
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index bc8a3a1..23ff324 100644 (file)
--- a/schemas/castor-mapping.xsd
+++ b/schemas/castor-mapping.xsd
@@ -1,20 +1,20 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>\r
  <!--\r
-   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
-   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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-   * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
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-   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
-   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
-   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
-   * \r
-   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
+ * This file is part of Jalview.\r
+ * \r
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  -->\r
  <!--DOCTYPE schema PUBLIC "-//W3C/DTD XML Schema Version 1.0//EN"\r
      "http://www.w3.org/TR/2000/WD-xmlschema-1-20000225/structures.dtd"-->\r
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index 358f0a1..d531f75 100755 (executable)
--- a/schemas/jalview.xsd
+++ b/schemas/jalview.xsd
@@ -1,20 +1,20 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
  <!--
-   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
-   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
-   * 
-   * This file is part of Jalview.
-   * 
-   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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-   * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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  <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:vamsas="www.vamsas.ac.uk/jalview/version2" xmlns:jalview="www.jalview.org/colours" xmlns:jv="www.jalview.org" targetNamespace="www.jalview.org" elementFormDefault="qualified" attributeFormDefault="unqualified">
                 <xs:import namespace="www.vamsas.ac.uk/jalview/version2" schemaLocation="vamsas.xsd"/>
diff --git a/schemas/jalviewJvV1.xsd b/schemas/jalviewJvV1.xsd

index b00fa43..98cc505 100644 (file)
--- a/schemas/jalviewJvV1.xsd
+++ b/schemas/jalviewJvV1.xsd
@@ -1,20 +1,20 @@
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-   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
-   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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+ * This file is part of Jalview.\r
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  <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"\r
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diff --git a/schemas/vamsas.xsd b/schemas/vamsas.xsd

index c144d97..c851dbf 100755 (executable)
--- a/schemas/vamsas.xsd
+++ b/schemas/vamsas.xsd
@@ -1,20 +1,20 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
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-   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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-   * 
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  <!-- edited with XMLSpy v2006 sp1 U (http://www.altova.com) by ioh[ (o[ih[oh) -->
  <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:vamsas="www.vamsas.ac.uk/jalview/version2" targetNamespace="www.vamsas.ac.uk/jalview/version2" elementFormDefault="qualified" attributeFormDefault="unqualified">
diff --git a/schemas/vamsasJvV1.xsd b/schemas/vamsasJvV1.xsd

index 7d60147..6310ebe 100644 (file)
--- a/schemas/vamsasJvV1.xsd
+++ b/schemas/vamsasJvV1.xsd
@@ -1,20 +1,20 @@
  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>\r
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-   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
-   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
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-   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
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-   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
+ * This file is part of Jalview.\r
+ * \r
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
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  <!-- edited with XMLSpy v2006 sp1 U (http://www.altova.com) by ioh[ (o[ih[oh) -->\r
  <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:vamsas="www.vamsas.org" targetNamespace="www.vamsas.org" elementFormDefault="qualified" attributeFormDefault="unqualified">\r
diff --git a/src/MCview/AppletPDBCanvas.java b/src/MCview/AppletPDBCanvas.java

index cdad671..70c628d 100755 (executable)
--- a/src/MCview/AppletPDBCanvas.java
+++ b/src/MCview/AppletPDBCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/AppletPDBViewer.java b/src/MCview/AppletPDBViewer.java

index 29d1e01..8e05c3a 100755 (executable)
--- a/src/MCview/AppletPDBViewer.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/Atom.java b/src/MCview/Atom.java

index 8e5cc4d..7a70e21 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Atom.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/Bond.java b/src/MCview/Bond.java

index a71ca0e..ca6fcef 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Bond.java
+++ b/src/MCview/Bond.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/MCMatrix.java b/src/MCview/MCMatrix.java

index bc5ac25..d03f244 100755 (executable)
--- a/src/MCview/MCMatrix.java
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/PDBCanvas.java b/src/MCview/PDBCanvas.java

index b3148df..e774a49 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBCanvas.java
+++ b/src/MCview/PDBCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/PDBChain.java b/src/MCview/PDBChain.java

index bd1f640..72761c3 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBChain.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/MCview/PDBViewer.java b/src/MCview/PDBViewer.java

index 50a501d..547c1c9 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBViewer.java
+++ b/src/MCview/PDBViewer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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diff --git a/src/MCview/PDBfile.java b/src/MCview/PDBfile.java

index 255eee0..ab78e84 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBfile.java
+++ b/src/MCview/PDBfile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 9485e94..7c7719a 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Residue.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/MCview/Zsort.java b/src/MCview/Zsort.java

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--- a/src/MCview/Zsort.java
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--- a/src/ext/vamsas/IRegistry.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 179ef10..8e89a81 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistryService.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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--- a/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index e708c57..93e9fd1 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/Jpred.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index d21fb7f..e7631fc 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 0579fa8..9f155bf 100755 (executable)
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index 8b2421b..e8c8bad 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWS.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 727c991..bcd3081 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java

index 859a778..431b812 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index af62723..fc4b47d 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java

index 0b0028a..3c53ffc 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java

index 2bf23b9..cf72c43 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java

index d12241c..c3b51fa 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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index 787764e..f7c3949 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 9aeee17..086837c 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java b/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java

index 0c3106d..4d48cd9 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java b/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java

index 5aab3db..767cb1d 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/AAFrequency.java b/src/jalview/analysis/AAFrequency.java

index bc178df..0ecec86 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AAFrequency.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/AlignSeq.java b/src/jalview/analysis/AlignSeq.java

index bf66f30..e0226ed 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AlignSeq.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java b/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java

index 39af649..c7779a7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java
+++ b/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/Conservation.java b/src/jalview/analysis/Conservation.java

index 9e9471f..8d05b00 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/Conservation.java
+++ b/src/jalview/analysis/Conservation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/CrossRef.java b/src/jalview/analysis/CrossRef.java

index e950654..3c77c92 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/CrossRef.java
+++ b/src/jalview/analysis/CrossRef.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/analysis/Dna.java b/src/jalview/analysis/Dna.java

index bf25bcf..88fb765 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Dna.java
+++ b/src/jalview/analysis/Dna.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/Finder.java b/src/jalview/analysis/Finder.java

index c584903..afa943b 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Finder.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/Grouping.java b/src/jalview/analysis/Grouping.java

index 4a641cc..c95a884 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Grouping.java
+++ b/src/jalview/analysis/Grouping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/NJTree.java b/src/jalview/analysis/NJTree.java

index 6dca7f8..aa9a5ba 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/NJTree.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/PCA.java b/src/jalview/analysis/PCA.java

index c74279b..7f364a7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/PCA.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/analysis/ParseProperties.java b/src/jalview/analysis/ParseProperties.java

index c65411c..292532c 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/ParseProperties.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java b/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java

index d8da497..58a3372 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java
+++ b/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java b/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java

index ff5621c..3dac02b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java
+++ b/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java b/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

index 13390d9..d006ffa 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
+++ b/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

index 0aefe9b..85fe52f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java b/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java

index ff3fe55..e981e4f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

index 1296829..eb3ef3f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 485ad5e..721d165 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index bc019fe..e91c2c2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 1a5697f..982d3ec 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index caaffa2..5ba11c8 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

index c33fc48..07eab6e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java b/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java

index 0efc429..3d6980e 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java
+++ b/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index c80adb3..37f2574 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8790b55..13b81ed 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 50bb665..1960de2 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java b/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java

index bd82b92..79b57fc 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index ea13c33..80b3ff8 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/appletgui/FontChooser.java b/src/jalview/appletgui/FontChooser.java

index 42b1850..2d3d159 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/FontChooser.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java b/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

index 6a941f1..1edd019 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/IdPanel.java b/src/jalview/appletgui/IdPanel.java

index 8033725..9fc994b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdPanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index d88e72c..b6cf75e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/JVDialog.java b/src/jalview/appletgui/JVDialog.java

index 57a4ebd..d8109c7 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/JVDialog.java
+++ b/src/jalview/appletgui/JVDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java b/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

index cca50a7..c43c303 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java b/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java

index 1a205db..3f82a95 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java b/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java

index 1340dd6..73caeb5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

index 7a47d02..8a667a0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java b/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

index adcd180..1a76d0e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java b/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java

index a722718..6a997e1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java b/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

index d888d25..17ace3f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java b/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

index f78b630..fcd0e16 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java b/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

index 6486647..5d82eb5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java b/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

index e8508b6..d4f25c2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java b/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

index c494650..d34313a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/Tooltip.java b/src/jalview/appletgui/Tooltip.java

index fe7fbb7..a8600a7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/Tooltip.java
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java b/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java

index acfe231..bae6fe9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/appletgui/TreePanel.java b/src/jalview/appletgui/TreePanel.java

index 6bf1dc7..8f27215 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/TreePanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/TreePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java b/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

index e18bba3..dea66e8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 2418910..12fa177 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/Cache.java
+++ b/src/jalview/bin/Cache.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index b62c83f..ea88f75 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/Jalview.java
+++ b/src/jalview/bin/Jalview.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index a904d7c..65e6f89 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/JalviewLite.java
+++ b/src/jalview/bin/JalviewLite.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 6aad432..640fdb7 100644 (file)
--- a/src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java
+++ b/src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8c31a8b..b0a2813 100755 (executable)
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+++ b/src/jalview/binding/Alignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index b482598..64fe702 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Annotation.java
+++ b/src/jalview/binding/Annotation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index bc9571e..a6d8a7e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/AnnotationElement.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 3c052ce..0f4f843 100755 (executable)
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index 39f438c..ec2584f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Feature.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8232d14..bc8a7dc 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index ce7467b..5c69fae 100755 (executable)
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index 2109516..17ebd2b 100755 (executable)
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index b93386d..8fa092d 100755 (executable)
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index fb9423f..7d9decc 100755 (executable)
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index f8207eb..310d0bf 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 092736a..6aa23b9 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Pdbentry.java b/src/jalview/binding/Pdbentry.java

index 32ff535..6acc02c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Pdbentry.java
+++ b/src/jalview/binding/Pdbentry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 7d4f6a2..8dbbcfb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/PdbentryItem.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Pdbids.java b/src/jalview/binding/Pdbids.java

index e75b25c..e5c26aa 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Pdbids.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Property.java b/src/jalview/binding/Property.java

index 8c80afb..2a4f5e6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Property.java
+++ b/src/jalview/binding/Property.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Sequence.java b/src/jalview/binding/Sequence.java

index ccc627d..02deae0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Sequence.java
+++ b/src/jalview/binding/Sequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/binding/SequenceSet.java b/src/jalview/binding/SequenceSet.java

index 1bf6c3d..5bfecfa 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/SequenceSet.java
+++ b/src/jalview/binding/SequenceSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/binding/SequenceType.java b/src/jalview/binding/SequenceType.java

index 698e917..ad3b05b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/SequenceType.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/binding/Setting.java b/src/jalview/binding/Setting.java

index f790626..6a0308b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Setting.java
+++ b/src/jalview/binding/Setting.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Tree.java b/src/jalview/binding/Tree.java

index ee0953c..1a362b2 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/binding/UserColourScheme.java b/src/jalview/binding/UserColourScheme.java

index 05b4444..5a0e452 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/UserColourScheme.java
+++ b/src/jalview/binding/UserColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/binding/UserColours.java b/src/jalview/binding/UserColours.java

index f6f873e..52ea8b4 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/VAMSAS.java b/src/jalview/binding/VAMSAS.java

index 2e3d5bc..1f5987c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/VAMSAS.java
+++ b/src/jalview/binding/VAMSAS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/binding/VamsasModel.java b/src/jalview/binding/VamsasModel.java

index c16ccbf..a5f1fdd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/VamsasModel.java
+++ b/src/jalview/binding/VamsasModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Viewport.java b/src/jalview/binding/Viewport.java

index 6e190aa..43c49c1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Viewport.java
+++ b/src/jalview/binding/Viewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java b/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

index 29cc8d0..ace038a 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/commands/CommandI.java b/src/jalview/commands/CommandI.java

index faf8fe6..767818b 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/CommandI.java
+++ b/src/jalview/commands/CommandI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/commands/EditCommand.java b/src/jalview/commands/EditCommand.java

index 414cea7..0096352 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/EditCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/EditCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/commands/OrderCommand.java b/src/jalview/commands/OrderCommand.java

index 895d395..86fe14d 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/OrderCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/OrderCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java b/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

index 88203ae..a4549d9 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 631d50a..87d16d3 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 337e9c3..46aa974 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 4925d82..8463b91 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 710c8c5..e088ca9 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 6a4dcbf..970cade 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Alignment.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Alignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8b9c1fb..50a6f33 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 293ace0..4271194 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 3215865..1c8bcc2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 65e84d1..ae1e3fe 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 55833e5..8884c2e 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index d36a9c3..9911448 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java b/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

index 8b54c29..2258272 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 6fef9a4..d0b4c90 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 5152a2c..1a12eed 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java b/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

index ba646ed..633d9fe 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java b/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java

index 8b6d620..fd86224 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java b/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java

index 63a5700..53327dd 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java b/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java

index 22dafcf..0470b6b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java b/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java

index 3ea26d0..4391e84 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java b/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java

index 52e792d..9215caf 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/GraphLine.java b/src/jalview/datamodel/GraphLine.java

index 2c2be4c..e44d87b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/GraphLine.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java b/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java

index ac71d4d..4478f6a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java
+++ b/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/Mapping.java b/src/jalview/datamodel/Mapping.java

index db1cfd0..89c6b98 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/Mapping.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Mapping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java b/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java

index 2084b81..744c759 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java b/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java

index 2535864..1ea26cb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/Provenance.java b/src/jalview/datamodel/Provenance.java

index 4020e04..efdf348 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Provenance.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Provenance.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java b/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java

index dc2f988..1ee4171 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SearchResults.java b/src/jalview/datamodel/SearchResults.java

index bc533b7..3d82f0a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SearchResults.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SearchResults.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java b/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java

index 745202a..89985fc 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/Sequence.java b/src/jalview/datamodel/Sequence.java

index 2e4f4fe..6bb4a91 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Sequence.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java b/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

index 681bedb..eee1c54 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java b/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

index 451250e..87962ee 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceI.java b/src/jalview/datamodel/SequenceI.java

index 0a1c214..6726ea8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java b/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java

index e81c43b..a04186b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java b/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java

index 2c724bf..bdd846e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java b/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java

index ab91961..b1d98fb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java b/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java

index de8be83..347063d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java b/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java

index 6fefde4..90e6998 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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   * \r
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diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java b/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java

index bf6f29d..1c3eb69 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java

index 20a9a37..d13f5fd 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

index bc1e5ab..56230b3 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java

index 4a9f236..079b727 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java

index a018034..12afbf2 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java

index 7b9c4d5..f02a50a 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java

index c599284..7e39a05 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java

index 6542552..13935af 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java

index 0a1e09e..b853120 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java

index e07cbba..25bde52 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AlignFrame.java b/src/jalview/gui/AlignFrame.java

index de64ca3..293948a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AlignFrame.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AlignViewport.java b/src/jalview/gui/AlignViewport.java

index 80b3134..9980d50 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AlignViewport.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignViewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

index 9ea1d1f..ec48d21 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java b/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

index 46891f8..f41b095 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java b/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

index 118aab8..8290557 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java b/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

index 07a9b03..af64945 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java b/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

index 37c70b7..cdc2b3a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AppJmol.java b/src/jalview/gui/AppJmol.java

index c18015a..d54930c 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppJmol.java
+++ b/src/jalview/gui/AppJmol.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/ConservationThread.java b/src/jalview/gui/ConservationThread.java

index 3e0c923..fb44766 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/ConservationThread.java
+++ b/src/jalview/gui/ConservationThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Console.java b/src/jalview/gui/Console.java

index fd40320..db363dc 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Console.java
+++ b/src/jalview/gui/Console.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

index 7f7aa35..a7834b4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java b/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

index 0487c56..d66322d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
+++ b/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/gui/Desktop.java b/src/jalview/gui/Desktop.java

index 5031f72..22582ba 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Desktop.java
+++ b/src/jalview/gui/Desktop.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/EPSOptions.java b/src/jalview/gui/EPSOptions.java

index 07dda63..1a73a81 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/EPSOptions.java
+++ b/src/jalview/gui/EPSOptions.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/EditNameDialog.java b/src/jalview/gui/EditNameDialog.java

index 22a3182..803a274 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/EditNameDialog.java
+++ b/src/jalview/gui/EditNameDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java b/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java

index b25a55f..0cd537e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java b/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

index b822bc5..f784600 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * 
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diff --git a/src/jalview/gui/FeatureSettings.java b/src/jalview/gui/FeatureSettings.java

index 6000fb6..b307b73 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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diff --git a/src/jalview/gui/Finder.java b/src/jalview/gui/Finder.java

index 762aab2..08d3838 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Finder.java
+++ b/src/jalview/gui/Finder.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/gui/FontChooser.java b/src/jalview/gui/FontChooser.java

index dc48671..c1d3fd5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/FontChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/FontChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
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diff --git a/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java b/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java

index cff3977..ad3782d 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java
+++ b/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java b/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java

index 08636a5..f5e02f5 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java
+++ b/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/gui/IdCanvas.java b/src/jalview/gui/IdCanvas.java

index 513751c..dbeeda6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/IdCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/IdPanel.java b/src/jalview/gui/IdPanel.java

index bdbbb5e..fae5678 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdPanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java b/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java

index ab96eee..ec52ad0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java
+++ b/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/Jalview2XML.java b/src/jalview/gui/Jalview2XML.java

index af8b2c0..c452464 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Jalview2XML.java
+++ b/src/jalview/gui/Jalview2XML.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java b/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java

index 4f421ae..a6705dd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
+++ b/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/gui/JalviewAppender.java b/src/jalview/gui/JalviewAppender.java

index 5e469fd..ff18ba9 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewAppender.java
+++ b/src/jalview/gui/JalviewAppender.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/OOMWarning.java b/src/jalview/gui/OOMWarning.java

index 3f2b5a8..728f215 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/OOMWarning.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/gui/OverviewPanel.java b/src/jalview/gui/OverviewPanel.java

index d7220df..1e6a7f5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/OverviewPanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PCAPanel.java b/src/jalview/gui/PCAPanel.java

index 9c852c5..a9e9fab 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PCAPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/PCAPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PaintRefresher.java b/src/jalview/gui/PaintRefresher.java

index 058dbc0..b033aac 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PaintRefresher.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

index 8443454..b922a73 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PopupMenu.java b/src/jalview/gui/PopupMenu.java

index 899a3f8..d6c45fa 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PopupMenu.java
+++ b/src/jalview/gui/PopupMenu.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Preferences.java b/src/jalview/gui/Preferences.java

index e5397bf..e901fc8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Preferences.java
+++ b/src/jalview/gui/Preferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java b/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java

index a9c1656..ef0cddc 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java
+++ b/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java b/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

index a14578a..e3ddacb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java b/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java

index 883a4c9..31470a9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/ScalePanel.java b/src/jalview/gui/ScalePanel.java

index 907fe69..6bb3716 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/ScalePanel.java
+++ b/src/jalview/gui/ScalePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/ScriptWindow.java b/src/jalview/gui/ScriptWindow.java

index ff377f7..27f7848 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/ScriptWindow.java
+++ b/src/jalview/gui/ScriptWindow.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java

index 78ea23b..d86594d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SeqPanel.java b/src/jalview/gui/SeqPanel.java

index 640b7e4..5f95478 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java b/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

index 34f0e79..36a7679 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java b/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

index db66993..11bd3f1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java
+++ b/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SliderPanel.java b/src/jalview/gui/SliderPanel.java

index e06c968..7aa9bab 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SliderPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SliderPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SplashScreen.java b/src/jalview/gui/SplashScreen.java

index 82758c1..e1f7ba1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SplashScreen.java
+++ b/src/jalview/gui/SplashScreen.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java

index d761424..5fae381 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java

index c2b9b7f..71236f9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/TreePanel.java b/src/jalview/gui/TreePanel.java

index 45fc0df..a3df328 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/TreePanel.java
+++ b/src/jalview/gui/TreePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java b/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

index 65eb135..899a7e3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java b/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java

index 038e0ba..7bd254e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java
+++ b/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/VamsasApplication.java b/src/jalview/gui/VamsasApplication.java

index abb170f..2b7e76c 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/VamsasApplication.java
+++ b/src/jalview/gui/VamsasApplication.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java b/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java

index e0090be..78a88fe 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java
+++ b/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/AMSAFile.java b/src/jalview/io/AMSAFile.java

index 7f5c680..d5947f6 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/AMSAFile.java
+++ b/src/jalview/io/AMSAFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/AlignFile.java b/src/jalview/io/AlignFile.java

index 3f43582..d4c1aec 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AlignFile.java
+++ b/src/jalview/io/AlignFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/AnnotationFile.java b/src/jalview/io/AnnotationFile.java

index ae5bb46..02a9bc3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AnnotationFile.java
+++ b/src/jalview/io/AnnotationFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java b/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

index 5301ab6..e9e2571 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
+++ b/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/BLCFile.java b/src/jalview/io/BLCFile.java

index c9960be..6e55174 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/BLCFile.java
+++ b/src/jalview/io/BLCFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/ClansFile.java b/src/jalview/io/ClansFile.java

index 7ff9351..e10531c 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/ClansFile.java
+++ b/src/jalview/io/ClansFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/io/ClustalFile.java b/src/jalview/io/ClustalFile.java

index 966689b..e3006dd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/ClustalFile.java
+++ b/src/jalview/io/ClustalFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/DBRefFile.java b/src/jalview/io/DBRefFile.java

index e757877..73fc8d3 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/DBRefFile.java
+++ b/src/jalview/io/DBRefFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/io/FastaFile.java b/src/jalview/io/FastaFile.java

index 034e129..fced447 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FastaFile.java
+++ b/src/jalview/io/FastaFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/FeaturesFile.java b/src/jalview/io/FeaturesFile.java

index 8f5e4bd..d23e2cd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FeaturesFile.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/io/FileLoader.java b/src/jalview/io/FileLoader.java

index f19788b..5447bb9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FileLoader.java
+++ b/src/jalview/io/FileLoader.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/FileParse.java b/src/jalview/io/FileParse.java

index db4af46..1721fed 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FileParse.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/FormatAdapter.java b/src/jalview/io/FormatAdapter.java

index 3c741f4..39cb533 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FormatAdapter.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/HTMLOutput.java b/src/jalview/io/HTMLOutput.java

index f2bdfe6..dd1340b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/HTMLOutput.java
+++ b/src/jalview/io/HTMLOutput.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/IdentifyFile.java b/src/jalview/io/IdentifyFile.java

index c03bcba..cd86938 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/IdentifyFile.java
+++ b/src/jalview/io/IdentifyFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JPredFile.java b/src/jalview/io/JPredFile.java

index 28f777f..b88c56d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JPredFile.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java b/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java

index f70432f..b521e11 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java b/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java

index 35f649d..c43b044 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileView.java b/src/jalview/io/JalviewFileView.java

index cf56ebd..fc635ef 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileView.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileView.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java b/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

index a4160c5..0bd74b3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java
+++ b/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/MSFfile.java b/src/jalview/io/MSFfile.java

index 3e8f336..0ce6572 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/MSFfile.java
+++ b/src/jalview/io/MSFfile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/MatrixFile.java b/src/jalview/io/MatrixFile.java

index 5e1cd0f..e174216 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/MatrixFile.java
+++ b/src/jalview/io/MatrixFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/io/ModellerDescription.java b/src/jalview/io/ModellerDescription.java

index 07bc9fb..c3026db 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/ModellerDescription.java
+++ b/src/jalview/io/ModellerDescription.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/NewickFile.java b/src/jalview/io/NewickFile.java

index 8e374ac..888435e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/NewickFile.java
+++ b/src/jalview/io/NewickFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/PIRFile.java b/src/jalview/io/PIRFile.java

index e6181fd..7b9d66b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PIRFile.java
+++ b/src/jalview/io/PIRFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/PfamFile.java b/src/jalview/io/PfamFile.java

index 8ba1f6e..3cd1d9d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PfamFile.java
+++ b/src/jalview/io/PfamFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/PileUpfile.java b/src/jalview/io/PileUpfile.java

index 0019075..7085f69 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PileUpfile.java
+++ b/src/jalview/io/PileUpfile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java b/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java

index 57bb1ac..28048ee 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java
+++ b/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/StockholmFile.java b/src/jalview/io/StockholmFile.java

index 764a3d4..470cc37 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/StockholmFile.java
+++ b/src/jalview/io/StockholmFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java b/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java

index 95f6849..0b22af2 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java
+++ b/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java b/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

index 4046c42..f8111da 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java
+++ b/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java b/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java

index 77af704..a2b1b36 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java

index d7db6a6..bdbd59c 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java

index 0d221c3..4ecae83 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java b/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java

index 061afaf..913e378 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index ad13145..96a35f5 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java b/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java

index a54612f..4a3f1aa 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java b/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java

index 360e704..94b4789 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java b/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java

index 55a4fe7..947faaa 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Tree.java b/src/jalview/io/vamsas/Tree.java

index 0545839..7a135f6 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Tree.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Tree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java b/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java

index 8342609..d3c54f3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index eaf84a2..731212e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java

index 07cc80e..2c4760e 100755 (executable)
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+++ b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java b/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java

index c75f48c..d81f9bb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GDesktop.java b/src/jalview/jbgui/GDesktop.java

index 302e0ca..b0c1a93 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GDesktop.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GFinder.java b/src/jalview/jbgui/GFinder.java

index ee1a4ff..0652d05 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java b/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java

index 87506ef..ae63831 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java b/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java

index 0b0a246..2daa733 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java

index efec1a9..52801fb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GPreferences.java b/src/jalview/jbgui/GPreferences.java

index ad9a308..cc4cd06 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPreferences.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPreferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java b/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java

index 05d6edf..f7da087 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java b/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java

index 24fb380..b949f0a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java b/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java

index 1b50ca8..e89820f 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java b/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java

index 8616a4b..05f6e8e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java b/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java

index 6f83663..e25a7bc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java b/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java

index 5fbcaab..49c3e82 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/math/Matrix.java b/src/jalview/math/Matrix.java

index 4722c1a..c543d21 100755 (executable)
--- a/src/jalview/math/Matrix.java
+++ b/src/jalview/math/Matrix.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/math/RotatableMatrix.java b/src/jalview/math/RotatableMatrix.java

index 7f63257..ef962c9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/math/RotatableMatrix.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java

index 0f2d201..898d7cc 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java

index df0e3de..13d6715 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java

index 97611cf..d5163cf 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java

index ade97c7..2c3a393 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java

index 2a3b82c..5cd3d13 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java

index 137d945..3432eef 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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   * \r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java

index 1ebe7f7..e8d532f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java b/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java

index ea968ac..704f6ae 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java

index a5a4944..146aa0b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java b/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java

index 5723850..c3a8b08 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java

index a828da7..4f94f03 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java

index 344fcda..63798ff 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java b/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java

index f0b9e66..1983d50 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

index 8c11375..ec39f9a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

index a146b1d..f2a379f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java

index 46b858f..ba03eb9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java

index 03ee4d3..1f03e6d 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java

index f1217e7..e0c8f6b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java

index 8e03000..e0b5239 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java

index 30adb05..ecb6691 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java

index 696df36..5448008 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java

index 4c3ec44..61fe230 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java

index 176b64b..4b34a75 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java b/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java

index 88e0c4e..55f0bdb 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java

index e328463..bf24628 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java b/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java

index 7e3d8a8..7668e2d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java

index 8d78bb6..18c4114 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java

index 9ac096d..458c8c6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java

index 31ddb31..f976dfd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java

index 6bcb600..c824eba 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java

index fbc1447..97bdfac 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java

index 12e1bb1..9636e7b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java

index ab10f37..dbf6710 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java b/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java

index 537f2b7..4801877 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java b/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java

index 1040811..712ee7e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java

index 7ffa841..5e07893 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java

index 510444e..6f6d78d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java

index 325e1f1..67de7f4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java b/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java

index 8669eb1..97d2820 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java b/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java

index d527e84..5baef19 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

index 38f8c4a..43250f6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java

index d6bb94f..a85982b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java

index acb4c2b..daa0e1f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java

index 2450033..685bfae 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java

index 096578c..4e44b2d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

index 455d9ca..93babe8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java

index f96b5f4..dd799bd 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java

index a33d2d6..75a680c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java

index 94a064e..ce4f0a8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java

index 585d6c9..add3673 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java

index 30d0d22..8771115 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java

index 90d9a82..341fe06 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java

index 7471be9..e09c80f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java

index db9123f..b8ac5a8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java

index 88af06e..ba03943 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java

index 275bc1f..6eb7500 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java

index d467d9c..0ed37e6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java

index 7e98f39..ca0b47b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java

index 7167360..cb2b0b0 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java

index 8728437..6b2209d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java

index 28068a5..32bb042 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java

index defa081..c538283 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java

index 6804d7b..f54cd89 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java

index 2e66a3a..28ee123 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java

index afffdd1..1125c8e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java

index f1e68d9..784df97 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java

index 9542352..8e3346d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java

index 0e3688a..ee3eb27 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java

index 7d86536..98e43e9 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java

index 3b4b5ab..ecab756 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java

index 1f47044..ba6e44f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java

index 53bf42a..283fed4 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java

index 45152ae..8b5b4bc 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java

index 0969e4b..9599a0c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java

index cd50167..7cc0cbd 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java

index d631f0c..16a27ae 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java

index 49ca27c..986eefe 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java

index 3346ab2..d6850a6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java

index b10fe54..a8e987d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java

index 3b2bb50..ce8551e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java

index 54f4783..0efc12f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java

index b5f8890..747e163 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java b/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java

index 56a237b..30f9d8e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
+++ b/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java b/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

index 12af6d5..63241c9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java b/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java

index 2e9a265..2e7b1e4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java

index c99d3e4..55ff415 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java b/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java

index 05fbe75..d19ac64 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java
+++ b/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java b/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

index 69d4647..f57bdda 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
+++ b/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/schemes/Consensus.java b/src/jalview/schemes/Consensus.java

index 4f315b9..20b5493 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/Consensus.java
+++ b/src/jalview/schemes/Consensus.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java b/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java

index 8ab60b8..a613f1e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java
+++ b/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java b/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java

index 5c3cf58..13bc96f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java b/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java

index e3a8e76..d1fd21f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java b/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

index c520107..1a5d9bc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java b/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

index 33a2b0a..a9489e8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

index 90c52e2..a453e75 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

index 2488d77..84015fc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

index b942d10..761f4c4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java b/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java

index 0bc8eca..447a057 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java
+++ b/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java b/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java

index d2b57eb..a90eec5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java

index 2c22ec8..da69f68 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java
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diff --git a/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java

index ed56018..c5f2332 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java
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diff --git a/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java b/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java

index a615341..c5522be 100755 (executable)
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index f6246d5..c140145 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java
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index 32ad054..5710a8c 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SelectionListener.java
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diff --git a/src/jalview/structure/SelectionSource.java b/src/jalview/structure/SelectionSource.java

index 37bfe6b..20e0507 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/structure/SequenceListener.java b/src/jalview/structure/SequenceListener.java

index d69e852..5f6b573 100644 (file)
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index 940a782..1cc988a 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureListener.java
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index 7b32198..77ec2fa 100644 (file)
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index 483f1a4..7a5333d 100644 (file)
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index 4161676..d995366 100644 (file)
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index d26ea66..8d599fc 100644 (file)
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index 8a90db9..6143c83 100755 (executable)
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index bb0cdf0..a63b25c 100755 (executable)
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index 3c0516a..0cceb9b 100755 (executable)
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index e217704..11758e6 100755 (executable)
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index 27b81d4..85fbc46 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/util/ImageMaker.java b/src/jalview/util/ImageMaker.java

index e6c2dd2..8526ef7 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/util/MapList.java b/src/jalview/util/MapList.java

index bc3e70f..37ec5d7 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/util/Platform.java b/src/jalview/util/Platform.java

index 29b110e..55763a8 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/util/QuickSort.java b/src/jalview/util/QuickSort.java

index 7cd83f6..9f92743 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/util/ShiftList.java b/src/jalview/util/ShiftList.java

index 3f66aa5..f2ee3bf 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/util/TableSorter.java b/src/jalview/util/TableSorter.java

index a0d449e..32d34d3 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/util/UrlLink.java b/src/jalview/util/UrlLink.java

index c692872..18cc5ce 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java b/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java

index 86ce974..130ece1 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java b/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java

index 28ae25d..8dd0d64 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java b/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java

index 6b5abad..5d3727c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/ws/Discoverer.java b/src/jalview/ws/Discoverer.java

index f481aa1..9ecc49b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/Discoverer.java
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java b/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java

index 53d5b4a..5e1174a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/JPredClient.java b/src/jalview/ws/JPredClient.java

index bb691dc..ac36baa 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/JPredClient.java
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/JPredThread.java b/src/jalview/ws/JPredThread.java

index 98c9506..fbcfb47 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/MsaWSClient.java b/src/jalview/ws/MsaWSClient.java

index 19fa0d3..a2e9629 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/MsaWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/MsaWSClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/jalview/ws/MsaWSThread.java b/src/jalview/ws/MsaWSThread.java

index 7142e5c..f10dde8 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/MsaWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/MsaWSThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/jalview/ws/SeqSearchWSClient.java b/src/jalview/ws/SeqSearchWSClient.java

index 2e246ab..1a857ef 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/SeqSearchWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/SeqSearchWSClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/SeqSearchWSThread.java b/src/jalview/ws/SeqSearchWSThread.java

index 2f28d64..4edf108 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/SeqSearchWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/SeqSearchWSThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java b/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

index 0202936..87014cc 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/WSClient.java b/src/jalview/ws/WSClient.java

index 1490da1..1aa2600 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/WSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/WSClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/WSClientI.java b/src/jalview/ws/WSClientI.java

index b4f8054..4fb269e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/WSClientI.java
+++ b/src/jalview/ws/WSClientI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java b/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java

index 0a9f65e..4835c40 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java
+++ b/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java
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diff --git a/src/jalview/ws/WSThread.java b/src/jalview/ws/WSThread.java

index 65c1c96..121533b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/WSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/WSThread.java
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/DasSequenceSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/DasSequenceSource.java

index ca45d78..1570b3d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/DasSequenceSource.java
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java b/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java

index 75651bd..14144a4 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

index 5b43fc4..7787770 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

index d4eb7c9..fcdc919 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java

index 7a1ed17..c06b2df 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

index 297d293..e934a6d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java b/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java

index 087a78f..9d85c23 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java b/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java

index d5b6505..66eba5e 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java b/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java

index b93faad..109e813 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java b/src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

index 885e18a..4a1ee0c 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java b/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java

index e7a6e2c..c72db7d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java b/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java

index 2443401..1939a68 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java

index ddcff02..fca9c08 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java b/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java

index d8d14cd..53d9a79 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java

index 1b0d6c1..7f93cab 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java

index c4bbf14..36d12cc 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java

index 549a5f4..359fc3c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/IMsaWS.java b/src/vamsas/IMsaWS.java

index b6e8e35..ceda077 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/IMsaWS.java
+++ b/src/vamsas/IMsaWS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java b/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

index 9d4a716..0db091c 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java

index fdad2b6..9bd5407 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java

index 3afc9b4..d0adb43 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java

index 5f06d1a..b83b637 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java

index b8a7eaf..b6654a0 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java

index 6deb640..a7b5326 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java

index 0f1d5f0..0b5ad0e 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java

index 6b898c2..7985259 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Object.java b/src/vamsas/objects/simple/Object.java

index 2a25397..338aff6 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Object.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Object.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java

index 03a2daf..1cd9745 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Result.java b/src/vamsas/objects/simple/Result.java

index f77c15e..93f90a3 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Result.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Result.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java

index b5a8f51..06c5337 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java

index de2e68e..b8569d5 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java

index 894f1d2..97b000a 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java

index 19f020b..1bde57a 100644 (file)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)\r
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java

index b73ccee..fc63994 100644 (file)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java b/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java

index e2a10da..5a152a3 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java

index 2c7a643..56586e3 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java

index a8f14fe..f6b35d2 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java

index e44498b..e2b2c5c 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java

index 8fc34c5..cfed6da 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java

index 385e47a..d7b45ac 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml b/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml

index 6a5b0f7..8853bb7 100644 (file)
--- a/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml
+++ b/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml
@@ -1,20 +1,20 @@
  <?xml version="1.0"?>
  <!--
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  -->
  <project name="jalviewInstallAnywhere" default="build" basedir=".">
    <property name="IA_LOCATION" value="/homes/ws-dev1/Macrovision/InstallAnywhere_2008_VP1_Standard"/>
diff --git a/utils/getJavaVersion.java b/utils/getJavaVersion.java

index 8116feb..cda9fe9 100644 (file)
--- a/utils/getJavaVersion.java
+++ b/utils/getJavaVersion.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/utils/help2Website.java b/utils/help2Website.java

index c18a8ef..d68e52b 100755 (executable)
--- a/utils/help2Website.java
+++ b/utils/help2Website.java
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author	jprocter <Jim Procter>
	Mon, 14 Jun 2010 11:05:05 +0000 (11:05 +0000)
committer	jprocter <Jim Procter>
	Mon, 14 Jun 2010 11:05:05 +0000 (11:05 +0000)