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authorjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Mon, 10 Oct 2011 10:51:25 +0000 (11:51 +0100)
committerjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Mon, 10 Oct 2011 10:51:25 +0000 (11:51 +0100)
765 files changed:
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src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java
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  * 
 Jalview RNA Support
 </h1>
 <p>
-Jalview RNA support has been added in part during a 
-<a href="http://socghop.appspot.com/gsoc/program/home/google/gsoc2010">Google Summer of Code Project</a>.
-More information about this project can be found at the 
-<a href="https://www.nescent.org/wg_phyloinformatics/PhyloSoC:Extending_Jalview_to_Support_RNA_Alignment_Annotation_and_Secondary_Structure_Visualization">
-NESCent wiki page</a> and the project <a href="http://jalview-rnasupport.blogspot.com/">blog</a>. 
+Jalview RNA support was first added during a 
+<a href="http://socghop.appspot.com/gsoc/program/home/google/gsoc2010">2010 Google Summer of Code Project</a> by  
+Lauren Lui (see her <a href="https://www.nescent.org/wg_phyloinformatics/PhyloSoC:Extending_Jalview_to_Support_RNA_Alignment_Annotation_and_Secondary_Structure_Visualization">
+NESCent wiki page</a> and the project <a href="http://jalview-rnasupport.blogspot.com/">blog</a>).  
 </p>
 <h2>What was added</h2>
 <p>
@@ -39,6 +38,16 @@ NESCent wiki page</a> and the project <a href="http://jalview-rnasupport.blogspo
 annotation panel.</li>
 </ul>
 </p>
+<p>In 2011, Jan Engelhardt was supported by <a href="http://socghop.appspot.com/gsoc/program/home/google/gsoc2011">GSOC</a> to extend Lauren's work, with <a href="https://www.nescent.org/wg_phyloinformatics/PhyloSoC:_Extending_Jalview_support_for_handling_RNA">support for viewing secondary structure in VARNA and visualizing base pair contact conservation</a>.
+</p>
+<h2>What Jan added</h2>
+<p>
+<ul>
+<li>Enable RNA secondary structure annotation to be imported/exported through Jalview annotation files</li>
+<li>Incorporated <a href="varna.lri.fr">VARNA</a> into the desktop application</li>
+<li>Added a new base pair consensus histogram and sequence logo annotation row</li> 
+</ul>  
+</p>
 <h2>TODO</h2>
 <h3>Secondary Structure Visualization/Annotation</h3>
 <ul>
@@ -47,7 +56,6 @@ annotation panel.</li>
 <li>Editing of secondary structure line</li>
 <li>Update helix colouring when secondary structure changes.</li>
 <li>Support per sequence in RNA secondary structure annotation</li>
-<li>Enable RNA secondary structure annotation to be imported/exported through Jalview annotation files</li>
 </ul>
 
 <h3>Colour schemes</h3>
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 <html>
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index 42e8847..c15dba4 100644 (file)
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  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -15,6 +15,7 @@
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
+
 package jalview.analysis;
 
 import java.util.*;
index a7acc66..d9c97f4 100644 (file)
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 /*******************************************************************************
  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
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  *
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  *
index fe3786d..5e237ff 100644 (file)
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  * 
index a4ec373..dcc50d5 100644 (file)
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index 8a39ad9..89999d9 100755 (executable)
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index 722dd32..50e5a62 100755 (executable)
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index 0351d14..29e5654 100644 (file)
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index 7220321..77fd5ec 100755 (executable)
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index ba1d0a8..63a3412 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
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  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -278,6 +278,26 @@ public class Cache
       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
     }
 
+    // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
+    try
+    {
+      String authorDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
+              .getCodeSource().getLocation().toString()
+              .concat("!/authors.props"));
+
+      java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(authorDetails);
+
+      InputStream in = localJarFileURL.openStream();
+      applicationProperties.load(in);
+      in.close();
+    } catch (Exception ex)
+    {
+      System.out.println("Error reading author details: " + ex);
+      applicationProperties.remove("AUTHORS");
+      applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
+      applicationProperties.remove("YEAR");
+    }
+
     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
index dd61e76..272250e 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*
  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
- * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  * 
index 52e7408..33ff254 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*\r
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- * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
  * \r
  * This file is part of Jalview.\r
  * \r
index a77186f..8ba113d 100644 (file)
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index cc8f4dc..86d1ff3 100644 (file)
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index 95447d3..61fa377 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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